Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
UdG 30 anys
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2021
Descripció:
Eines bioinformàtiques via web. Accés a bases de dades biològics. Filogènia molecular. Identificació i anotació de gens. Bioinformàtica estructural. Docking i dinàmiques moleculars.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BB

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / FERRAN FEIXAS GERONES  / JUDITH OLLE VILANOVA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO
Idioma de les classes:
Català (70%), Anglès (30%)

Grup BL

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / FERRAN FEIXAS GERONES  / JUDITH OLLE VILANOVA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO
Idioma de les classes:
Català (70%), Anglès (30%)

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / FERRAN FEIXAS GERONES  / JUDITH OLLE VILANOVA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO
Idioma de les classes:
Català (70%), Anglès (30%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina
  • Utilitzar programes informàtics específics per al tractament complex de dades
  • Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació
  • Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques

Continguts

1. Introducció, definició i àmbit d'estudi dels portals bioiformàtics (EBI-EMBL, NCBI).

2. Bases de dades i formats de les seqüències en bioinformàtica (FASTA GenBank). Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Obtenir informació bàsica de les bases de dades, bibliografia i informació gènica.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Similitud i homologia de les seqüències.

4. Anotació gènica. Cerques avançades de seqüencies nucleotídiques. Localització gènica i identificació de transcrits.

5. Alineaments i reconstruccions filogenètiques. Alineament múltiple de seqüències amb ClustalW. Reconstruccions filogenètiques segons els mètodes de màxima parsimònia, neighbor-joining i màxima versemblança. Mètodes per testar la confiança dels resultats (Bootstrap). Disseny de primers.

6. Anotació avançada de gens. Navegació genòmica amb Genome Data Viewer. Projecte Gene Ontology per l'anotació de gens amb QuickGO i AmiGO.

7. Estructura i funció de proteïnes. Interacció proteïna-lligand. Modelatge molecular amb Chimera.

8. Docking i tècniques de dinàmica moleculars (DOCK6 i GROMACS).

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 0 15,00 0 15,00
Prova d'avaluació 0 36,00 0 36,00
Sessió pràctica 24,00 0 0 24,00
Total 24,00 51,00 0 75

Bibliografia

  • Attwood, Teresa K (2002). Introducción a la bioinformática. Madrid [etc.]: Prentice Hall. Catàleg
  • Ramsden, Jeremy (2015). Bioinformatics : (3rd. ed.). London: Springer. Catàleg
  • Higgs, Paul G (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Oxford: Blackwell. Catàleg
  • Dear, Paul H (2007). Bioinformatics. Bloxham: Scion. Catàleg
  • Mount, David W (2004). Bioinformatics : (2nd ed.). New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Catàleg
  • Bueno Torrens, David (2015). 100 gens que ens fan humans :. Valls: Cossetània. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Estudi d'un cas Es plantejarà un problema que hauran de resoldre amb les eines presentades a classe. 8,33 No
Avaluable Genome Data Viewer Breu qüestionari sobre Genome Data Viewer 8,33 No
Avaluable Bioedit Breu qüestionari en el que s'haurà d'utilitzar aquest programa per resoldre els exercicis. 8,33 No
Avaluable MEGA Breu qüestionari en el que s'haurà d'utilitzar aquest programa per resoldre els exercicis. 8,33 No
Avaluable Visualització de proteïnes Informe on es practica l'ús del software Chimera aplicat a l'anàlisi de la interacció proteïna-lligand. 8,33 No
Avaluable Docking Informe on es practica l'ús del docking molecular amb el software DOCK6 8,33 No
Projecte genètica El projecte es farà per parelles, a cada parella se li assignarà un gen amb el que haurà de respondre el qüestionari.
Cal un mínim de 4,6 perquè faci mitjana amb la resta del curs.
33,35
Projecte proteïnes En el projecte s'aplicaran les tècniques computacionals apreses a les sessions d'aula informàtica a l'estudi de la interacció d'una proteïna amb un lligand i a dur a terme un virtual screening. El projecte es farà per parelles.
Cal una nota mínima de 4,6 perquè faci mitjana amb la resta del curs.
16,67

Qualificació

El 50% de la nota prové del projecte final (33,33% genètica + 16,67% proteïnes).

El projecte correspon a un informe científic que es desenvoluparà per parelles i girarà entorn a un gen i una proteïna assignats pel professorat. Totes dues parts del projecte (genètica i proteïnes) requereixen una nota mínima de 4,6 per fer mitjana amb les altres activitats. Per superar l'assignatura cal que la mitjana de les dues parts del projecte sigui com a mínim de 5. Les parelles que suspenguin una o les dues parts podran recuperar-les, en aquest cas, però, la puntuació màxima de cada part serà de 6.

Durant el curs hi haurà 6 tasques que aportaran un 8,33% de la nota final cada una. Aquestes tasques no són recuperables.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
No entregar cap de les parts del projecte final.

Avaluació única:
En circumstàncies particulars autoritzades per la Facultat de Ciències, els estudiants podran sol·licitar l'avaluació única. En aquests casos la nota provindrà només dels projectes de genètica i química que l'estudiant haurà de desenvolupar de manera individual. Aquest projecte podrà contenir preguntes específiques per tal de cobrir tots els tòpics avaluats durant el curs.

Requisits mínims per aprovar:
Mitjana final del curs igual o superior a 5.

Puntuació mitjana de projecte (genètica + proteines) igual o superior a 5. Mínim de 4,6 en cada una de les parts perquè faci mitjana.

L'assistència a les classes és obligatòria.

Tutoria

Els estudiants poden acordar tutories amb els professors via correu electrònic.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

Pels diferents temes es poden obrir fòrums que resolguin dubtes generals o que siguin d'interès per tota la classe.

Observacions

Assignatura totalment pràctica. Aquesta assignatura és la part pràctica de Fonaments de Bioinformàtica.

Assignatures recomanades

  • Fonaments de bioinformàtica

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial.
La meitat de les activitats es duran a terme a l'aula d'informàtica i l'altra meitat de manera online amb el suport dels materials proporcionats pels professors.

Escenari tancament UdG
Totes les activitats i tasques es duran a terme de manera online. Els materials docents s'adaptaran a aquest escenari.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal
A aquests estudiants se'ls proporcionaran els materials docents adaptats en l'escenari de tancament que podran complementar-se amb classes telemàtiques.

Modificació de l'avaluació:
Els criteris d'avaluació es mantenen en tots els escenaris i es mantenen totes les tasques i proves previstes.

Tutoria i comunicació:
Pels estudiants que ho desitgin es poden fer tutories online via Google Meet o Microsoft Teams.

Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.