Institut d'Ecologia Aquàtica

Microbiologia/gEMM

Contacte

Institut d'Ecologia Aquàtica

Campus de Montilivi mapa
M. Aurèlia Capmany 69
17003 Girona
Tel. 972 41 82 66
Fax 972 41 81 50
dir.iea@udg.edu

http://www.udg.edu/iea

Microbiologia

 

  logo gEMM

GRUP D'ECOLOGIA MICROBIANA MOLECULAR (UdG GRCT-02)

Institut d'Ecologia Aquàtica, Universitat de Girona

Facultat de Ciències, Campus de Montilivi

E-17071 Girona

  • Membres
  • Línies de recerca  
  • Projectes
  • Convenis
  • Publicacions
  • Tesis Doctorals
  • Treballs de recerca/DEA
  • Estades post-doctorals
  • Professors convidats

___________________________________________________________________________________________________

 

PERSONAL ACADÈMIC

COGNOMS

NOM

CATEGORIA

TELÈFON UdG

(+34 972 41+)

e-mail

ABELLA AMETLLER

CARLES

CU

8176

carles.abella@udg.edu

BAÑERAS VIVES

LUIS

TU

8177

lluis.banyeras@udg.edu

BORREGO MORE

CARLES

TU

8177

carles.borrego@udg.edu

GICH BATLLE

FREDERIC

Professor Lector

8177

frederic.gich@udg.edu

LLIRÓS DUPRÉ

MARC

Professor Associat

8396

marc.lliros@udg.edu

MONTSERRAT BUENO

GENOVEVA

Professor Visitant

8261

genoveva.montserrat@udg.edu

TRIAS MANSILLA

ROSALIA

Professor Associat

8261

rosalia.trias@udg.edu

VILA PORTELLA

XAVIER

TU

8176

xavier.vila@udg.edu

 

BECARIS PREDOCTORALS (PERSONAL ACADÈMIC)

COGNOMS

NOM

CATEGORIA

TELÈFON UdG

(+34 972 41+)

e-mail

GARCÍA-LLEDÓ

ARANTXA

Becària FPI

8396

arantxa.garcia@udg.edu

PLASENCIA CASADEVALL

ANNA

Becària FI

8261

anna.plasencia@udg.edu

PRAT BOTANCH

CHANTAL

Becària FI

 

chantal.prat@udg.edu

  VILAR SAIS

  ARIADNA    Becària UdG   ariadna.vilar@gmail.com

 

MEMBRES COL·LABORADORS

COGNOMS

NOM

TELÈFON UdG

(+34 972 41+)

e-mail

CÀLIZ GELADOR

JOAN

-

joan.caliz@nte.es

MAURICIO

LAIA

9225

laia.mauricio@udg.edu

SÀNCHEZ MELSIÓ

ÀLEX

8396

alexsanchezmelsio@yahoo.es

TRIADÓ MARGARIT

XEVI

-

xaviertriado@gmail.com

 ______________________________________________________________________________________

 

 LÍNIES DE RECERCA

La recerca del gEMM es basa en l'estudi de la diversitat i activitat de les comunitats microbianes en ambients naturals i el seu impacte sobre el funcionament de l’ecosistema i la seva restauració quan aquest ha sofert alteracions. Al voltant d’aquest eix giren les diferents línies de recerca que es desenvolupen en diferents ambients, incloent tant ecosistemes naturals com artificials (llacs estratificats, aiguamolls, sistemes de tractament d’aigües residuals i sòls), així com ambients contaminats o alterats per l’home.

En l’actualitat, el gEMM està portant a terme tant accions de recerca bàsica com aplicada, que es poden agrupar dins les següents línies d’actuació:

RECERCA BÀSICA

RECERCA ORIENTADA

 

 

1. Bacteris oxidadors d’amoni en aigües residuals: diversitat, dinàmica i activitat per a l’eliminació de Nitrogen

 

 sacs   cinètiques anammox

 

Des d’un temps ençà s’està estudiant la diversitat i dinàmica de les poblacions de bacteris nitrificants i desnitrificants en llacunes artificials per a la depuració  d’aigües residuals i en reactors biològics per a l’eliminació de Nitrogen en el tractament d’aigües residuals i lixiviats d’abocadors. L’estudi comprèn tant l’optimització de diferents tècniques moleculars (DGGE, CARD-FISH, qPCR, construcció de genoteques) per a la seva detecció, identificació i quantificació com el seguiment d’aquestes poblacions bacterianes en els diferents ambients i l’estudi de la seva activitat en relació amb el funcionament dels respectius sistemes. Aquesta recerca s’està portant a terme en col·laboració amb el Laboratori d’Enginyeria Química i Ambiental de la Universitat de Girona (LEQUIA) i amb el Consorci de la Costa Brava.

