La Tesi Doctoral ha estat dirigida per l’Anna Jofré i Fradera, Sara Bover i Cid i Belén Martín Juarez, del programa de Funcionalitat i seguretat alimentàries de l’IRTA (Monells) i ha tingut com a tutora la Dolors Parés Oliva, de l’Institut de Tecnologia Agroalimentària (INTEA). El tribunal avaluador internacional de la Tesi Doctoral va estar format per la Marie-Christine Champomier-Vergès (MICALIS INRAe), Arícia Possas (Universidad de Córdoba) i la Mònica Toldrà (Universitat de Girona).

Els embotits crus curats (ECC) són productes carnis tradicionals amb una elevada producció i consum en els països mediterranis. Les comunitats microbianes dels ECC varien al llarg del procés de producció, proporcionant trets organolèptics característics. L'acidificació i l'assecat determinen l’autoestabilitat i seguretat alimentària dels ECC mentre que altres antimicrobians contribueixen en la seguretat. Actualment, les tecnologies genòmiques estan canviant el paradigma de la microbiologia des de la identificació de les comunitats microbianes amb tècniques independents de cultiu fins a la caracterització genòmica de microorganismes aïllats d’una mostra contaminada. L'objectiu de la tesi va ser estudiar les comunitats microbianes dels ECC, amb processos innovadors de formulació i producció, i desenvolupar estratègies per controlar Salmonella i Listeria monocytogenes com a principals patògens relacionats amb aquest tipus de productes carnis. 

Es va estudiar la microbiota dels ECC elaborats (i) sense salts nitrificants i addicionant un ingredient innovador basat en un autohidrolitzat de fetge de porc, ric en protoporfirina de zinc com a agent que millora el color, i (ii) amb una reducció de de sodi, substituint NaCl per KCl. El seguiment de les comunitats bacterianes es va fer a través de l'enfocament metataxonòmic, seqüenciant el gen 16S rRNA. Els ECC formulats sense sals nitrificants i sotmesos a baixes temperatures va permetre el creixement de créixer bacteris alteradors i van demostrar una alta diversitat bacteriana. Per altra banda, es va observar poca diversitat bacteriana en els ECC formulats amb agents nitrificants i el cultiu iniciador Latilactobacillus sakei CTC494, el qual va liderar el procés de fermentació i va ser identificada com a espècie dominant. 

L’objectiu del segon l'estudi va ser caracteritzar genòmicament aïllats de Salmonella d’ambients industrials de producció i buscar relacions filogenòmiques, a nivell nacional i internacional. D’entre els deu serovars trobats al panell genòmic d’estudi (N=173 genomes), S. 1,4,,12:i:- va ser el serovar més freqüent en ECC, mentre que S. Derby va ser el més freqüent en canals de porc. Es van identificar agrupacions filogenòmiques entre genomes amb poques diferències al·lèliques i mutacions puntuals en la seqüència nucleotídica del genoma central i més conservat dins l’espècie. Els gens de resistència a antimicrobians i biocides, gens de virulència i els elements genètics mòbils, es van trobar en miscel·lània entre els serovars de Salmonella, destacant el perfil genètic de resistència a múltiples antimicrobians en el 91% dels genomes de S. 1,4,,12:i:-, mentre que els gens de resistència a β-lactamases d'espectre estès es van trobar als serovars de Typhimurium i Derby. La identificació de gens de resistència a múltiples antimicrobians i la persistència de Salmonella, especialment S. 1,4,,12:i:-, a la cadena de producció de DFS és d'importància per als gestors de seguretat alimentària i els productors de DFS, respectivament.  

L’objectiu del tercer estudi va ser la optimització del potencial antilisteria de L. sakei. El comportament de les soques L. sakei CTC494 (productora de sakacina K) i  23K (lno bacteriocinogènica) es va estudiar cultivades amb i sense L. monocytogenes en un medi de simulació de carn. Es va aplicar un disseny central compost combinant diferents condicions de NaCl , manganès, glucosa , i temperatura. La glucosa va ser el factor més influent de la producció d'àcid làctic i la disminució del pH, i les temperatures moderades en la producció de sakacina K. Només quan L. sakei va començar a entrar en fase estacionària, L. monocytogenes es va inhibir en el cocultiu amb la soca 23K i es va inactivar en el cocultiu amb la soca CTC494. Es va aconseguir una reducció de 5 unitats logarítmiques de L. monocytogenes a 20 °C, 20 g/L de NaCl, 0,20 g/L de Mn i 40 g/L de glucosa.