Dr. Jesús Garcia i Dra. Margarita Martínez
Departament de Biologia
Recerca centrada en l’estudi de la microbiota humana, principalment del tracte intestinal. Amb aquest objectiu col·labora amb diversos grups de recerca i estan interessats en promoure la col·laboració amb els grups de recerca del Campus Salut. Aquesta col·laboració es podria dur a terme des de diverses perspectives:
1. Anàlisi de comunitats microbianes
- Col·laborar amb grups que estiguin interessats a analitzar les comunitats microbianes de mostres de qualsevol tipus.
El grup MMI ofereix descripció de les comunitats microbianes (riquesa, diversitat abundància de taxons, beta diversitat) de qualsevol ambient o mostra mitjançant seqüenciació massiva del gen 16S rRNA i anàlisi bioinformàtic de les seqüències obtingudes en diferents condicions (salut-malaltia, eficàcia de tractament, intervenció nutricional, etc) a fi d’identificar variacions en la composició i/o abundància de microorganisme
2. Quantificació de grups microbians d’interès
- Col·laborar amb grups que vulguin estudiar l’abundància de grups bacterians concrets en mostres de qualsevol tipus.
El grup MMI disposa d’un ampli ventall de mètodes de quantificació optimitzats per la quantificació de microorganismes, a més ofereix assistència en el disseny i optimització d’assajos per qPCR i la realització d’aquests si s’escau.
3. Models d’infecció en cultius cel·lulars
- Col·laborar amb grups que vulguin estudiar la capacitat de soques bacterianes per adherir-se, envair i sobreviure en cèl·lules intestinals i de sobreviure i replicar-se en macròfags
El grup MMI disposa de línies cel·lulars d’epiteli intestinal i macròfags d’origen humà i murí i ofereix formació i seguiment a investigadors interessats en la realització d’assajos d’adherència i invasió a l’epiteli intestinal i replicació en macròfags.
4. Assaig de compostos antimicrobians
- Col·laborar amb grups que vulguin determinar la resistència/sensibilitat de compostos en soques de bacteris, llevats i /o fongs.
El grup MMI disposa d’un ampli socari de soques de col·lecció i aïllats clínics d’Escherichia coli i s’ofereix a fer els assajos de supervivència a compostos antimicrobians.
5. Bases de dades complexes per anàlisi estadístic
- Col·laborar amb grups per a l’anàlisi estadístic de bases de dades complexes per a obtenir un anàlisi més complert (integració de diversos paràmetres, reducció de variables, selecció de marcadors, elaboració d’índexs, creació d’algoritmes, etc.).
El grup MMI s’ofereix a subministrar bases de dades “òmiques” de seqüenciació massiva de comunitats microbianes (dades composicionals) i d’expressió de gens (dades transcriptòmiques) així com la metadata associada a les mostres d’origen
Animem a tots els investigadors interessats en establir una col·laboració que es posin en contacte amb la Dra. Margarita Martínez o la Dra. Mireia López.