Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
UdG 30 anys
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2012
Descripció:
Conceptes bàsics. Bases de dades biològics. Comparació de seqüències. Bioinformàtica estructural. Anàlisi 'òmics'
Crèdits ECTS:
3
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Majoritàriament (75%)

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Grup RA

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Competències

  • CG1. - Capacitat per analitzar críticament, a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades, situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • CG2. - Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional, utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • CG3. - Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • CG4. - Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • CG5. - Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • CE-2. Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Comprendre, a nivell estructural i funcional, les bases moleculars de les estructures i els processos biològics i les seves aplicacions.
  • Comprendre els processos que determinen el funcionament dels éssers vius, els mecanismes de regulació i la seva manipulació.
  • Conèixer i interpretar la informació continguda en base de dades sobre molcules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.
  • Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • CE-13. Conèixer i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Introducció a llenguatges de programació. Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language).

3. Bases de dades Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH) Bases de dades del NAR Introducció al SRS (Sequence Retrieval System)

4. Cerca i anàlisi de seqüències Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST) Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)

6. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

7. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 4,00 8,50 12,50
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,50 8,00 10,50
Cerca i anàlisi d'informació 0,25 6,00 6,25
Prova d'avaluació 4,00 0 4,00
Resolució d'exercicis 2,50 8,00 10,50
Sessió expositiva 11,00 20,25 31,25
Total 24,25 50,75 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
    Resoldre exercicis proposats Realització d'una presentació per com a mínim cada alumne 20
    Resoldre casos i presentació davant la classe Presentació del cas resolt a la classe 20
    Prova final Respondre l'examen 60

    Qualificació

    L'avaluació consta de tres parts
    1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació)
    2.- PRESENTACIÓ TEMA A GRUP MITJÀ. 20% de la Nota. Durant el curs cada alumne, organitzats en grups de 5, ha de presentar un tema a la resta de la classe.
    3.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. 20% de la Nota. Durant el curs es faran activitats avaluables de GM.

    Assignatures recomanades

    • Bioinformàtica aplicada

    Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Universitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

    Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

    Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

    Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

    Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.