El Estudio General, antecedente histórico de la Universidad de Girona, fue creado en 1446 por el rey Alfonso el Magnánimo, quien concedió a Girona el privilegio de otorgar títulos de gramática, retórica, filosofía y teología, derecho y medicina.La iniciativa docente fue a cargo de los síndicos municipales y de la iglesia, pero las clases no empezaron oficialmente hasta 1572, en el entorno de lo que ahora se conoce como edificio de Les Àligues, construido expresamente para ser la sede universitaria.Los estudios universitarios se extendieron con un notable prestigio hasta 1717.Entonces, la Universidad fue clausurada a causa del Decreto de Nueva Planta y de la pérdida de identidad política de Cataluña.
A lo largo del siglo XIX, y como resultado de la revolución liberal, el Ayuntamiento de la ciudad impulsó la denominada Universitat Lliure de Girona (Universidad Libre de Girona), que ofreció estudios de derecho y farmacia hasta 1874.
La historia reciente de la Universidad de Girona tiene como referentes la Escuela Normal de Maestros y, de una forma especial, las iniciativas que se llevaron a cabo en los años sesenta del siglo XX con el fin de volver a instaurar estudios universitarios en Girona.Se crearon el Colegio Universitario de Girona y la Escuela Politécnica Superior, que dependían, respectivamente, de la Universitat Autònoma de Barcelona y de la Universitat Politècnica de Catalunya.Posteriormente se recuperó el Estudio General, que acogía estudios de humanidades, de empresariales, de ciencias y de ciencias sociales.Finalmente, el 12 de diciembre de 1991, el Parlamento de Cataluña aprobó la Ley 35/1991, que creó la nueva Universidad de Girona, con aportaciones de las diversas culturas universitarias que convierten Girona en un punto de referencia multidisciplinar.
Estos treinta años de historia suponen un reforzamiento de la oferta académica, un aumento del alumnado (de 7.000 estudiantes el 1992 a 15.300 en el 2020), una intensificación de la investigación y de la presencia internacional y en el territorio, y una expansión de los campus, ahora situados en el centro de la ciudad, a Montilivi y al Barri Vell.