Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
UdG 30 anys
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2010
Descripció:
Aplicació de recursos computacionals i informàtics a la química: tractament de bases de dades químiques; disseny molecular i predicció de propietats; aplicacions al disseny in silico de fàrmacs.
Crèdits:
5
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Completament (100%)

Grups

Grup A

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
Luis Blancafort San Jose

Competències

  • Saber interpretar, planificar o discutir casos de manipulació de dades estructurals basats en la quimioinformàtica.
  • Saber interpretar, planificar o discutir casos de disseny molecular orientat al desenvolupament de compostos amb propietats concretes.
  • Utilitzar adequadament les eines uitlitzades en modelització molecular.

Continguts

1. 2D REPRESENTATION OF STRUCTURES

          1.1. 2D Structural representation

          1.2. Structure and substructure searches

          1.3. Applications of structure and substructure searches

2. 3D REPRESENTATION OF STRUCTURES

          2.1. 3D Data bases and generation of virtual data bases

          2.2. Searches in 3D data bases

3. PHARMACOPHORES

          3.1. Pharmacophores in chemoinformatics

          3.2. Pharmacophore mapping

4. MOLECULAR MODELS AND QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATIONSHIPS (QSAR)

          4.1. Introduction to QSAR

          4.2. The Hammett quantitative relationship

          4.3. Molecular descriptors

          4.4. Examples of QSAR

5. SIMILARITY AND DIVERSITY

          5.1. Similarity and diversity as screening principles

          5.2. Similarity methods

          5.3. Selection of diverse sets of compounds

          5.4. Conclusions and evaluation of similarity and diversity based selection

6. VIRUTAL SCREENING AND ANALYSIS OF HIGH-THROUGHPUT SCREENING DATA

          6.1. Principles of screening

          6.2. General filters - Drug-likeness and ADMET properties

          6.3. High-throughput screening

7. PROTEIN-LIGAND DOCKING

          7.1. Docking methods

          7.2. Scoring methods

          7.3. Practical aspects of docking

8. IN SILICO TOXICOLOGY

          8.1. The REACH regulation

          8.2. The Toolbox for in silico toxicology

          8.3. Other softwares for toxicology prediction

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 8,00 4,00 12,00
Elaboració individual de treballs 0,25 25,00 25,25
Resolució d'exercicis 0 15,00 15,00
Sessió participativa 14,00 50,00 64,00
Total 22,25 94,00 116,25

Bibliografia

  • Gasteiger, Johann, Engel, Thomas (2003). Chemoinformatics : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH.
  • Leach, Andrew R., Gillet, Valerie J. (cop. 2003). An Introduction to chemoinformatics. Dordrecht [etc.]: Kluwer Academic Publishers.

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
Presentació en grup d'un projecte plantejat en format Web Quest, relacionat amb els continguts de l'assignatura. Es valorarà el contingut del treball, la claredat en la presentació i l'ús de l'anglés.
Resolució a casa d'exercicis relacionats amb el temari. ÉS valorarà la resolució correcta dels exercicis, la claredat en l'exposició i l'ús de l'anglés.

Qualificació

La nota final es calcula a partir de les activitats d'avalució seguint la proporció següent:

60 % Projecte Web Quest
40 % Resolució d'exercicis

Assignatures recomanades

  • Advanced physical chemistry
  • Applied statistics in medicinal chemistry
  • Chemical information patterns and registration
  • Informació i documentació científica I
  • Medicinal chemistry

Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.