En relació amb això s’ha estudiat amb detall quina és la influència de la vegetació macrofítica (bàsicament balca i canyís) de les llacunes del sistema d’aiguamolls construïts SAC-EDAR-Empuriabrava per al tractament terciari d’aigües residuals, associat al sistema hídric del parc natural dels aiguamolls de l’Empordà, en les taxes de nitrificació i desnitrificació. Els resultats, realitzats en el marc de projectes competitius promoguts pel Ministeri d’Educació i Ciència, ens han permès aportar dades significatives per a determinar el paper dels microorganismes associats a la vegetació en diferents condicions ambientals. L’estudi conclou que la localització de la vegetació en les cel·les de tractament i la disposició de les comunitats de les diferents espècies de plantes (Typha i Phragmites) té un impacte significatiu en la capacitat d’eliminació de nitrogen. Els resultats de l’estudi són explotables en futurs projectes de construcció de sistemes de tractament basats en aiguamolls.

En aquests moments els nostres objectius són:

  • Completar els estudis per a establir les interaccions planta-bacteri en el sediment de sistemes de tractament d’aigües residuals i ampliar el camp d’estudi a altres associacions que poden repercutir en el cicle biogeoquímic del nitrogen a escala global.
  • Determinar els bacteris implicats en processos de transformació de Nitrogen en reactors biològics. Els bacteris del tipus Anammox oxiden anaeròbiament el amoni a nitrogen gas utilitzant nitrit i són considerats el principal procés de generació de N2 constituït per un únic tipus de microorganisme. La col·laboració establerta amb el LEQUIA ha permès estudiar l’activitat anammox en reactors biològics aerobis i anaerobis dissenyats de forma acoblada per a l'eliminació de N a partir d'aigües residuals i lixiviats. Atès que el procés depèn de la òptima activitat dels microorganismes implicats (nitrificats, anammox i desnitrificants), cal conèixer quines són les espècies que s'hi desenvolupen, quina activitat porten a terme en cada reactor (aerobi-anaerobi) i sota quines condicions aquesta activitat es pot veure alterada o mantenir-se dins dels rangs de funcionament òptim del sistema.

2. Estudi de la diversitat, dinàmica, activitat metabòlica i impacte biogeoquímic de les poblacions d’Archaea en ecosistemes aquàtics temperats

vilar dgge    archaea  

 

L’any 2003 es va iniciar una línia d’investigació centrada en l’estudi  dels Archaea en ambients lacustres temperats amb l’objectiu de determinar-ne la seva diversitat i conèixer quin paper porten a terme aquests microorganismes en l’ecosistema. En els darrers anys els Archaea han passat de ser un grup conegut només per la seva dominància en ambients extrems (fonts termals, salines, llacs àcids, etc.) a ser un dels grups més ubics i abundants en el planeta, especialment en determinades regions oceàniques i en sòls.

 

El treball experimental combina tècniques moleculars (fingerprinting genètic del 16S rDNA i de gens funcionals, CARD-FISH i clonatge) i bioquímiques (anàlisis de biomarcadors lipídics) amb experiments fisiològics in situ (incubacions amb radiotraçadors de carboni i tècniques de Stable Isotope Probing) i el disseny de noves estratègies d'enriquiment i aïllament. Aquesta investigació es realitza en col·laboració amb el grup del Dr. Emilio O. Casamayor (Ecogenomics) al Centre d'Estudis Avançats de Blanes (CEAB-CSIC).

