Las principales líneas de investigación en las que ha trabajado el grupo se han centrado en las dinámicas urbanas y su relación con el territorio, así como sus instrumentos de gestión y planificación física, estratégica y ambiental.

Actualmente, la investigación se centra en el análisis de las dinámicas de gestión, protección y gobierno del territorio y del paisaje. Las transformaciones derivadas de los cambios sistémicos tienen un impacto en el territorio, generando nuevos procesos y dinámicas socioambientales. 

Además de la investigación académica, el grupo APTA ha tenido una importante actividad en la investigación aplicada, principalmente en la elaboración de estudios de análisis territorial y en la planificación en diferentes escaleras para varias administraciones públicas, favoreciendo así la transferencia de conocimiento a las instituciones.