Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú
Identificació

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2020
Descripció:
Disseny computacional de biomolècules. Estudi computacional de reaccions bioquímiques.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 1r semestre
Professorat:
SILVIA OSUNA OLIVERAS  / MARCEL SWART
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • Aplicar els fonaments científics i el mètode científic ( reunir i gestionar dades per formular i comprovar hipòtesis ) per analitzar i explicar l'objecte d'estudi de la disciplina.
  • Relacionar les propietats macroscòpiques de la matèria amb les característiques i estructura de les molècules individuals incloent biomolècules i macromolècules ( naturals i sintètiques ).
  • Aplicar els principis i teories de la reactivitat química a l'estudi dels compostos orgànics i inorgànics i al desenvolupament dels processos.

Continguts

1. Introducció a les Biomolècules

          1.1. Fonaments de Biologia Molecular i Bioquímica. Dels aminoàcids a les proteïnes. Interaccions no-covalents.

          1.2. Fonaments de Química Biomèdica. Interacció substrat-proteïna.

2. Fonaments de Química Computacional.

          2.1. Fonaments de Química Quàntica aplicats a l'estudi de biomolècules. Avantatges i limitacions.

          2.2. Fonaments de Mecànica Molecular aplicats a l'estudi de biomolècules

                    2.2.1. Estudi computacional de l'estructura de proteïnes

3. Eines pel disseny i modelatge biomolecular

          3.1. Tècniques de Docking Molecular

          3.2. Models d'Homologia

          3.3. Termodinàmica estadística aplicada a biomolècules.

                    3.3.1. Estudi computacional de la interacció entre proteïna i lligand

          3.4. Dinàmica Molecular de biomolècules

                    3.4.1. Estudi computacional de les propietats dinàmiques de les proteïnes

4. Eines computacionals per a la visualització i anàlisi de biomolècules

          4.1. Introducció al Chimera

5. Aplicacions: Disseny computacional de biomolècules

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 0 10,00 0 10,00
Elaboració individual de treballs 11,00 11,00 0 22,00
Exposició dels estudiants 1,00 4,00 0 5,00
Prova d'avaluació 1,00 9,00 0 10,00
Resolució d'exercicis 5,00 5,00 0 10,00
Sessió expositiva 6,00 12,00 0 18,00
Total 24,00 51,00 0 75

Bibliografia

  • Leach, Andrew R (1996 ). Molecular modelling : principles and applications . Harlow: Addison Wesley. Catàleg
  • Cramer, Christopher J (cop. 2002 ). Essentials of computational chemistry : theories and models . West Sussex: Wiley. Catàleg
  • Jensen, Frank (cop. 1999 ). Introduction to computational chemistry . Chichester [etc.]: John Wiley & Sons. Catàleg
  • Leach, Andrew R (cop. 2003). An Introduction to chemoinformatics . Dordrecht [etc.]: Kluwer Academic Publishers. Catàleg
  • Berg, Jeremy M.|q(Jeremy Mark) (cop. 2002 ). Biochemistry (5th. ed). New York: Freeman and Company. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Exposició oral d'un petit treball de recerca propi Explicació del problema. Presentació dels resultats. Anàlisi crític dels resultats. 20 No
Examen Es valorarà la capacitat de l'estudiat per entendre els fonaments dels mètodes computacionals emprats en el disseny biomolecular i les seves limitacions. 20
Informe escrit d'un petit treball de recerca propi Elaboració d'un informe sobre el treball de recerca. Disseny del projecte i adequació dels mètodes, anàlisi dels resultats 60

Qualificació

En la prova escrita es valorarà la capacitat de l'estudiant per entendre els mètodes computacionals i les seves limitacions (20% de la nota). En l'informe escrit es valorarà el disseny del projecte, l'ànalisi dels resultats, la presentació dels resultats i l'esperit crític (60% de la nota). En l'exposició oral es valorarà la capacitat de l'alumne per transmetre el problema científic, la seva exposició dels resultats i la seva capacitat de raonar en públic (20% de la nota).

Les notes de l'examen i de l'informe són recuperable (80% de l'assignatura).

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Només es donarà la nota NP a qui no hagi entregat cap element avaluable durant el curs.

Avaluació única:
Els estudiants que optin per l'avaluació única han de complir totes les activitats. Per considerar superada l'assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0 sobre 10.0 a totes activitats.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0 sobre 10.0

Tutoria

Tutories (presencials preferiblement o via Moodle, Google Meet o email) programades amb previ avís via email o presencialment.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

La comunicació i interacció amb els estudiants es realitzarà a través de la plataforma Moodle, preferiblement usant el forum.

Observacions

L'assignatura és essencialment pràctica.

Assignatures recomanades

  • Bioquímica
  • Termodinàmica química i estadística

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial: les classes expositives es faran presencialment a l'aula per la meitat dels estudiants i es retransmetran per streaming pels estudiants que no puguin assistir a l'aula.

Escenari tancament UdG: les classes expositives seran gravades pel professorat i els vídeos es penjaran a la plataforma Moodle. A més, es proporcionarà material de suport a l'estudiantat.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: es proporcionarà el temari a través de la plataforma Moodle així com material addicional en forma de vídeos.

Modificació de l'avaluació:
Escenari semipresencial: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) seran presencials seguint les mesures de seguretat adients.

Escenari tancament UdG: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) es faran on-line a través de la plataforma adient (Moodle, Meet, Teams)

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: les activitats d'avaluació (presentació oral i examen) es faran on-line a través de la plataforma adient (Moodle, Meet, Teams)

Tutoria i comunicació:
Escenari semipresencial: les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories presencials o virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).

Escenari tancament UdG: Les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal: les sessions de tutoria consistiran en hores convingudes entre l'estudiant i el professor. L'estudiant enviarà un correu electrònic al professor sol·licitant la tutoria i es quedarà en un dia/hora concrets. Seran tutories virtuals a través de la plataforma adient (Meet, Teams).