1. Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2. Bases de dades
Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank)
Bases de dades estructurals (PDB, CATH)
3. Cerca i anàlisi de seqüències
Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues)
Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.)
Formats de seqüències més emprats (FASTA)
Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix)
Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)
4. Alineaments 2 a 2. Dot plot anàlisi. Mètodes de programació dinàmica: alineaments global mitjançant l'algorisme de Needleman-Wunsch, i alineament local l'algorisme de Smith-Waterman. Scoring matrices. Cerca en bases de dades amb mètodes de paraula clau, FASTA i BLAST
5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee)
Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)
6. Anotació de gens i Gene Ontology. Estructura de gens. Navegadors genòmics. Ensembl.
7. Introducció al drug discovery. Biodisponibilitat i activitat intrínseca. Regla de Lipinski. Farmacòfors. Relacions estructura activitat. Docking.
8. Modelatge de proteïnes per homologia
9. Fonaments de Mecànica Molecular. Force fields. Simulacions de Dinàmica Molecular.
10. Bloc 1
L'avaluació consta de dues parts
1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4,5 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació). La no assistència a l'examen final sense causa justificada implica suspendre l'assignatura. Aquesta és l'única activitat recuperable, en el cas que s'hagi suspès, en un examen de recuperació.
2.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. Durant el curs es realitzaran 3 blocs d'activitats avaluables i NO RECUPERABLES de GM (13.3% cada bloc). L’assistència serà OBLIGATÒRIA per aquelles sessions de GM en que es realitzin activitats avaluables. Aquestes activitats constaran d'exercicis sobre casos proposats a entregar en un termini establert.
Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Es consideren com a NO PRESENTATS aquells alumnes que no realitzin cap de les activitats previstes per a l'avaluació.
Avaluació única:
L’avaluació única consistirà, en el dia establert, en la realització d'una prova final (100% de la nota i és recuperable).
Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura caldrà obtenir una nota mínima de 4,50 punts en l’examen final i una qualificació mínima de 5,00 de l'assignatura amb la ponderació de les activitats avaluables de l'avaluació contínua. En el cas de l'avaluació única, s'ha d'obtenir una nota mínima d'un 5,00 de la prova final per aprovar l'assignatura.
La no assistència a l'examen final sense causa justificada implica suspendre l'assignatura.