L’Estudi General, antecedent històric de la Universitat de Girona, va ser creat el 1446 pel rei Alfons el Magnànim, el qual va concedir a Girona el privilegi d’atorgar títols de gramàtica, retòrica, filosofia i teologia, dret i medicina. La iniciativa docent va ser a càrrec dels síndics municipals i de l’església, però les classes no van començar oficialment fins al 1572, en l’entorn del que ara es coneix com a edifici de les Àligues, construït expressament per ser la seu universitària. Els estudis universitaris es van estendre amb un notable prestigi fins al 1717. Aleshores, la Universitat va ser clausurada a causa del Decret de Nova Planta i de la pèrdua d’identitat política de Catalunya.
Al llarg del segle XIX, i com a resultat de la revolució liberal, l’Ajuntament de la ciutat va impulsar l’anomenada "Universitat Lliure de Girona", que va oferir estudis de dret i farmàcia fins al 1874.
La història recent de la Universitat de Girona té com a referents l’Escola Normal de Mestres i, d'una manera especial, les iniciatives que es duen a terme als anys seixanta del segle XX, per tal de tornar a instaurar estudis universitaris a Girona. Es creen el Col·legi Universitari de Girona i l’Escola Politècnica Superior, que depenen, respectivament, de la Universitat Autònoma de Barcelona i de la Universitat Politècnica de Catalunya. Posteriorment es recupera l’Estudi General, que acull estudis d’humanitats, d’empresarials, de ciències i de ciències socials. Finalment, el 12 de desembre de 1991 el Parlament de Catalunya aprova la Llei 35/1991, que crea la nova Universitat de Girona, amb aportacions de les diverses cultures universitàries que converteixen Girona en un punt de referència multidisciplinari.
Aquests trenta anys d’història suposen un reforçament de l’oferta acadèmica, un augment de l’alumnat (de 7.000 estudiants el 1992 a 15.300 el 2020), una intensificació de la recerca i de la presència internacional i en el territori, i una expansió dels campus, ara situats al centre de la ciutat, a Montilivi i al Barri Vell.