Estudia

• Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les
• Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès
• Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris
• Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat
• Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat
• Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina
• Utilitzar programes informàtics específics per al tractament complex de dades
• Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació
• Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques

1. Introducció, definició i àmbit d'estudi dels portals bioiformàtics (EBI-EMBL, NCBI).

2. Bases de dades i formats de les seqüències en bioinformàtica (FASTA GenBank). Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Obtenir informació bàsica de les bases de dades, bibliografia i informació gènica.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Similitud i homologia de les seqüències.

4. Anotació gènica. Cerques avançades de seqüencies nucleotídiques. Localització gènica i identificació de transcrits.

5. Alineaments i reconstruccions filogenètiques. Alineament múltiple de seqüències amb ClustalW. Reconstruccions filogenètiques segons els mètodes de màxima parsimònia, neighbor-joining i màxima versemblança. Mètodes per testar la confiança dels resultats (Bootstrap). Disseny de primers.

6. Anotació avançada de gens. Navegació genòmica amb Genome Data Viewer. Projecte Gene Ontology per l'anotació de gens amb QuickGO i AmiGO.

7. Estructura i funció de proteïnes. Interacció proteïna-lligand. Modelatge molecular amb Chimera.

8. Docking i tècniques de dinàmica moleculars (DOCK6 i GROMACS).

• Attwood, Teresa K (2002). Introducción a la bioinformática. Madrid [etc.]: Prentice Hall. Catàleg
• Ramsden, Jeremy (2015). Bioinformatics : (3rd. ed.). London: Springer. Catàleg
• Higgs, Paul G (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Oxford: Blackwell. Catàleg
• Dear, Paul H (2007). Bioinformatics. Bloxham: Scion. Catàleg
• Mount, David W (2004). Bioinformatics : (2nd ed.). New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Catàleg
• Bueno Torrens, David (2015). 100 gens que ens fan humans :. Valls: Cossetània. Catàleg

Activitats d'avaluació:

El 60% de la nota prové del projecte final (40% genètica + 20% proteïnes).

El projecte correspon a un informe científic que es desenvoluparà per parelles i girarà entorn a un gen i una proteïna assignats pel professorat. Totes dues parts del projecte (genètica i proteïnes) requereixen una nota mínima de 4,6 per fer mitjana amb les altres activitats. Per superar l'assignatura cal que la mitjana de les dues parts del projecte sigui com a mínim de 5. Les parelles que suspenguin una o les dues parts podran recuperar-les, en aquest cas, però, la puntuació màxima de cada part serà de 6.

Durant el curs hi haurà 6 tasques que aportaran un 6,66% de la nota final cada una. Aquestes tasques no són recuperables.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
No entregar cap de les parts del projecte final.

Avaluació única:
En circumstàncies particulars autoritzades per la Facultat de Ciències, els estudiants podran sol·licitar l'avaluació única. En aquests casos la nota provindrà només dels projectes de genètica i química que l'estudiant haurà de desenvolupar de manera individual. Aquest projecte podrà contenir preguntes específiques per tal de cobrir tots els tòpics avaluats durant el curs.

Requisits mínims per aprovar:
Mitjana final del curs igual o superior a 5.

Puntuació mitjana de projecte (genètica + proteines) igual o superior a 5. Mínim de 4,6 en cada una de les parts perquè faci mitjana.

L'assistència a les classes és obligatòria.

Els estudiants poden acordar tutories amb els professors via correu electrònic.

Pels diferents temes es poden obrir fòrums que resolguin dubtes generals o que siguin d'interès per tota la classe.

Assignatura totalment pràctica. Aquesta assignatura és la part pràctica de Fonaments de Bioinformàtica.

• Fonaments de bioinformàtica