1. Els aminoàcids i la cadena polipeptídica: propietats fonamentals dels aminoàcids. L’enllaç peptídic i la síntesi de la cadena polipeptídica.
1.The amino acids and the polypeptide chain: fundamental properties of the amino acids. Peptide bond and synthesis of the polypeptide chain.
2. Nivells d’estructuració proteica. Principals elements d’estructura secundària. Estructura súper-secundària. Dominis. Estructura terciària. Proteïnes fibroses i globulars. Estructura quaternària.
2. Levels of protein structure. Principal elements of secondary structure. Super-secondary structure. Domains. Tertiary structure. Fibrous and globular proteins. Quaternary structure.
3. Metodologies generals de caracterització estructural de proteïnes. Espectroscòpies IR, DC, UV-Vis i fluorescència. Anàlisi estructural: cristal•lografia i raigs-X, espectroscòpia de RMN i microscòpia electrònica.
3. General methodologies for the structural characterization of proteins. IR, CD, UV-Vis and fluorescence spectroscopies. Structural analysis: X-ray-crystallography, NMR spectroscopy and electron microscopy.
4. Plegament i desplegament de proteïnes: estat natiu i estat desplegat. Estabilitat i dinàmica conformacional. Mètodes d’anàlisi del plegament. Models que descriuen el plegament proteic. Plegament i agregació: malalties conformacionals.
4. Protein folding and unfolding: native and unfolded states. Conformational stability and dynamics. Methods for the folding-unfolding analysis. Protein folding models. Folding and aggregation: conformational illness.
5. Tipus principals de modificacions post-traducció i implicacions funcionals. Degradació i recanvi proteic.
5. Post-translational modifications and functional implications. Protein degradation and turnover.
6. Mètodes teòrics i computacionals per al modelat i el disseny de proteïnes. Bases de dades seqüencials i estructurals de proteïnes: PIR, SwissProt i Protein Data Bank.
6. Theoretical and computational methods for modeling and designing proteins. Sequence and structure data bases: PIR, SwissProt and Protein Data Bank.
7. Desenvolupament inicial de l’enginyeria de proteïnes. Estudis d’estructura-funció de proteïnes: una visió general. Aproximacions generals a l’Enginyeria de Proteïnes: enginyeria racional, enginyeria combinatòria i disseny ‘de novo’. Tècniques bàsiques per a la modificació de proteïnes.
7. Early developments in Protein Engineering. Structure-function studies of proteins using protein engineering: an overview. General approaches to Protein Engineering: Rational engineering, combinatorial engineering, de novo design. Basic techniques for engineering proteins.
8. Enginyeria de Proteïnes racional mitjançant la fusió de dominis proteics o inserció de segments.8.Rational Protein Engineering by fusion of protein domains or insertion of peptide segments.
9. Enginyeria de Proteïnes per a la modificació de l’estabilitat, del reconeixement molecular proteïna-lligand i de l’activitat catalítica. Disseny de proteïnes ‘de novo’.
9. Engineering stability, molecular protein-binding recognition and catalytic activity. De novo Protein Design.
10. Enginyeria de proteïnes amb aminoàcids no-naturals: tall i unió de proteïnes, lligació de proteïnes i expansió del codi genètic.
10. Engineering proteins with non-natural amino acids: protein splicing, expressed protein ligation and expanding the genetic code.