La investigación en esta línea está centrada en la caracterización de microorganismos que sean de utilidad en bioingeniería tanto en aplicaciones tecnológicas y ambientales, en relación en procesos de depuración, potabilización y reciclaje del agua, bioremediació de suelos y aguas contaminadas, procesos electroquímicos en reactores biológicos, bioprotección enfrente de patógenos de vegetales y microorganismos implicados en las desviaciones sensoriales de productos derivados del corcho.