 

La recerca portada a terme fins ara ha revelat que aquests microorganismes són molt diversos en determinats ambients lacustres però no hem pogut definir encara quin és el seu metabolisme i, per tant, quina funció fan en aquells ecosistemes on constitueixen poblacions estables. Tampoc s’ha pogut obtenir cap aïllat de les espècies dominants, un tema especialment delicat atesa la baixa cultivabilitat d’aquests microorganismes. Ambdós tòpics són actualment dos “hot topics” per  la comunitat científica especialitzada en l’ecologia microbiana d’Archaea. Tenim previst treballar en tres direccions per tal d’aportar el nostre treball en aquest tema:

 

  •  Construcció de genoteques d’archaea lacustres en ambients seleccionats prenent una especial atenció a les zones anòxiques de llacs estratificats amb un cicle del sofre actiu (sistema lacustre de Banyoles).
  •       Realitzar un seguiment estacional per esbrinar les causes que determinen la seva dinàmica anual i quines són les principals variables físico-químiques que afecten la seva distribució i abundància. Aquest seguiment inclourà també un estudi sobre les pautes de dispersió dels archaea entre ambients lacustres propers i definir com afecta aquesta dispersió a la diversitat que es troba en aquests ambients.
  •       Aconseguir l’enriquiment selectiu d’archaea mesòfils lacustres. Fins el moment no existeix cap cultiu pur d’aquest grup d’arqueus, fet que representa un impediment per abordar estudis més detallats sobre la seva fisiologia i activitat en sistemes naturals. Aquests enriquiments inclouran tant cultius de laboratori utilitzant plaques multipouet com experiments utilitzant microcosmos incubats in situ per estimular artificialment la comunitat indígena d’archaea.

3. Indicadors ecotoxicològics de contaminació i agents bacterians útils per a la bioremediació en comunitats microbianes de sòls mediterranis

 

Aproximació, a partir de tècniques moleculars, al coneixement de la diversitat i dinàmica de les comunitats bacterianes en sòls mediterranis tractats experimentalment amb contaminants, en relació amb el comportament dels sòls i la seva activitat. Detecció d’espècies o grups bacterians sensibles, útils com a indicadors ecotoxicològics per als diferents tipus de contaminants, així com de les espècies resistents, potencialment útils per a la bioremediació i restauració de sòls. Aquest estudi s'ha realitzat en col.laboració amb investigadors del Departament de Productes Naturals, Biologia Vegetal i Edafologia de la Universitat de Barcelona.

 

Els resultats d'aquest projecte de recerca ens han permès detectar diverses espècies bacterianes, pròpies de sòls mediterranis no contaminats, que tenen la capacitat de resistir concentracions elevades de metalls tòxics i de compostos organoclorats. Això ha portat a l’aïllament de cultius axènics de diferents soques d’Agrococcus jenensis, Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas putida i Lysobacter sp. resistents al crom, al triclorofenol o al pentaclorofenol. S'ha pogut demostrar també que algunes d’aquestes soques presenten resistències combinades i també la capacitat de transformar o degradar aquests compostos. Aquesta resistència i degradació activa, així com el fet de trobar-se en sòls mediterranis (calcaris i silícics) característics de les zones litorals de Catalunya, fan d’aquests aïllats uns candidats molt interessants per a la seva utilització potencial en processos de bioremediació o per al manteniment de les funcions del sòl en situacions de contaminació. A partir d'aquests resultats i de les soques que s'han obtingut, es podran provar quines són les condicions més adequades per al desenvolupament de la seva activitat de degradació de compostos tòxics i la seva aplicabilitat en la bioremediació real de contaminants.

 

La recerca prevista pels propers anys pretén caracteritzar amb detall les soques de bacteris resistents a metalls i organoclorats que s'han aïllat de sòls mediterranis contaminats artificialment, per tal de determinar la seva capacitat de degradar o transformar aquests compostos tòxics i les condicions en què porten a terme la seva activitat. A partir d'aquesta informació, es podrà valorar la utilitat d'aquests microorganismes per a processos de bioremediació i provar la seva aplicació als sistemes i les condicions més adequades, per tal de desenvolupar tecnologies i metodologies útils en el marc de la transferència del coneixement.

