Dades generals

Curs acadèmic:
2017
Descripció:
Distribució i diversitat dels microorganismes en la natura. Resposta de les poblacions microbianes als factors ambientals. Interaccions entre microorganismes. Mètodes per a l'estudi de la diversitat i funció dels microorganismes en el medi. Estudi de casos.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BL

Durada:
Semestral, 1r semestre
Professorat:
LUIS BAÑERAS VIVES  / LIBRADO JESUS GARCIA GIL
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Descriure , a nivell estructural i funcional , les bases cel·lulars i fisiològiques dels éssers vius.
  • Identificar i descriure els cicles biològics i les adaptacions funcionals al medi.
  • Comprendre els diferents nivells organitzatius de l'ecosistema i els seus components , la interacció entre els éssers vius i el seu entorn i identificar les problemàtiques ambientals associades per a la conservació dels ecosistemes i la preservació de la biodiversitat.

Continguts

1. Contents. Theoretical and Working Groups

          1.1. Introduction and general concepts in Microbial Ecology

                    1.1.1. Microbial diversity. Problems and solutions to the study of microbes in nature

                    1.1.2. Factors afecting distribution and activity of microorganisms in nature

                    1.1.3. Structure of microbial communities and populations

                    1.1.4. Dynamics of microbial communities and populations

                    1.1.5. Interactions between microbes and the environment

          1.2. Microbial Ecology methods.

                    1.2.1. Sampling and sample pre-treatment

                    1.2.2. Identification and enumeration of microorganisms in natural samples

                    1.2.3. Measurement of microbial activity. Potential measures and in situ methods

                    1.2.4. Molecular methods: genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics

2. Contents. Paper descussions

          2.1. Research papers will be selected at the beginning of the course and distributed among students

3. Contents. Lab experiments

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 10 18 28
Classes expositives 12 0 12
Classes pràctiques 6 13 19
Prova d'avaluació 6 10 16
Total 34 41 75

Bibliografia

  • Kowalchuk, George A. (2004 ). Molecular microbial ecology manual (2nd ed.). Dordrecht [etc.]: Kluwer. Catàleg
  • Kirchman, David L. (cop. 2000 ). Microbial ecology of the oceans . New York: Wiley. Catàleg
  • Rosenberg, Eugene (1999 ). Microbial ecology and infectious disease . Washington, DC: ASM Press. Catàleg
  • Sorokin, Yuri I (1999 ). Aquatic microbial ecology : a textbook for students in environmental sciences . Leiden: Backhuys Publishers. Catàleg
  • Atlas, Ronald M (cop. 1998 ). Microbial ecology : fundamentals and applications (4th ed.). Menlo Park [etc.]: The Benjamin/Cummings Science Publishing. Catàleg
  • Akkermans, Antoon D.L. (1995 ). Molecular microbial ecology manual . Dordrecht [etc.]: Kluwer. Catàleg
  • Atlas, Ronald M (cop. 1993 ). Microbial ecology : fundamentals and applications (3rd ed.). Redwood City, CA [etc.]: The Benjamin/Cummings Punlishing. Catàleg
  • Atlas, Ronald M (cop. 2002 ). Ecología microbiana y microbiología ambiental (2ª ed.). Madrid [etc.]: Addison Wesley :Pearson. Catàleg
  • Hurst, Christon J. (cop. 2007 ). Manual of environmental microbiology (3rd ed.). Washington: ASM Press. Catàleg
  • Maier, Raina M (cop. 2000 ). Environmental microbiology . San Diego [etc.]: Academic Press. Catàleg
  • Steffan, R. J. Polimerase chain reaction : application in environmental microbiology . . Catàleg
  • Liu, Wen-Tso (cop. 2010 ). Environmental molecular microbiology . Wymondham: Caister Academic. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
FINAL EXAM Final exam of the course.
Includes quiz about all contents of the course (theoretical framework, paper discussions and lab experiments).
Exam is based on discussion questions and interpretation of research graphs and texts.
This activity must be done individually. Students can use bibliographic material (papers, lecture notes, books) but not electronic devices with internet connection during the exam.
Maximum grade of this activity is 45.
Minimum grade to pass the course is 18.
This is a resit activity.
45
Research paper discussions This is a cooperative activity. Groups will be organized in the course, tipically will consist of 2 to 4 students.
Research papers will be delivered at the begining of the course and must be analized and discussed scientifically.
This activity has a maximum grade of 40, divided in two parts, a summary of the work done (20) and a public presentation, scientific seminar, of the paper discussed (20).
All students must participate in the presentation of the work.
40
Laboratory experiments Laboratory experiments (in silico).
This activity contributes to a maximum of 20.
Grading will be done after the receipt of a laboratory report of the experiments done in the lab sessions.
This activity can be done in pairs.
15

Qualificació

Maximum mark for the course is 100 points, minimum mark to pass the course is 50 points. Final grading is derived from the following activities:

EXAM: contributes to final grading with 45 points. Final exam will include questions from all contents of the course, lectures, research and discussion papers, and laboratory experiments. Bibliographic material is permitted. Laptops and other devices with internet connection are forbidden. A minimum mark of 18 is required for this activity. This is a resit activity.

LABORATORY report: contributes to final grading with 15 points. Consists in a laboratory report and answers some questions related to tlaboratory work. This is a cooperative work activity (groups of 2-3 students).

RESEARCH PAPER discussions: contributes to final grading with 40 points. This activity has two parts, the study of a research paper and the presentation of a summary (20 points), its presentation as a research seminar (20 points). This is a group-working activity (4-5 students).

Final grades will be obtained adding the marks obtained in the three activities.

Those students who have a final mark <50 have the oportunity of a resit exam. This exam will have the same evaluation conditions above and will be scheduled during the examination period.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Students will receive a NOT-PRESENTED mark only if ANY of the evaluation activities have not been delivered or they have not attended the laboratory sessions.

Assignatures recomanades

  • Biodiversitat
  • Bioinformàtica aplicada
  • Biologia
  • Biologia molecular
  • Bioquímica
  • Citologia i histologia
  • Ecologia
  • Ecologia de poblacions
  • Ecosistemes aquàtics
  • Estadística
  • Evolució
  • Fisiologia bacteriana
  • Fonaments de bioinformàtica
  • Genètica
  • Genètica aplicada
  • Genètica de poblacions
  • Genòmica
  • Limnologia
  • Microbiologia
  • Microbiologia clínica
  • Oceanografia
  • Pràctiques de biologia molecular
  • Pràctiques de genètica
  • Pràctiques de microbiologia
  • Pràctiques d'ecologia
  • Regulació metabòlica
  • Virologia