1. Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2. Bases de dades i format de seqüencies. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Treure informació bàsica de les bases de dades. Informació bibliogràfica. Informació de gens.
3. Cerca i anàlisi de seqüències. Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues). Formats de seqüències més emprats (FASTA). Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST). Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST
4. Anotació de gens. Cerca avançada de seqüencies de DNA en bases de dades. Anotació de genes. Mapatge de gens i cerca de transcrits.
5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee)
Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM)
Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)
Disseny de primers
6. Anotació anvaçada de gens. Gene Ontology. Navegació genòmica: Ensembl, MapViewer.
7. Estructura i funció de proteïnes
Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model)
Docking proteïna-lligand (eHiTS)
8. Relació estructura-activitat de lligands
Definició de farmacòfor
Construcció de farmacòfors amb Catalyst
Cerca de bases de dades emprant farmacòfors
El 50% de la nota és la presentació d'un treball personal a final de curs. A principi de l'assignatura cada estudiant escollirà un projecte a fer que presentarà en forma de memòria.
A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota. L'assistència a aquestes sessions pràctiques és OBLIGATÒRIA i no és recuperable.
Per tal de superar l'assignatura, s'han d'aprovar per separat tant l'avaluació continuada com el projecte. Els alumnes que hagin de presentar-se a la recuperació per tal d'aprovar l'assignatura, només podran obtenir com a nota máxima un APTE (6) en la nota del projecte.