4. Diversitat microbiana en els productes de la indústria del suro i implicació en el desenvolupament de desviacions sensorials

Les relacions contractuals amb l’empresa AECORK i d’altres empreses del sector surer, especialment important a l’àrea de Girona, s’han materialitzat en diversos resultats explotables des del punt de vista comercial. En primer lloc, s’ha desenvolupat un sistema de control i detecció de desviacions sensorials en suro basat en l’anàlisi multivariable de dades cromatogràfiques. El benefici per a les empreses és complementar les determinacions sensorials per a decidir el risc de defectes en partides de suro. En segon lloc, s’ha identificat el microorganisme responsable de la producció de TCA, un dels compostos més problemàtic en el sector surer i responsable d’olors a resclosit, i s’han establert els graus de risc d’aparició de defectes sensorials derivats d’aquest compost en el procés de fabricació de taps. Actualment estem en procés de validació d’una eina d’anàlisi molecular basada en qPCR a temps real per a la detecció d’aquest microorganisme. Aquest treball s’està realitzant en col·laboració amb la Dra. Enriqueta Anticó del grup de recerca en Química Analítica i Ambiental de la Universitat de Girona.

5. Estudi dels bacteris de l’àcid làctic (BAL) d’origen vegetal com a inhibidors de l’activitat microbiana

 

Els estudis han permès aïllar i caracteritzar fisiològica i molecularment aïllats de Leuconostoc mesenteroides bacteriocinogènics útils com a inhibidors de Listeria monocytogenes i altres bacteris grampositius patògens sobre vegetals frescos i fruites. Els estudis realitzats fins ara han estat publicats en revistes indexades i inclouen experiments realitzats sota condicions reals d’aplicació. Aquesta darrera característica és d’elevada utilitat per a la possible aplicació d’aquests microorganismes. Val a dir que membres del grup, juntament amb els nostres col·laboradors del INTEA, han iniciat negociacions amb empreses biotecnològiques interessades en l’explotació de les soques seleccionades.

6. Evolució de la qualitat microbiològica de l’aigua regenerada en sistemes d’emmagatzematge

 

L’objectiu de la recerca és el d’estudiar la supervivència de diferents indicadors bacterians de contaminació fecal en sistemes d’emmagatzematge d’aigua regenerada. Aquest tema és d’especial importància per assegurar la qualitat microbiològica d’aquest recurs una vegada emmagatzemat en dipòsits o llacunes artificials ja que una elevada persistència en l’ambient o el seu creixement podria arribar a comprometre la qualitat de l’aigua al superar els valors màxims admesos en la normativa (200 UFC/100 ml d’E. coli en aigua regenerada per usos recreatius).

Aquest estudi s’ha portat a terme a través de dos convenis de col·laboració científica entre el nostre grup i el Consorci de la Costa Brava. Ambdós projectes van proporcionar dades claus per entendre millor el comportament de diferents microorganismes indicadors de contaminació fecal una vegada aquests han superat el procés terciari de regeneració de l’aigua i són “alliberats” en llacunes artificials on s’emmagatzema l’aigua regenerada abans del seu ús.  En tots els experiments realitzats, els indicadors bacterians analitzats van disminuir progressivament la seva concentració indicant no només la seva incapacitat per créixer sinó també que la seva desaparició de l’ecosistema estava en funció de les condicions ambientals (temperatura i radiació solar). Els projectes realitzats han permès entendre millor com responen els diferents indicadors de contaminació fecal després del tractament terciari (UV+Clor) i quin és el seu comportament en un ambient “natural”. Aquest coneixement permet optimitzar la gestió (producció, venta i emmagatzematge) d’un recurs com és l’aigua regenerada que va augmentant el seu valor degut a les restriccions en l’ús d’aigua imposades per les freqüents sequeres.

 

  


Projectes d'Investigació

(últims 10 anys)

 
projectes europeus
anytítolinvestigador responsableentitat finançadora
1996-2001Green Bacterial Photosynthesis: Structure, function, and regulation of light-harvesting systems and core-complexes.

