Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú

Estudia

Dades generals

Curs acadèmic:
2023
Descripció:
Bases de dades biològiques. Data mining en biologia molecular i medicina. Programari habitual en biologia molecular i biomedicina.
Crèdits:
3

Grups

Grup A

Durada:
Semestral, 1r semestre
Professorat:
Judith Ollé Vilanova  / Pablo Sanchez Fernandez
Idioma de les classes:
Català (50%), Anglès (50%)

Competències

  • 1. Identificar problemes, buscar solucions originals i aplicar-les en un context d'investigació o professional
  • 3. Formular judicis sobre la problemàtica ètica i social, actual i futura, que plantegen les ciències biotecnològiques en general i les biomèdiques en particular
  • 4. Comunicar de forma clara i concisa els seus coneixements, les seves conclusions i les implicacions ètiques i socials del seu camp de treball a públics especialitzats i no especialitzats ( divulgació científica)
  • 5. Actualitzar i prosseguir els seus estudis de forma auto-dirigida i autònoma, recollint i seleccionant la informació necessària que permeti una investigació original i que aporti nous coneixements
  • 6. Elaborar propostes alternatives creatives en relació amb els objectius d'investigació, valorant en el seu cas les incerteses i riscos
  • 8. integrar els aspectes metodològics i els continguts de les diferents disciplines de les biociències per al seu estudi a nivell molecular
  • 13. Avaluar l'ús i la necessitat de tècniques avançades en biología molecular així com la seva adaptació a necessitats particulars requerides
  • 16. Identificar i utilitzar racionalment les eines bio-informàtiques bàsiques ( bases de dades i programes d'anàlisis molecular) per contribuir al coneixement genòmic, transcriptòmic i proteòmic

Continguts

1. Introducció general a la bioinformàtica, data science i Big data. Organització de projectes d'anàlisi de dades/ General introduction to bioinformatics, data science and Big data. Organization of data analysis projects

2. Introducció a sistemes informàtics basats en UNIX. Fonaments del treball des de la línia de comandes/Introduction to computer systems based on UNIX. Fundamentals of work from the command line.

3. Introducció a R i Rstudio. R com a entorn d'anàlisi estadística. Fluxos de treball reproduïbles en ciència de dades. Llenguatges de Markup per garantir la reproductibilitat de les anàlisis/Introduction to R and Rstudio. R as a statistical analysis environment. Reproducible workflows in data science. Markup languages to ensure the reproducibility of analyzes.

4. Eines avançades d'R. Les dades "endreçades" amb el paquet tidyverse. Producció de gràfiques d'alta qualitat amb el paquet ggplot/Advanced tools of R. The data "arranged" with the tidyverse package. Production of high quality graphics with the ggplot package.

5. Tractament i anàlisi de dades de seqüenciació massiva. Control de qualitat, "trimming", ensamblatge, mapejat/Processing and analysis of high-throughput sequencing data. Quality control, trimming, assembly, mapping

6. Fluxos de treball bioinformàtics: conceptes de workflow, pipeline. Introducció al treball en gestors de fluxos de treball (galaxy). Treball amb casos pràctics/Bioinformatics workflows: workflow concepts, pipeline. Introduction to work in workflow managers (galaxy). Work with case studies

7. Gens i genomes. Bases de dades i navegadors genòmics. Introducció a les diferents capes d'informació genòmica/Genes and genomes. Genomic databases and browsers. Introduction to the different layers of genomic information

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 10,00 35,00 0 45,00
Sessió participativa 20,00 10,00 0 30,00
Total 30,00 45,00 0 75

Bibliografia

  • Buffalo, V. (2015). Bioinformatics data skills: Reproducible and robust research with open source tools. . " O'Reilly Media, Inc".
  • Wickham, H., & Grolemund, G. (2016). R for data science: import, tidy, transform, visualize, and model data. . O'Reilly Media, Inc..

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Resolució de problemes/Problems solving S'avaluarà tant la resolució dels problemes a l'aula com exercicis que el professor pot proposar per resoldre a casa./Both the resolution of problems in the classroom and exercises that the teacher can propose to solve at home will be assessed. 40
Treball escrit: Resolució d'un cas / Written work: Resolution of a case S'avalua el treball entregat. the assessment will be evalutated 60

Qualificació

La nota de l'assignatura prové de la resolució d'exercicis (a l'aula o a casa, que s'hauran d'entregar) i d'un treball plantejat pel professor, que caldrà entregar al final de l'assignatura./
The mark of the subject comes from the resolution of exercises (in the classroom or at home, which must be delivered) and from a work proposed by the professor, which must be delivered at the end of the subject.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Es considerarà no presentat l'alumne que no presenti cap dels treballs que el professor demani s'han de presentar.The student who does not present any of the works that the teacher requests must be presented will be considered not presented.

Avaluació única:
L'avaluació única la podran seguir els alumnes que la facultat autoritizi i constarà d'un examen que inclourà els continguts de teoria i les presentacions de la resta d'alumnes.

The authorized student with unique evaluation, his evaluation will consist of an examination that will include the contents of theory and the presentations of the rest of the students.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0/To consider the subject passed, the student will have to obtain a minimum grade of 5.0

Tutoria

Les tutories seran a hores convingudes, cal pactar-les amb el professor per correu electrònic.
The tutorials have to be agreed with the professor by email.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

La comunicació fora de l'aula serà per correu electrònic.
Communication outside the classroom will be by email.

Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.