Els objectius d’aquesta línia són a) descriure la dinàmica de sistemes concrets (limnològics i marins), b) determinar i parametritzar els fluxos de massa i energia, c) revisar i aprofundir en els marcs conceptuals coneguts que descriuen i quantifiquen els diferents processos físics i, si és el cas, d) millorar el mètodes de mesura i e) elaborar noves propostes de models conceptuals per a modelar millor la dinàmica dels sistemes aquàtics naturals i la seva interacció amb l’atmosfera.