Ref.: ERB 4061 PL 95-1330

Jesus Garcia-Gil
(Coordinador Nacional)
Comunitat Europea.
Training and Mobility of Researches (TMR)
projectes nacionals
anytítolinvestigador responsableentitat finançadora
2006-09Biodiversidad y función biológica de crenarchaeota en ecosistemas acuáticos e implicación en los ciclos de nitrógeno y el carbono. REf. CGL2006-12058-C02-01/BOSCarles BorregoMinisteri de Ciència i Tecnologia
2000Composición microbiana bentónica y evaluación experimental de los procesos microbianos que afectan al ciclo de los nutrientes en lagunas costeras sometidas a fluctuaciones hídricas y entrada pulsátil de nutrientes. Ref. HID99-1137-C03-03Jesús GarciaMinisteri de Ciència i Tecnologia
1999-2002Desarrollo de un método de diagnóstico de la respuesta de la comunidad nitrificante a variaciones en los parámetros ambientales. Integración de la información proporcionada en un sistema supervisor del proceso. Ref.BIO99-1014-C02-01Carles AbellàCYCIT
1996-99Análisis molecular de las comunidades bacterianas asociadas a los procesos de nitrificación y desnitrificación. Aplicación a la mejora del funcionamiento de las plantas de tratamiento de aguas residuales. Ref. BIO96-1229-C02-01Carles AbellàCYCIT
1995-98Funcionamiento de ecosistemas acuáticos anaeróbicos y su incidencia sobre los ciclos de nutrientes. Elementos para una adecuada gestión de las aguas epicontinentales. Ref. AMB95-0323Jesús GarciaCYCIT
grup d'investigadors de qualitat
anytítolinvestigador responsableentitat finançadora
2005-08Ajuts a Grups de Recerca Consolidats (SGR 2005):Ecologia microbiana molecular. Núm. Expedient: 01067Carles AbellàDursi-Agaur. Generalitat de Catalunya
2001-04Ajut per potenciar els grups d'investigació de qualitat. Ref. 2001SGR 00292.

Grup d'investigació consolidat.

Nom del grup: Ecologia Microbiana Molecular. Ref. UdG: GRCT02

Carles AbellàGeneralitat de Catalunya
1999-2001Ajut per potenciar els grups d'investigació de qualitat. Ref. 1999SGR 00334.

Grup d'investigació consolidat.

Nom del grup: Ecologia Microbiana Molecular. Ref. UdG: GRCT02

Carles AbellàGeneralitat de Catalunya
1995-96Ajut per potenciar els grups d'investigació de qualitat. Ref. 1995SGR 00227Carles AbellàGeneralitat de Catalunya
xarxes temàtiques
anytítolinvestigador responsableentitat finançadora
2004-06Genòmica ambiental Microbiana. Ref: 2004XT 00012Inv. responsable: E.O.Casamayor (CSIC)
Carles Borrego(UdG)
Generalitat de Catalunya
2000-02Microbiologia dels ambients aquàtics anaeròbics. Ref: 2000XT 00071Carles AbellàGeneralitat de Catalunya
1996-97Microbiologia dels ambients aquàtics anaeròbics. Ref: 1996XT 00026Carles AbellàGeneralitat de Catalunya
convenis / contractes
anytítolinvestigador responsableentitat finançadora
2009Contracte de col·laboració científicaLluís BañerasEsteve Química
2009Contracte de col·laboració científicaLluís BañerasRecerca agrícola/ SYN-Tech Reserarch Spain
2007Contracte de col·laboració científicaLluís BañerasConsorci de la Costa Brava

2005-07

Contracte de col.laboració científicaLluís BañerasAECORK (Associació d'Empresaris Surers de Catalunya)
2003Contracte de col.laboració científicaLluís BañerasTapones y Especialidades del Corcho (T.E.S.A)
PUBLICACIONS

Auguet JC, CM Borrego, L Bañeras and EO Casamayor (2008) Fingerprinting the genetic diversity of the biotin carboxylase gene (accC) in aquatic ecosystems as a potential marker for studies of carbon dioxide assimilation in the dark. Environmen. Microbiol.10(10):2527-2536.

