1. Introducció general a la bioinformàtica, data science i Big data. Organització de projectes d'anàlisi de dades/ General introduction to bioinformatics, data science and Big data. Organization of data analysis projects
2. Introducció a sistemes informàtics basats en UNIX. Fonaments del treball des de la línia de comandes/Introduction to computer systems based on UNIX. Fundamentals of work from the command line.
3. Introducció a R i Rstudio. R com a entorn d'anàlisi estadística. Fluxos de treball reproduïbles en ciència de dades. Llenguatges de Markup per garantir la reproductibilitat de les anàlisis/Introduction to R and Rstudio. R as a statistical analysis environment. Reproducible workflows in data science. Markup languages to ensure the reproducibility of analyzes.
4. Eines avançades d'R. Les dades "endreçades" amb el paquet tidyverse. Producció de gràfiques d'alta qualitat amb el paquet ggplot/Advanced tools of R. The data "arranged" with the tidyverse package. Production of high quality graphics with the ggplot package.
5. Tractament i anàlisi de dades de seqüenciació massiva. Control de qualitat, "trimming", ensamblatge, mapejat/Processing and analysis of high-throughput sequencing data. Quality control, trimming, assembly, mapping
6. Fluxos de treball bioinformàtics: conceptes de workflow, pipeline. Introducció al treball en gestors de fluxos de treball (galaxy). Treball amb casos pràctics/Bioinformatics workflows: workflow concepts, pipeline. Introduction to work in workflow managers (galaxy). Work with case studies
7. Gens i genomes. Bases de dades i navegadors genòmics. Introducció a les diferents capes d'informació genòmica/Genes and genomes. Genomic databases and browsers. Introduction to the different layers of genomic information
La nota de l'assignatura prové de la resolució d'exercicis (a l'aula o a casa, que s'hauran d'entregar) i d'un treball plantejat pel professor, que caldrà entregar al final de l'assignatura./
The mark of the subject comes from the resolution of exercises (in the classroom or at home, which must be delivered) and from a work proposed by the professor, which must be delivered at the end of the subject.
Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Es considerarà no presentat l'alumne que no presenti cap dels treballs que el professor demani s'han de presentar.The student who does not present any of the works that the teacher requests must be presented will be considered not presented.
Avaluació única:
L'avaluació única la podran seguir els alumnes que la facultat autoritizi i constarà d'un examen que inclourà els continguts de teoria i les presentacions de la resta d'alumnes.
The authorized student with unique evaluation, his evaluation will consist of an examination that will include the contents of theory and the presentations of the rest of the students.
Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0/To consider the subject passed, the student will have to obtain a minimum grade of 5.0