Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
UdG 30 anys
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2018
Descripció:
Conceptes bàsics. Bases de dades biològics. Comparació de seqüències. Bioinformàtica estructural. Anàlisi 'òmics'
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BL

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / SANDRA HERAS MENA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / JORDI VIÑAS DE PUIG
Idioma de les classes:
Català (75%), Anglès (25%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina
  • Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació
  • Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH)

3. Cerca i anàlisi de seqüències Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)

4. Alineaments 2 a 2. Dot plot anàlisi. Mètodes de programació dinàmica: alineaments global mitjançant l'algorisme de Needleman-Wunsch, i alineament local l'algorisme de Smith-Waterman. Scoring matrices. Cerca en bases de dades amb mètodes de paraula clau, FASTA i BLAST

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)

6. Anotació de gens i Gene Ontology. Estructura de gens. Navegadors genòmics. Ensembl.

7. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

8. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,50 8,00 10,50
Cerca i anàlisi d'informació 0,25 6,00 6,25
Prova d'avaluació 4,00 0 4,00
Resolució d'exercicis 7,00 16,00 23,00
Sessió expositiva 11,00 20,25 31,25
Total 24,75 50,25 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
    Resoldre exercicis proposats Realització exercicis i discussió amb companys 40
    Prova final Respondre l'examen 60

    Qualificació

    L'avaluació consta de dues parts
    1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4,5 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació)
    2.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. 40% de la Nota. Durant el curs es faran activitats avaluables i NO RECUPERABLES de GM. Per tant, l'assistència a les sessions de GM serà OBLIGATÒRIA. Aquestes activitats constaran tant d'exercicis a entregar com discussió i presentació de casos proposats.

    Assignatures recomanades

    • Bioinformàtica aplicada

    Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

    Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

    Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

    Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

    Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.