Dentro de esta línea se hacen estudios de seguimiento de las reservas genéticas de las poblaciones mediterráneas de la trucha común (Salmo trutta) y sobre la conservación de especies de pescados en peligro de extinción como el espinoso (Gasterosteus aculeatus) y de pequeños mamíferos como los erizos (Atelerix algirus), reptiles y anfibios. Además, se estudian las poblaciones de especies invasoras como la gambúsia (Gambusia holbrooki), el mejillón cebra (Dreissena polymorpha) y la almeja asiática (Corbicula fluminea).
Esta línea incluye estudios en la gestión sostenible de las pesca de especies marinas como la gamba rosada (Aristeus antennatus) y pescados pelágicos como el atún (Thunnus thynnus), el pez espada (Xiphias gladius) o la anchoa (Engraulis encrasicolus). Por ejemplo, el estudio relacionado con la gamba rosada, tiene como objetivo principal determinar la conectividad entre los diferente caladores gracias a la migración de los individuos adultos y la dispersión de las larvas. Se trabaja también con elInternational Council Conservation of Atlantic Tuna (ICCAT) en proyectos de evaluación de las pesquerías de pequeños túnidos.
Desde esta línea se investiga para desarrollar los marcadores moleculares necesarios para llevar a cabo todos los otros estudios, como por ejemplo, nuevos loci microsatélite que permiten hacer el seguimiento de las poblaciones de gamba rosada, mejillón cebra y la almeja asiática. También se hacen estudios genómicos sobre las poblaciones invasoras de la gambúsia, sobre las adaptaciones al clima mediterráneo de las poblaciones nativas de trucha y espinoso, y sobre la estructura fina poblacional en el bonito (Sarsa sarda). Otro objetivo de esta línea es participar en el desarrollo de marcadores moleculares que puedan facilitar la investigación de la red XRaq (Red de Referencia d'R+D+I en Acuicultura de la Generalitat de Catalunya).