Dades generals

Curs acadèmic:
2012
Descripció:
Eines bioinformàtiques via web. Accés a bases de dades biològics. Filogènia molecular. Identificació de gens.
Crèdits ECTS:
3
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Indistintament (50%)

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Grup RA

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Competències

  • CG1. - Capacitat per analitzar críticament, a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades, situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • CG2. - Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional, utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • CG3. - Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • CG4. - Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • CG5. - Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • CE-2. Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Comprendre, a nivell estructural i funcional, les bases moleculars de les estructures i els processos biològics i les seves aplicacions.
  • Comprendre els processos que determinen el funcionament dels éssers vius, els mecanismes de regulació i la seva manipulació.
  • Conèixer i interpretar la informació continguda en base de dades sobre molcules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.
  • Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • CE-13. Conèixer i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Introducció a llenguatges de programació. Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language).

3. Bases de dades Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH) Bases de dades del NAR Introducció al SRS (Sequence Retrieval System)

4. Cerca i anàlisi de seqüències Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST) Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)

6. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

7. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 2,5 8 10,5
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,5 8 10,5
Classes participatives 1 4 5
Classes pràctiques 15 10 25
Elaboració de treballs 2 8 10
Prova d'avaluació 2 12 14
Total 25 50 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
    Classe de Grup Petit Presentació i resolució d'un problema davant la classe 10
    Cerca d'informació Cerca d'informació en bases de dades biològiques 20
    Realització de problemes resolució de problemes 20
    Projecte individual Presentació d'un projecte individual 50

    Qualificació

    El 50% de la nota és la presentació d'un treball personal a final de curs. A principi de l'assignatura cada estudiant escollirà un projecte a fer que presentarà en forma de memòria.
    A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota.

    Observacions

    Assignatura totalment pràctica. És la part pràctica de l'assignatura Fonaments de Bioinformàtica

    Assignatures recomanades

    • Fonaments de bioinformàtica