La Facultat de Ciències va ser instituïda amb la creació de la Universitat de Girona per acord del Parlament de Catalunya publicat al DOG del 31 de desembre de 1991. Abans, Girona va comptar amb la delegació de Ciències de la Universitat Autònoma de Barcelona que inicià les seves activitats l’any 1970 amb 98 alumnes. Aquesta delegació es reconeix al 1972 com a Secció de Ciències del Col·legi Universitari de Girona, que a partir del 1982 amb 207 estudiants i 27 professors s’integra a la Universitat Autònoma de Barcelona. L’any 1989 s’aprova la creació del Estudi de Ciències en el marc de l’Estudi General de Girona. El curs 89-90 eren 418 els estudiants matriculats i s’hi impartien les llicenciatures de Biologia i Química. Aquestes llicenciatures són les que s’impartien quan al 1991 es crea la Universitat de Girona. El curs 1993-94 es van adaptar els plans d’estudi de les llicenciatures de Biologia i Química i es va iniciar l’estudi propi de Ciències Ambientals, que a partir de l’any 1995 va esdevenir oficial. El curs 2009-10 es va iniciar el procés d’implantació dels estudis de grau que han substituït les antigues llicenciatures. Amb el canvi a estudis de grau es va començar a impartir un estudi nou, el de Biotecnologia, complementant-se l’oferta docent de la FC. Des del curs 2012-13 ofereixen també dues dobles titulacions de Biologia-Biotecnologia i de Biologia-Ciències Ambientals, que junt amb els quatre màsters: el de Biologia Molecular i Biomedicina, Canvi Ambiental, Catàlisi Avançada i Modelització Molecular, Ciència i Tecnologia dels Recursos Hídrics i Tècniques Cromatogràfiques Aplicades i els estudis de doctorat, conformen tota l’oferta docent del centre. Actualment cada curs uns 1400 estudiants cursen els seus estudis universitaris a la Facultat de Ciències.
La Facultat de Ciències és també la seu de tres departaments (Biologia, Ciències Ambiental i Química) i la unitat departamental del Laboratori d’Enginyeria Química i Ambiental del Departament d’Enginyeria Química, Agrària i Tecnologia Agroalimentària i acull tres instituts de recerca (IEA, IMA i IQCC) i quatre càtedres que gestionen la recerca de 24 grups d’investigació.
La Facultat va disposar inicialment de les dependències que l’Estudi de Ciències del Estudi General de Girona ocupava a la Casa de Cultura, i ampliades posteriorment amb els locals del carrer Albereda (Edifici Fòrum), al centre de la ciutat de Girona. El febrer de 1997 es va traslladar a la nova seu al Campus de Montilivi, ubicació actual de la Facultat. L’edifici seu de la FC constava inicialment de 7.399,14 m², als quals s’hi va afegir l’ampliació de 1.994 m² del cos3 (total: 9.393 m²) i, posteriorment, a l’any 2009, es va ampliar amb els espais docents de l’aulari comú, compartit amb l’Escola Politècnica Superior, fins a un total de 11.475 m². Actualment, des del mes de juny del 2015, amb els 1424 m² de l’ampliació de l’Aulari comú amb la part de recerca on s’ha ubicat la major part del Departament de Biologia, el total és de 12.899 m².
El primer degà de la Facultat de Ciències va ser el Dr. Lluís Polo, nomenat per designació del President de la Comissió gestora de la Universitat l’any 1992. La Facultat s’anomenava aleshores Facultat de Ciències Experimentals i de la Salut. Ja com a Facultat de Ciències experimentals, les primeres eleccions a degà les guanyà el Dr. Josep Enric Llebot, substituït més tard pel Dr. Carles Pla. La Facultat adoptà el seu nom definitiu: Facultat de Ciències. El Dr. David Brusi va ser degà durant el trasllat a la seu actual al campus de Montilivi i fins a l'octubre de 2003. Després d'un breu període de transició en el qual van ser degans en funcions el Dr. Joan Miró i la Dra. Margarida Casadevall va ser escollit degà, el Dr. Manel Poch. Posteriorment, des del 2006 fins al 2008 els Drs. Crisanto Gómez i Juan M. Sánchez varen ocupar el càrrec de degà. La Dra. Victòria Salvadó va ser escollida degana durant dos mandats, des del 2008 fins al desembre del 2016 i a continuació el Dr. Jesús Colprim fins al novembre del 2022, data en què va passar a ocupar-lo el Dr. Crisanto Gómez. Des del juny del 2023 assumeix el càrrec la Dra. Mònica Iglesias Juncà.
Actualitzat juny 2023