Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú
Identificació

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2020
Descripció:
El disseny de proteïnes. Eines generals per a l'enginyeria de proteïnes. Disseny de novo i redisseny de proteïnes naturals. Aplicacions de l'enginyeria de proteïnes.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 1r semestre
Professorat:
MARC RIBO PANOSA
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • Utilitzar programes informàtics específics per al tractament complex de dades.
  • Aplicar les principals tècniques , estratègies i metodologies per a l'estudi , utilització i millora de sistemes biològics , incloent els mètodes de cultiu cel·lular i DNA recombinant.

Continguts

1. Els aminoàcids i la cadena polipeptídica: propietats fonamentals dels aminoàcids. L’enllaç peptídic i la síntesi de la cadena polipeptídica. 1.The amino acids and the polypeptide chain: fundamental properties of the amino acids. Peptide bond and synthesis of the polypeptide chain.

2. Nivells d’estructuració proteica. Principals elements d’estructura secundària. Estructura súper-secundària. Dominis. Estructura terciària. Proteïnes fibroses i globulars. Estructura quaternària. 2. Levels of protein structure. Principal elements of secondary structure. Super-secondary structure. Domains. Tertiary structure. Fibrous and globular proteins. Quaternary structure.

3. Metodologies generals de caracterització estructural de proteïnes. Espectroscòpies IR, DC, UV-Vis i fluorescència. Anàlisi estructural: cristal•lografia i raigs-X, espectroscòpia de RMN i microscòpia electrònica. 3. General methodologies for the structural characterization of proteins. IR, CD, UV-Vis and fluorescence spectroscopies. Structural analysis: X-ray-crystallography, NMR spectroscopy and electron microscopy.

4. Plegament i desplegament de proteïnes: estat natiu i estat desplegat. Estabilitat i dinàmica conformacional. Mètodes d’anàlisi del plegament. Models que descriuen el plegament proteic. Plegament i agregació: malalties conformacionals. 4. Protein folding and unfolding: native and unfolded states. Conformational stability and dynamics. Methods for the folding-unfolding analysis. Protein folding models. Folding and aggregation: conformational illness.

5. Tipus principals de modificacions post-traducció i implicacions funcionals. Degradació i recanvi proteic. 5. Post-translational modifications and functional implications. Protein degradation and turnover.

6. Mètodes teòrics i computacionals per al modelat i el disseny de proteïnes. Bases de dades seqüencials i estructurals de proteïnes: PIR, SwissProt i Protein Data Bank. 6. Theoretical and computational methods for modeling and designing proteins. Sequence and structure data bases: PIR, SwissProt and Protein Data Bank.

7. Desenvolupament inicial de l’enginyeria de proteïnes. Estudis d’estructura-funció de proteïnes: una visió general. Aproximacions generals a l’Enginyeria de Proteïnes: enginyeria racional, enginyeria combinatòria i disseny ‘de novo’. Tècniques bàsiques per a la modificació de proteïnes. 7. Early developments in Protein Engineering. Structure-function studies of proteins using protein engineering: an overview. General approaches to Protein Engineering: Rational engineering, combinatorial engineering, de novo design. Basic techniques for engineering proteins.

8. Enginyeria de Proteïnes racional mitjançant la fusió de dominis proteics o inserció de segments.8.Rational Protein Engineering by fusion of protein domains or insertion of peptide segments.

9. Enginyeria de Proteïnes per a la modificació de l’estabilitat, del reconeixement molecular proteïna-lligand i de l’activitat catalítica. Disseny de proteïnes ‘de novo’. 9. Engineering stability, molecular protein-binding recognition and catalytic activity. De novo Protein Design.

10. Enginyeria de proteïnes amb aminoàcids no-naturals: tall i unió de proteïnes, lligació de proteïnes i expansió del codi genètic. 10. Engineering proteins with non-natural amino acids: protein splicing, expressed protein ligation and expanding the genetic code.

