Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
UdG 30 anys
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2021
Descripció:
Disseny i simulació de molècules bioactives
Crèdits:
4

Grups

Grup A

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
FERRAN FEIXAS GERONES  / SILVIA OSUNA OLIVERAS
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • CB1 - Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements adquirits i la seva capacitat de resolució de problemes en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la seva àrea d'estudi.
  • CB2 - Que els estudiants siguin capaços d'integrar coneixements i enfrontar-se a la complexitat de formular judicis a partir d'una informació que, sent incompleta o limitada, inclogui reflexions sobre les responsabilitats socials i ètiques vinculades a l'aplicació dels seus coneixements i judicis.
  • CB3 - Que els estudiants sàpiguen comunicar les seves conclusions i els coneixements i raons últimes que les sustenten a públics especialitzats i no especialitzats d'una manera clara i sense ambigüitats, fent servir com a llengua vehicular l'anglès.
  • CE5 - Identificar les diferents forces intra i intermoleculars i reconèixer la seva importància en l'estructura i propietats físiques i químiques de sistemes moleculars i supramoleculars.
  • CE6 - Exercitar la integració de la química computacional amb les observacions experimentals, aplicant amb criteri les eines apropiades per extreure la informació química rellevant, i ser capaç d'utilitzar-com a suport en la resolució de problemes químics de diferent índole.

Altres Competències

  • Identificar, descriure i discutir els principis del descobriment i desenvolupament de fàrmacs

Continguts

1. Fundamentals of Biomolecular Structure and Dynamics

          1.1. The three-dimensional structure of biomolecules

          1.2. Databases: Protein Data Bank

          1.3. Conformational Dynamics and flexibility of biomolecules

2. Fundamentals of Biocatalysis and Inhibition

          2.1. Mechanism of action of enzymes

          2.2. Kinetics of enzyme catalysis

          2.3. Enzymatic inhibition

3. Fundamentals of Drug Design

          3.1. Strategies and tactics in drug design. Principles of medicinal chemistry.

          3.2. Drug-receptor interactions

4. Computational techniques for biomolecular design.

          4.1. Molecular Mechanics: Force fields

          4.2. Introduction to Molecular Dynamics

          4.3. Enhanced-sampling techniques

          4.4. Visualization of molecular dynamics trajectories.

          4.5. Analysis of molecular dynamics trajectories

5. Computational techniques for drug design

          5.1. Molecular Docking

          5.2. Binding free-energy calculations

6. Computational techniques for enzyme design

          6.1. Enzyme design protocols

          6.2. Evaluation and ranking techniques

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 8,00 38,00 0 46,00
Prova d'avaluació 2,00 16,00 0 18,00
Sessió expositiva 18,00 0 0 18,00
Sessió pràctica 12,00 6,00 0 18,00
Total 40,00 60,00 0 100

Bibliografia

  • King, Frank D. (cop. 2002 ). Medicinal chemistry : principles and practice (2nd ed.). Cambridge, UK: Royal Society of Chemistry. Catàleg
  • Lemke, T. L.; Williams, D. A. (2012). Foye's principles of medicinal chemistry (7th ed.). Baltimore: Lippincott Williams & Wilkins.
  • Patrick, G. L. (2005). An introduction to medicinal chemistry (4th ed.). Oxford: Oxford University Press.
  • Avendaño López, María del Carmen (2001 ). Introducción a la química farmacéutica (2ª ed.). Madrid [etc.]: McGraw-Hill Interamericana. Catàleg
  • Faller, Bernard (cop. 2009 ). Hit and lead profiling : identification and optimization of drug-like molecules . Weinheim: Wiley-VCH. Catàleg
  • R. Leach (2001). Molecular Modelling, principles and applications. Pearson Education Limited, Harlow.
  • M.P. Allen and D. J. Tildesley (1991). Computer Simulation of Liquids. Oxford Univ. Press.
  • D. Frankel, D. Smit (2002). Understanding Molecular Simulation, Second Edition: From Algorithms to Applicati. Academic Press.
  • D. Rappaport (1995). The Art of Molecular Dynamics Simulations. Cambridge Univ. Press.
  • Berg, J. M.; Tymoczko, J.L.; Stryer, L (2007). Biochemistry. W. H. Freeman. Catàleg
  • Fersht, A. (1985). Enzyme Structure and Mechanism. W. H. Freeman.

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Oral presentation of a research project Development of a research project and oral presentation of the obtained results. 50
Final Exam Written assesment about the contents of the course. 50

Qualificació

The module will be assessed by a combination of a written exam (50%) and the oral presentation of a research project (50%)

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
A "Not presented" mark will only be considered if the student has not carried out any of the evaluation activities.

Avaluació única:
Students who take the single assessment ("Avaluació única") will have as their assessment activities the two described (oral presentation and exam). The minimum mark of each part to pass the subject must be 5.0 out of 10.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0

Tutoria

Tutorials (Face-to-face preferentially but also via Moodle, Google Meet or email) can be scheduled at all times agreed with the teachers via e-mail.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

Communication and interaction with students will be done through Moodle platform, using the notice forum. e-mail should remain a one-off event.

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial: les classes expositives es faran presencialment a l'aula per la meitat dels estudiants i es retransmetran per streaming pels estudiants que no puguin assistir a l'aula.

Escenari tancament UdG: les classes expositives seran gravades pel professorat i els vídeos es penjaran a la plataforma Moodle. A més, es proporcionarà material de suport a l'estudiantat.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: es proporcionarà el temari a través de la plataforma Moodle així com material addicional en forma de vídeos.

Modificació de l'avaluació:
Escenari semipresencial: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) seran presencials seguint les mesures de seguretat adients.

Escenari tancament UdG: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) es faran on-line a través de la plataforma adient (Moodle, Meet, Teams)

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) es faran on-line a través de la plataforma adient (Moodle, Meet, Teams)

Tutoria i comunicació:
Escenari semipresencial: les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories presencials o virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).

Escenari tancament UdG: Les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).

Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.