Dades generals

Curs acadèmic:
2012
Descripció:
Conceptes bàsics. Bases de dades biològics. Comparació de seqüències. Bioinformàtica estructural. Anàlisi 'òmics'
Crèdits ECTS:
3
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Majoritàriament (75%)

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Grup RA

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Competències

  • CG1. - Capacitat per analitzar críticament, a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades, situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • CG2. - Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional, utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • CG3. - Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • CG4. - Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • CG5. - Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • CE-2. Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Comprendre, a nivell estructural i funcional, les bases moleculars de les estructures i els processos biològics i les seves aplicacions.
  • Comprendre els processos que determinen el funcionament dels éssers vius, els mecanismes de regulació i la seva manipulació.
  • Conèixer i interpretar la informació continguda en base de dades sobre molcules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.
  • Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • CE-13. Conèixer i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Introducció a llenguatges de programació. Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language).

3. Bases de dades Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH) Bases de dades del NAR Introducció al SRS (Sequence Retrieval System)

4. Cerca i anàlisi de seqüències Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST) Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)

6. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

7. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 4 8,5 12,5
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,5 8 10,5
Cerca d'informació 0,25 6 6,25
Classes expositives 11 20,25 31,25
Prova d'avaluació 4 0 4
Resolució d'exercicis 2,5 8 10,5
Total 24,25 50,75 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
    Resoldre exercicis proposats Realització d'una presentació per com a mínim cada alumne 20
    Resoldre casos i presentació davant la classe Presentació del cas resolt a la classe 20
    Prova final Respondre l'examen 60

    Qualificació

    L'avaluació consta de tres parts
    1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació)
    2.- PRESENTACIÓ TEMA A GRUP MITJÀ. 20% de la Nota. Durant el curs cada alumne, organitzats en grups de 5, ha de presentar un tema a la resta de la classe.
    3.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. 20% de la Nota. Durant el curs es faran activitats avaluables de GM.

    Assignatures recomanades

    • Bioinformàtica aplicada