En este ámbito se estudian la variabilidad de las distribuciones in situ de partículas inertes y de las poblaciones planctónicas asociadas a los fenómenos de mezcla en sistemas naturales (embalses y pantanales) y su variabilidad tanto espacial como temporal.Esta línea incluye el estudio de fenómenos como la dinámica de los penachos convectivos cargados de partículas en un lago, el efecto de las plantas sumergidas y emergentes sobre la mezcla y el transporte en una columna de agua (efecto de ombratge y protección) y la dinámica de poblaciones de algas ligadas a los fenómenos de mezcla en lagos y embalses.En el laboratorio se simulan y se reproducen los principales fenómenos que se dan en los sistemas naturales.Se estudia el efecto de las plantas sobre la atenuación de las olas.Actualmente las líneas interdisciplinarias se desarrollan con mucha intensidad en zonas litorales y costeras, en colaboración con empresas interesadas en el tema.También se llevan a cabo trabajos sobre la filtración biológica del agua con la finalidad de mejorar las técnicas de depuración de aguas residuales.En estos trabajos colabora el Consorcio de la Costa Brava.