Dades generals

Curs acadèmic:
2012
Descripció:
Aplicació de recursos computacionals per a la generació, gestió, transferència i anàlisi de dades química i molecular. Disseny molecular i predicció de propietats. Aplicacions al disseny /in silico / de fàrmacs i altres composts. Bases de dades i llibreries moleculars. Formats de fitxers. Descriptors químics: obtenció, gestió i tractament. Quimiometria i anàlisi estadística de dades. Visualització. Models matemàtics i QSAR /QSPR.High Throughput Screening virtual. Química combinatòria. Disseny i modelatge moleculars: farmacòfors i docking. Representació d'estructures. Semblança i diversitat.
Crèdits ECTS:
3
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Majoritàriament (75%)

Grups

Grup A

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE

Grup RA

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE

Competències

  • CG1. - Capacitat per analitzar críticament, a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades, situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • CG2. - Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional, utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Descriure les propietats macroscòpiques de biomolècules, substàncies i altres materials, i relacionar-les amb les propietats dels seus components.
  • Comprendre i aplicar els principis i teories de les reaccions químiques a l'estudi de compostos, biomolècules i materials, així com al desenvolupament de processos.
  • Interpretar i aplicar els principis fisicoquímics a la descripció de l'estructura i les propietats dels àtoms i les molècules.
  • Adquirir els fonaments científics i aplicar el mètode científic per analitzar i explicar l'objecte d'estudi de la disciplina.

Continguts

1. Introducció

          1.1. Screening molecular

          1.2. Predicció de l'activitat farmacològica i relacions estructura-propietat

2. Representació d'estructures

          2.1. Representació 2D

          2.2. Representació 3D

          2.3. Bases de dades estructurals i cerques

3. Farmacòfors

          3.1. Farmacòfors a la química informàtica

          3.2. Traçat del farmacòfor

4. Models moleculars i relacions quantitatives d'estructura activitat (QSAR)

          4.1. Introducció a la QSAR

          4.2. Descriptors moleculars

          4.3. Exemples de QSAR

5. Semblança i diversitat molecular

          5.1. Mètodes de semblança

          5.2. Selecció de conjunts moleculars diversos

6. Docking entre lligands i proteïnes

          6.1. Mètodes de docking

          6.2. Mètodes de puntuació

          6.3. Aspectes pràctics del docking

7. Toxicologia in silico

          7.1. La normativa REACH

          7.2. La Toolbox per toxicologia in silico

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Classes expositives 20 20 40
Classes pràctiques 10 0 10
Elaboració de treballs 0 15 15
Resolució d'exercicis 0 10 10
Total 30 45 75

Bibliografia

  • Gasteiger, Johann Engel, Thomas (2003 ). Chemoinformatics : a textbook . Weinheim: Wiley-VCH. Catàleg
  • Bajorath, Jürgen (cop. 2004 ). Chemoinformatics : concepts, methods, and tools for drug discovery . Totowa, N.J.: Humana Press. Catàleg
  • Leach, Andrew R (cop. 2003). An Introduction to chemoinformatics . Dordrecht [etc.]: Kluwer Academic Publishers. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
Pràctiques amb software específic Contingut de l'informe i claredat en la presentació. 20
Elaboració i presentació en grup d'un projecte plantejat en format WebQuest Presentació d'informe. Es valorarà el contingut, la presentació i l'ús de l'anglés. 40
Resolució a casa d'exercicis Resolució correcta de l'exercici 40

Qualificació

La nota de l'assignatura es calcularà a partir de la nota de WebQuest (40%), la nota global dels exercicis que s'han de fer a casa (40%), i la nota global dels infomes de pràctica (20%).
Els estudiants que suspenguin l'assignatura hauran de fer un examen de recuperació.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Només es donarà la nota NP a qui no hagi entregat cap element avaluable durant el curs.

Observacions

Prerequesits: Fonaments de química quàntica i matemàtiques; coneixement de la llengua anglesa a nivell de comprensió lectora de texts científics.

Assignatures recomanades

  • Química quàntica i espectroscòpia