Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
UdG 30 anys
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2018
Descripció:
Disseny computacional de biomolècules. Estudi computacional de reaccions bioquímiques.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup QM

Durada:
Semestral, 1r semestre
Professorat:
SILVIA OSUNA OLIVERAS  / MARCEL SWART
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris
  • Aplicar els fonaments científics i el mètode científic ( reunir i gestionar dades per formular i comprovar hipòtesis ) per analitzar i explicar l'objecte d'estudi de la disciplina
  • Relacionar les propietats macroscòpiques de la matèria amb les característiques i estructura de les molècules individuals incloent biomolècules i macromolècules ( naturals i sintètiques )
  • Aplicar els principis i teories de la reactivitat química a l'estudi dels compostos orgànics i inorgànics i al desenvolupament dels processos

Continguts

1. Introducció a les Biomolècules

          1.1. Fonaments de Biologia Molecular i Bioquímica. Dels aminoàcids a les proteïnes. Interaccions no-covalents.

          1.2. Fonaments de Química Biomèdica. Interacció substrat-proteïna.

2. Fonaments de Química Computacional.

          2.1. Fonaments de Química Quàntica aplicats a l'estudi de biomolècules. Avantatges i limitacions.

          2.2. Fonaments de Mecànica Molecular aplicats a l'estudi de biomolècules

                    2.2.1. Estudi computacional de l'estructura de proteïnes

3. Eines pel disseny i modelatge biomolecular

          3.1. Tècniques de Docking Molecular

          3.2. Models d'Homologia

          3.3. Termodinàmica estadística aplicada a biomolècules.

                    3.3.1. Estudi computacional de la interacció entre proteïna i lligand

          3.4. Dinàmica Molecular de biomolècules

                    3.4.1. Estudi computacional de les propietats dinàmiques de les proteïnes

4. Eines computacionals per a la visualització i anàlisi de biomolècules

          4.1. Introducció al Chimera

5. Aplicacions: Disseny computacional de biomolècules

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Elaboració individual de treballs 11,00 21,00 32,00
Exposició dels estudiants 1,00 4,00 5,00
Prova d'avaluació 1,00 9,00 10,00
Resolució d'exercicis 5,00 5,00 10,00
Sessió expositiva 6,00 12,00 18,00
Total 24,00 51,00 75

Bibliografia

  • Leach, Andrew R (1996 ). Molecular modelling : principles and applications . Harlow: Addison Wesley. Catàleg
  • Cramer, Christopher J (cop. 2002 ). Essentials of computational chemistry : theories and models . West Sussex: Wiley. Catàleg
  • Jensen, Frank (cop. 1999 ). Introduction to computational chemistry . Chichester [etc.]: John Wiley & Sons. Catàleg
  • Leach, Andrew R (cop. 2003). An Introduction to chemoinformatics . Dordrecht [etc.]: Kluwer Academic Publishers. Catàleg
  • Berg, Jeremy M.|q(Jeremy Mark) (cop. 2002 ). Biochemistry (5th. ed). New York: Freeman and Company. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
Utilització de programari introduit durant l'assignatura de disseny biomolecular per al disseny computacional de biomolècules. Elaboració d'un informe sobre el treball de recerca. Disseny del projecte i adequació dels mètodes, anàlisi dels resultats 60
Exposició oral d'un petit treball de recerca propi Explicació del problema. Presentació dels resultats. Anàlisi crític dels resultats. 20
Examen Es valorarà la capacitat de l'estudiat per entendre els fonaments dels mètodes computacionals emprats en el disseny biomolecular i les seves limitacions. 20

Qualificació

En la prova escrita es valorarà la capacitat de l'estudiant per entendre els mètodes computacionals i les seves limitacions (20% de la nota). En l'informe escrit es valorarà el disseny del projecte, l'ànalisi dels resultats, la presentació dels resultats i l'esperit crític (60% de la nota). En l'exposició oral es valorarà la capacitat de l'alumne per transmetre el problema científic, la seva exposició dels resultats i la seva capacitat de raonar en públic (20% de la nota).

Només la nota de l'examen és recuperable (20% de l'assignatura).

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Només es donarà la nota NP a qui no hagi entregat cap element avaluable durant el curs.

Observacions

L'assignatura és essencialment pràctica.

Assignatures recomanades

  • Bioquímica
  • Termodinàmica química i estadística

Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.