Koch IH, F Gich and J Overmann (2008) Significance of inducers and bacterial interactions for the cultivation of soil bacteria. Sotmès a Environmental Microbiology

Koch IH, F Gich, H Hoffelner and J Overmann (2008). Differential cultivation success of the main bacterial taxa in an alpine soil and retrieval of a representative acidobacterium. Sotmès a Environmental Microbiology

Koch IH, F Gich, PF Dunfield and J Overmann (2008) Edaphobacter modestus gen. nov., sp. nov., and Edaphobacter aggregans sp. nov., two novel acidobacteria isolated from alpine and forest soils. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.Int.J.Syst.Evol.Microbiol.,58:1114-1122. http://ijs.sgmjournals.org/misc/pip.shtml

Plasencia A, L Bañeras, M Llirós, EO Casamayor and CM Borrego (2008). Long term maintenance of mesophilic anaerobic Archaea from anoxic stratified lakes under laboratory controleld conditions. Sotmès a International Microbiology

Prat C, L Bañeras and E Anticó (2008) Screening of musty-earthy compounds from tainted cork using water-based soaks followed by headspace solid-phase microextraction and gas-chromatography-mass spectrometry. Eur. Food. Res. Technol.227:1085-1090

Serra T, CM Borrego, X Quintana, L Calderer, R López and J Colomer (2007) Effect of non-photochemical quenching in the quantification of algal populations from a freshwater reservoir by using two different in situ fluorometric probes. Sotmès a Photochemistry and Photobiology. En premsa.

Trias R, L Bañeras, E.BADOSA, E.MONTESINOS (2008) Bioprotection of Golden Delicious apples and Iceberg lettuce against foodborne bacterial pathogens by lactic acid bacteria. International Journal of Food Microbiology 123: 50-60.

Trias, R., E. Badosa, E. Montesinos and L. Bañeras (2008) Bioprotective Leuconostoc strains against Listeria monocytogenes in fresh fruits and vegetables. International Journal of Food Microbiology. Acceptat

Casamayor EO and CM Borrego (2007) Archaea in inland waters. A: Pace, M. (Ed.) Encyclopedia of Inland Waters. En premsa.

Casamayor EO, I Ferrera, X Cristina, CM Borrego and JM Gasol (2007) Flow cytometric identification and enumeration of photosynthetic sulfur bacteria and potential for ecophysiological studies at the single cell level. Environ. Microbiol. 9(8): 1969–1985.

Ruiz-Rueda o, R Trias, L Bañeras, LJ Garcia-Gil (2007) Diversity of the nitrite reductase gene nirS in the sediment of a free-water surface constructed wetland. International Microbiology 10:253-260.

Gich Frederic & Jörg Overmann. 2006. Sandarakinorhabdus limnophila gen. nov., sp. nov., a novel bacteriochlorophyll a-containing, obligately aerobic bacterium isolated from freshwater lakes. International. Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56: 847-854.

MONTSERRAT, G., MARTÍ, E., SIERRA.J., GARAU, M.A.& CRUAÑAS, R.2006. Discriminating inhibitory from enhancing effects in respirometry assays from metal polluted-sewage sludge amended soils. Applied Soil Ecology, 34: 52-61.

Calvo L., Cortey M., García-Marín J.L. and García-Gil L.J. 2005.Polygenic analysis of ammonia oxidizing bacteria strains using 16S rDNA, amoA and amoB. Int. Microbiol. 8(2): 103-110.

Gich Frederic, Karin Schubert, Herbert Hoffelner, Alke Bruns and Jörg Overmann. 2005. Specific detection, isolation and characterization of selected, previously uncultured members of freshwater bacterioplankton. Applied and Environmental Microbiology 71(10):5908-5919.

CALVO, L., L.J.GARCIA-GIL.2004. Use of amoB as a new molecular marker for ammonia-oxidizing bacteria. Journal of Microbiological Methods 57: 69– 78.

CALVO, L., X. VILA, C. A. ABELLA, L.J. GARCIA-GIL. 2004. Use of the ammonia-oxidizing bacterial-specific phylogenetic probe Nso1225 as a primer for fingerprint analysis of ammonia-oxidizer communities. Appl. Microbiol Biotechnol.,63: 715–721.

MARESCA, J.A., A.G.MAQUEO CHEW, M. ROS PONSATÍ, NIELS-ULRIK FRIGAARD, J. G. ORMEROD, D.A. BRYANT. 2004. The bchU gene of Chlorobium tepidum encodes the C-20 methyltransferase in Bacteriochlorophyll C biosynthesis. Journal of Bacteriology. 186 (9): 2558-2566.

GARCIA-GIL, L.J., F.GICH & X. FUENTES-GARCIA.2003. A comparative study of bchG from green photosynthetic bacteria. Archives of Microbioly, 179: 108-115.

