Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú
Identificació

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2020
Descripció:
Conceptes bàsics en bioinformàtica. Bases de dades biològics. Comparació de seqüències. Bioinformàtica estructural. Anàlisi 'òmics'
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / SANDRA HERAS MENA  / NURIA PEREZ BIELSA  / FRANCESC XAVIER ROCA GERONES  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / JORDI VIÑAS DE PUIG
Idioma de les classes:
Català (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació.
  • Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH)

3. Cerca i anàlisi de seqüències Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)

4. Alineaments 2 a 2. Dot plot anàlisi. Mètodes de programació dinàmica: alineaments global mitjançant l'algorisme de Needleman-Wunsch, i alineament local l'algorisme de Smith-Waterman. Scoring matrices. Cerca en bases de dades amb mètodes de paraula clau, FASTA i BLAST

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)

6. Anotació de gens i Gene Ontology. Estructura de gens. Navegadors genòmics. Ensembl.

7. Introducció al drug discovery. Biodisponibilitat i activitat intrínseca. Regla de Lipinski. Farmacòfors. Relacions estructura activitat. Docking.

8. Modelatge de proteïnes per homologia

9. Fonaments de Mecànica Molecular. Force fields. Simulacions de Dinàmica Molecular.

10. Bloc 1

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,50 8,00 0 10,50
Cerca i anàlisi d'informació 0,25 6,00 0 6,25
Prova d'avaluació 4,00 0 0 4,00
Resolució d'exercicis 7,00 16,00 0 23,00
Sessió expositiva 11,00 20,25 0 31,25
Total 24,75 50,25 0 75

Bibliografia

  • Leach, Andrew R (1996). Molecular modelling :. Harlow: Addison Wesley. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Resoldre exercicis proposats dels continguts 1 a 6 (bloc biologia) Realització d'exercicis proposats dels continguts del bloc de biologia 26,7 No
Resoldre exercicis proposats dels continguts 7 a 9 (bloc química) Realització d'exercicis proposats dels continguts del bloc de química 13,3 No
Prova final Respondre l'examen 60

Qualificació

L'avaluació consta de dues parts
1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4,5 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació). La no assistència a l'examen final sense causa justificada implica suspendre l'assignatura. Aquesta és l'única activitat recuperable, en el cas que s'hagi suspès, en un examen de recuperació.
2.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. Durant el curs es realitzaran 3 blocs d'activitats avaluables i NO RECUPERABLES de GM (13.3% cada bloc). Per tant, l'assistència a les sessions de GM serà OBLIGATÒRIA. Aquestes activitats constaran d'exercicis a entregar de casos proposats.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Es consideren com a NO PRESENTATS aquells alumnes que no realitzin cap de les activitats previstes per a l'avaluació.

Avaluació única:
L’avaluació única consistirà, en el dia establert, en la realització d'una prova final (100% de la nota i és recuperable). L’assistència a les sessions de GM és un requisit necessari.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0

Tutoria

Els dubtes de l’assignatura es realitzaran a través del correu, de Google Meet o al despatx en hores convingudes.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.

Assignatures recomanades

  • Bioinformàtica aplicada

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial.
Les classes magistrals es realitzaran semipresencialment o semipresencialment en streaming (amb la meitat dels estudiants a l'aula i la resta fent el seguiment de forma virtual des de casa) o amb sessions prèviament gravades (que podran ser visualitzades pel total dels alumnes des de casa).
El seguiment de les activitats de GM es realitzaran de forma virtual o bé de forma semipresencial.

Escenari tancament UdG.
La docència es realitzarà en format virtual a través de Google Meet o sessions prèviament gravades.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
Es facilitarà tot el material docent necessari per a un seguiment adequat de l'assignatura i també es resoldran dubtes a través del correu o de Google Meet en hores convingudes.

Modificació de l'avaluació:
Escenari semipresencial.
L’activitat d’avaluació de l'examen final (prova final) es continua mantenint de forma presencial.
Les activitats avaluables corresponents al seguiment de grup mitjà (resoldre exercicis proposats dels 3 blocs de l’assignatura) es realitzaran de forma telemàtica o bé de forma semipresencial.

Escenari tancament UdG.
Les activitats d’avaluació es realitzaran de forma telemàtica.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
Les activitats d’avaluació es realitzaran de forma telemàtica.

Tutoria i comunicació:
Escenari semipresencial.
La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.
Els dubtes de l’assignatura es realitzaran a través del correu o de Google Meet en hores convingudes.

Escenari tancament UdG.
La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.
Els dubtes de l’assignatura es realitzaran a través de fòrums de discussió per resoldre dubtes comuns, per generar debat i per fomentar un aprenentatge actiu; del correu o de Google Meet en hores convingudes.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.
Els dubtes de l’assignatura es resoldran a través de fòrums, del correu o de Google Meet en hores convingudes.