La Universitat de Girona és una institució democràtica. La seva estructura de govern es basa en la democràcia representativa, a través dels representants dels diferents sectors de la seva comunitat, elegits en eleccions periòdiques.

El principal òrgan de debat i decisió de la Universitat de Girona és el Claustre Universitari, format per representants dels tres estaments escollits democràticament i també pel Consell de Direcció i els degans i directors de centre. En aquest àmbit general de govern, el rector és la màxima autoritat acadèmica de la Universitat i n’exerceix la representació, la direcció, el govern i la gestió. Els vicerectors, secretaria general i gerent, que formen el Consell de Direcció, assisteixen el rector en les seves decisions.

El Consell de Govern, format pels membres del Consell de Direcció i pels degans, directors d’instituts de recerca i departaments, i per delegats provinents del Claustre, és l’òrgan col·legiat d’àmbit general que dirigeix la política universitària en coordinació amb el Consell de Direcció. En un àmbit particular, les facultats (enfocades a la docència) i els instituts i departaments (a la recerca), reprodueixen el mateix esquema democràtic de gestió, a través de degans i directors, de juntes i consells.

En un altre ordre de coses, el Consell Social és el lligam establert entre la Universitat i la societat, a través de representants escollits pel Parlament de Catalunya. El Síndic és un òrgan unipersonal encarregat de vetllar pels drets de tots els estaments universitaris.