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 10,00 5,00 0 15,00
Elaboració individual de treballs 0 26,00 6,00 32,00
Prova d'avaluació 2,00 8,00 0 10,00
Seminaris 6,00 0 0 6,00
Sessió expositiva 7,00 5,00 0 12,00
Total 25,00 44,00 6,00 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
    A partir de la informació aportada pel professor en el seminari sobre visualització i modelat de proteïnes, s'haurà d'elaborar un treball sobre una proteïna en concret que reculli informació sobre l'estructura de la proteïna i les interaccions amb un lligand. El treball suposa un 20% de la nota final.
    Es valorarà la presentació del treball dins la data fixada, la presentació i el fet que s'ajusti al format i la qualitat i el rigor del mateix. 20 No
    A partir de la informació aportada pel professor en el seminari sobre bases de dades, s'haurà d'elaborar un treball sobre una proteïna en concret que reculli informació del PDB i altres bases de dades. El treball suposa un 20% de la nota final. Es valorarà la presentació del treball dins la data fixada, la presentació i el fet que s'ajusti al format i la qualitat i el rigor del mateix. 20 No
    Prova d'avaluació escrita sobre els continguts que s'han treballat en l'assignatura. S'avaluaran els coneixements assolits en relació als continguts treballats en l'assignatura. Es superarà l'assignatura quan la suma de les diferents parts superi els 5.0 sobre 10. 60

    Qualificació

    Es superarà l'assignatura quan la suma de les diferents parts superi els 5.0 sobre 10.

    Criteris específics de la nota «No Presentat»:
    Es considerarà un no presentat quan l'estudiant no es presenti a la prova d'avaluació escrita i/o no entregui el treball.

    Avaluació única:
    Els estudiants que s'acullin a l'avaluació única hauran de realitzar únicament la prova d'avaluació escrita final la qualificació de la qual correspondrà al 100% de la nota. Aquesta prova és recuperable.

    Requisits mínims per aprovar:
    Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0

    Tutoria

    Els estudiants i professors poden acordar una cita per a una reunió (individual o en grup reduït) a la hora i lloc adequats per a resoldre qualsevol tipus de dubte que no es pugui resoldre per correu electrònic.

    Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

    Les notificacions generals als estudiants es faran a través de la plataforma Moodle. La principal forma de comunicació entre professors i estudiants serà per correu.

    Assignatures recomanades

    • Biologia molecular
    • Bioquímica
    • Experimentació en bioquímica
    • Pràctiques de biologia molecular
    • Pràctiques de Bioquímica

    Modificació del disseny

    Modificació de les activitats:
    Docència semi-presencial
    Les sessions de classe seran presencials i s’emetran també per streaming a les hores establertes en el calendari del curs. En aquestes sessions hi podran assistir presencialment els estudiants que segons les limitacions d'aforament indiquin els òrgans pertinents de la Facultat. Les sessions de la part pràctica o seminaris de l'assignatura (corresponents a les sessions que s'han de realitzar a l'aula informàtica) es realitzaran sempre de manera no presencial per part de l'estudiantat a través de streaming o bé les plataformes Blackboard Collaborate, Google Meet o Teams.

    Docència no presencial en cas de tancament de la UdG
    La docència de les sessions de classe en aquest cas es farà de manera no presencial tant pel professorat com pels estudiants i es realitzarà a través de les plataformes Blackboard Collaborate, Google Meet o Teams a les hores establertes en el calendari del curs. Alternativament, les sessions es poden gravar en video i en aquest cas es penjaran a la plataforma Moddle. Les sessions de pràctiques o seminaris es continuaran realitzant de manera no presencial.

    Casos especials
    En el cas de confinament puntual o en el cas d'alumnes en grup de risc, la docència es podrà seguir en streaming. En funció de les circumstàncies sanitàries es passaria a la modalitat no presencial i es realitzaria la docència a través de les plataformes Blackboard Collaborate, Google Meet o Teams a les hores establertes en el calendari del curs.

    Modificació de l'avaluació:
    Pel que respecta a les activitats d'avaluació la prova final escrita serà presencial sempre i quan l'aforament dels espais i les condicions sanitàries ho permetin. En cas contrari aquesta acivitat d'avaluació seria no presencial.
    L'avaluació dels treballs que han de presentar els estudiants com a tasques, a través de la plataforma Moodle, serà no presencial.

    Tutoria i comunicació:
    Les notificacions generals als estudiants es faran a través de la plataforma Moodle. La principal forma de comunicació entre professors i estudiants serà per correu. Els estudiants i professors poden acordar una cita per a una reunió (individual o en grup reduït) a la hora i lloc adequats per a resoldre qualsevol tipus de dubte que no es pugui resoldre per correu electrònic.