GICH, F., R.L.AIRS, M. DANIELSEN, B.J.KEELY , C.A.ABELLA, L.J.GARCIA-GIL, M.MILLER & C.M. BORREGO.2003. Characterization of the chlorosome antenna of the filamentous anoxygenic phototrophic bacterium Chloronema strain UdG9001. Archives of Microbiology, 180 (6):417-426.

SERRA, T., X. VILA, M. SOLER, J. COLOMER. 2003.Spatio-temporal heterogeneities of a planktonic Thiocystis minor population derived from a laser in situ particle analyzer. Freshwater Biology, 48: 698-708.

AIRS, R.L., C.M. BORREGO, L.J. GARCIA-GIL & B.J. KEELY. 2002. Identification of the Bacteriochlorophyll homologs of Chlorobium phaeobacteroides strain UdG6053 grown at light limitation. Photosynthesis Research,70: 221-230.

Arellano, J.B., T.B. Melø, C.M. Borrego and K.R. Naqvi. 2002. Bacteriochlorophyll e monomers, but not aggregates, sensitize singlet oxygen: Implications for a self-photoprotection mechanism in chlorosomes. Photochem. Photobiol. 76(4): 9–16.

Camacho,A., E. Vicente, L.J. Garcia-Gil, M.R. Miracle, M.D. Sendra, X. Vila, C.M. Borrego.2002. Factors determining changes in the abundance and distribution of micro-, nano- and picoplanktonic phototrophs in Lake El Tobar (Central Spain). Verhandlungen International Verein. Limnologie (28): 613-619

GLAESER. J., L. BAÑERAS, H. RÜTTERS, J. OVERMANN. 2002. Novel bacteriochlorophyll e structures and species-specific variability of pigment composition in green sulfur bacteria. Archives of microbiology, 177: 475-485.

Jakub Pšencík, Ying-Zhong Ma, Juan B. Arellano, L.J. García-Gil, Alfred R. Holzwarth, Tomas GILLBRO . 2002. Excitation energy transfer in chlorosomes of Chlorobium phaeobacteroides strain CL1401: the role of carotenoids. Photosynthesis Research: 71: 7-18.

MARTINEZ, A., J.B. ARELLANO, C.M. BORREGO, C. LOPEZ-IGLESIAS, F. GICH & L.J. GARCIA-GIL. 2002.Determination of the topography and biometrics of chlorosomes by Atomic Force Microscopy. Phot. Research., 71: 83-90.

VILA, X., R. GUYONEAUD, X.P. CRISTINA, J.B.FIGUERAS & C.A.ABELLA 2002. Green sulfur bacteria from hypersaline Chiprana Lake (Monegros, Spain): habitat description and phylogenetic relationship of isolated strains. Photosynthesis Research 71: 165-172.

ARELLANO, J., C.M. BORREGO, A. MARTÍNEZ-PLANELLS, T. GILLBRO & L.J. GARCIA-GIL. 2001. Effects of carotenoid deficiency on cells and chlorosomes from Chlorobium phaeobacteroides. Arch. Microbiol., (175): 226-233.

Gich, F., C.M. Borrego, A. Martínez-Planells, D.B. Steensgaard, J. Garcia-Gil & A. Holzwarth. 2001. Variability of the photosynthetic antenna of a Pelodictyon clathratiforme population from a freshwater holomictic pond. FEMS Microbiology Ecology 37: 11-19.

Gich, F., J.L. Garcia-Gil & J. Overmann. 2001. Previously unknown and phylogenetically diverse members ot the green nonsulfur bacteria are indigenous to freshwater lakes. Archives of Microbiology 177: 1-10.

GUYONEAUD, R., C. M. BORREGO, A. MARTINEZ-PLANELLS, E.T. BUITENHUIS & L.J. GARCIA-GIL. 2001. Light response of the green sulfur bacterium Prosthecochloris aestuarii: changes in the morphology, the ultrastructure, and the photosynthetic antenna pigment composition. Arch. Microbiol., (176): 278-284.

Serra,T., J. Colomer, X.P. Cristina, X.Vila, J.B. Arellano, X. Casamitjana. 2001. Application of a laser in situ scattering and transmissometry probe for estimating the concentration of phytoplankton, Chromatiaceae and inorganic particles in freshwater lakes. Journal of Environmental Engineering, 127: 1023-1030.

