Dades generals
-
Curs acadèmic:
- 2022
-
Descripció:
- Disseny i simulació de molècules bioactives
-
Crèdits:
- 4
Grups
Grup A
-
Durada:
- Semestral, 2n semestre
-
Professorat:
- Ferran Feixas Gerones
/ Marc Garcia Borras
/ Silvia Osuna Oliveras
-
Idioma de les classes:
- Anglès (100%)
Competències
- CB1 - Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements adquirits i la seva capacitat de resolució de problemes en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la seva àrea d'estudi.
- CB2 - Que els estudiants siguin capaços d'integrar coneixements i enfrontar-se a la complexitat de formular judicis a partir d'una informació que, sent incompleta o limitada, inclogui reflexions sobre les responsabilitats socials i ètiques vinculades a l'aplicació dels seus coneixements i judicis.
- CB3 - Que els estudiants sàpiguen comunicar les seves conclusions i els coneixements i raons últimes que les sustenten a públics especialitzats i no especialitzats d'una manera clara i sense ambigüitats, fent servir com a llengua vehicular l'anglès.
- CE5 - Identificar les diferents forces intra i intermoleculars i reconèixer la seva importància en l'estructura i propietats físiques i químiques de sistemes moleculars i supramoleculars.
- CE6 - Exercitar la integració de la química computacional amb les observacions experimentals, aplicant amb criteri les eines apropiades per extreure la informació química rellevant, i ser capaç d'utilitzar-com a suport en la resolució de problemes químics de diferent índole.
Altres Competències
- Identificar, descriure i discutir els principis del disseny de biocatalitzadors
Continguts
1. Fundamentals of Biomolecular Structure and Dynamics
1.1. The three-dimensional structure of biomolecules
1.2. Conformational dynamics and flexibility of (bio)molecules
2. Fundamentals of Biocatalysis
2.1. Mechanism of action of enzymes
2.2. Kinetics of enzyme catalysis
3. Computational Techniques for (Bio)molecular Modeling.
3.1. Molecular Mechanics: Force fields
3.2. Molecular Dynamics Simulations
3.3. Quantum Mechanics and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics hybrid Methods
3.4. Predicting biomolecule (protein) structures: from homology modeling to AlphaFold
4. Computational Techniques for Biocatalyst Design
4.1. Challenges in Enzyme Design
4.2. Methods and Approaches for Enzyme design
4.3. Computational Enzyme Design: Evaluation and ranking techniques
Activitats
Tipus d’activitat |
Hores amb professor |
Hores sense professor |
Hores virtuals amb professor |
Total |
Anàlisi / estudi de casos |
8,00 |
38,00 |
0
|
46,00 |
Prova d'avaluació |
2,00 |
16,00 |
0
|
18,00 |
Sessió expositiva |
18,00 |
0
|
0
|
18,00 |
Sessió pràctica |
12,00 |
6,00 |
0
|
18,00 |
Total |
40,00 |
60,00 |
0
|
100 |
Bibliografia
- King, Frank D. (cop. 2002 ). Medicinal chemistry : principles and practice (2nd ed.). Cambridge, UK: Royal Society of Chemistry. Catàleg
- Lemke, T. L.; Williams, D. A. (2012). Foye's principles of medicinal chemistry (7th ed.). Baltimore: Lippincott Williams & Wilkins.
- Patrick, G. L. (2005). An introduction to medicinal chemistry (4th ed.). Oxford: Oxford University Press.
- Avendaño López, María del Carmen (2001 ). Introducción a la química farmacéutica (2ª ed.). Madrid [etc.]: McGraw-Hill Interamericana. Catàleg
- Faller, Bernard (cop. 2009 ). Hit and lead profiling : identification and optimization of drug-like molecules . Weinheim: Wiley-VCH. Catàleg
- R. Leach (2001). Molecular Modelling, principles and applications. Pearson Education Limited, Harlow.
- M.P. Allen and D. J. Tildesley (1991). Computer Simulation of Liquids. Oxford Univ. Press.
- D. Frankel, D. Smit (2002). Understanding Molecular Simulation, Second Edition: From Algorithms to Applicati. Academic Press.
- D. Rappaport (1995). The Art of Molecular Dynamics Simulations. Cambridge Univ. Press.
- Berg, J. M.; Tymoczko, J.L.; Stryer, L (2007). Biochemistry. W. H. Freeman. Catàleg
- Fersht, A. (1985). Enzyme Structure and Mechanism. W. H. Freeman.
Avaluació i qualificació
Activitats d'avaluació:
Descripció de l'activitat |
Avaluació de l'activitat |
% |
Recuperable |
Oral presentation of a research project |
Development of a research project and oral presentation of the obtained results. |
50 |
Sí |
Final Exam |
Written assesment about the contents of the course. |
50 |
Sí |
Qualificació
The module will be assessed by a combination of a written exam (50%) and the oral presentation of a research project (50%)
Criteris específics de la nota «No Presentat»:
A "Not presented" mark will only be considered if the student has not carried out any of the evaluation activities.
Avaluació única:
Students who take the single assessment ("Avaluació única") will have as their assessment activities the two described (oral presentation and exam). The minimum mark of each part to pass the subject must be 5.0 out of 10.
Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0
Tutoria
Tutorials (Face-to-face preferentially but also via Moodle, Google Meet or email) can be scheduled at all times agreed with the teachers via e-mail.
Comunicacio i interacció amb l'estudiantat
Communication and interaction with students will be done through Moodle platform, using the notice forum. e-mail should remain a one-off event.
Modificació del disseny
Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial: les classes expositives es faran presencialment a l'aula per la meitat dels estudiants i es retransmetran per streaming pels estudiants que no puguin assistir a l'aula.
Escenari tancament UdG: les classes expositives seran gravades pel professorat i els vídeos es penjaran a la plataforma Moodle. A més, es proporcionarà material de suport a l'estudiantat.
Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: es proporcionarà el temari a través de la plataforma Moodle així com material addicional en forma de vídeos.
Modificació de l'avaluació:
Escenari semipresencial: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) seran presencials seguint les mesures de seguretat adients.
Escenari tancament UdG: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) es faran on-line a través de la plataforma adient (Moodle, Meet, Teams)
Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) es faran on-line a través de la plataforma adient (Moodle, Meet, Teams)
Tutoria i comunicació:
Escenari semipresencial: les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories presencials o virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).
Escenari tancament UdG: Les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).
Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).