Estudia

• Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les
• Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès
• Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris
• Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat
• Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat
• Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina
• Utilitzar programes informàtics específics per al tractament complex de dades
• Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació
• Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades i format de seqüencies. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Treure informació bàsica de les bases de dades. Informació bibliogràfica. Informació de gens.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues). Formats de seqüències més emprats (FASTA).

4. Anotació de gens. Cerca avançada de seqüencies de DNA en bases de dades. Anotació de genes. Mapatge de gens i cerca de transcrits.

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) Disseny de primers

6. Anotació anvaçada de gens. Gene Ontology. Navegació genòmica: Ensembl, MapViewer.

7. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

8. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

• Attwood, Teresa K (2002). Introducción a la bioinformática. Madrid [etc.]: Prentice Hall. Catàleg
• Ramsden, Jeremy (2015). Bioinformatics : (3rd. ed.). London: Springer. Catàleg
• Higgs, Paul G (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Oxford: Blackwell. Catàleg
• Dear, Paul H (2007). Bioinformatics. Bloxham: Scion. Catàleg
• Mount, David W (2004). Bioinformatics : (2nd ed.). New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Catàleg
• Bueno Torrens, David (2015). 100 gens que ens fan humans :. Valls: Cossetània. Catàleg

Activitats d'avaluació:

El 50% de la nota és la presentació d'un treball personal a final de curs. A principi de l'assignatura a cada estudiant se li assignarà un gen per realitzar un projecte que presentarà en forma de memòria.

A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota. L'assistència a aquestes sessions pràctiques és OBLIGATÒRIA i NO ÉS RECUPERABLE.

Per tal de superar l’assignatura, s’ha d’aprovar per separat l’avaluació continuada i el projecte. El projecte es considerarà suspès si la mitjana ponderada de les parts de genètica i proteïnes és inferior a 5 o si la nota d’una de les dues parts és inferior a 4'6. En tots dos casos, l’estudiant haurà de recuperar la part o parts del projecte suspesa, i només podrà obtenir com a nota màxima de la part recuperada un 6.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
No entregar el projecte individual.

Assignatura totalment pràctica. És la part pràctica de l'assignatura Fonaments de Bioinformàtica

• Fonaments de bioinformàtica