1. Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2. Introducció a llenguatges de programació.
Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language).
3. Bases de dades
Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank)
Bases de dades estructurals (PDB, CATH)
Bases de dades del NAR
Introducció al SRS (Sequence Retrieval System)
4. Cerca i anàlisi de seqüències
Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues)
Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.)
Formats de seqüències més emprats (FASTA)
Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix)
Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)
Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST
5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee)
Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM)
Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)
6. Estructura i funció de proteïnes
Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model)
Docking proteïna-lligand (eHiTS)
7. Relació estructura-activitat de lligands
Definició de farmacòfor
Construcció de farmacòfors amb Catalyst
Cerca de bases de dades emprant farmacòfors
L'avaluació consta de tres parts
1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació)
2.- PRESENTACIÓ TEMA A GRUP MITJÀ. 20% de la Nota. Durant el curs cada alumne, organitzats en grups de 5, ha de presentar un tema a la resta de la classe.
3.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. 20% de la Nota. Durant el curs es faran activitats avaluables de GM.