VILA, X & C.A.ABELLA. 2001. Light-harvesting adaptations of planktonic phototrophic micro-organisms to different light quality conditions. Hydrobiologia 452: 15-30.

ABELLA, C.A., V.N: IVANOV, I.S. KIM & G.F. DONCEL. 2000. Labelled trinucleotides as quantitative probes to identify Bacillus spp. using fluorescent in situ hybridization. Mollecular and Cellular Probes, 14: 89-93.

ABELLA, C.A., V.N. IVANOV & I.S. KIM. 2000. Number of triplets in 16S rRNA gene related with pathogenicity of Bacillus spp. and Clostridium spp. J. Theor. Biol. 205:581-586.

ARELLANO, J.B., J. PSENCIK, C.M. BORREGO, Y-Z MA, R. GUYONEAUD, J. GARCIA-GIL, & T. GILLBRO. 2000. Effect of carotenoid biosynthesis inhibition on the chlorosomal organisation in Chlorobium phaeobacteroides. Photochem & Photobiol 71(6) 715 -723.

ARELLANO, J.B., THOR BERNT MELØ, CARLES M. BORREGO, L.J. GARCIA-GIL AND K. RAZI NAQVI. 2000. Nanosecond Laser Photolysis Studies Of Chlorosomes And Artificial Aggregates Containing Bacteriochlorophyll E: Evidence For The Proximity Of Carotenoids And Bacteriochlorophyll A In Chlorosomes From Chlorobium phaeobacteroides Strain Cl1401. Photochem & Photobiol. 72(5) .

BAÑERAS L., J. RODRIGUEZ-GONZÁLEZ & L.J. GARCIA-GIL.2000. Evaluation of soluble phophate as a factor determining the growth of sulfur photosynthetic bacteria in an eutrophic holomictic lake. Verh. Int. Verein. Limnol., 27:850-853.

CASAMAYOR, E.O., H. SCHÄFER, BAÑERAS, L., PEDRÓS-ALIÓ, C. MUYZER, G.2000. Identification of and Spatio-temporal Differences between Microbial Assemblages from Two Neighboring sulfurous Lakes: Comparison by Microscopy and Denaturing Gradient Gel Electrophoresis. Applied and Environmental Microbiology: 66(2): 499-508.

CRISTINA, X.P., X.VILA, C.A. ABELLA & L. BAÑERAS. 2000. Anoxygenic phototrophic sulfur bacteria in lake Montcortès (Spain): the deepest reported population of Chromatium s.p. Ver. Int. Verein. Limnol., 27 (2): 854-859.

GARCIA-GIL, L.J., BAÑERAS L., J. RODRIGUEZ-GONZÁLEZ & C.M. BORREGO. 2000. Are phototrophic sulphur bacteria phosphate-limited? Verh. Int. Verein. Limnol., 27:840-844.

GICH, F., E. AMER, J.B: FIGUERAS, C.A. ABELLA, M.D: BALAGUER & M. POCH. 2000. Assessment of microbial community structure changes by amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA). Int. Microbiol. 3(3):103-106.

STEENSGAARD, D.B., C.A. VAN WALREEE, H. PERMENTIER, L. BAÑERAS, C. M. BORREGO, J. GARCIA-GIL, J. AMESZ, A. R. HOLZWARTH, 2000. Fast energy transfer between BChl d nd BChl c revealed in chlorosomes of the green sulfur bacterium Chlorobium limicola. Biophysica and Biochimica Acta 1457, 71-80.

ABELLA, C.A., VOLODYMYR N. IVANOV & IN S. KIM. 1999. Taxon- Specific Content of Oligonucleotide Triplets in 16S rRNAs of Anoxygenic Phototrophic and Nitriying Bacteria. Journal of Theor. Biol.196: 289-296.

BAÑERAS L., J. RODRIGUEZ-GONZÁLEZ & L.J. GARCIA-GIL.1999. Contribution of photosynthetic sulfur bacteria to the alkaline phosphatase activity in anoxic aquatic ecosystems. Aquatic Microbial Ecology, 18: 15-22.

BAÑERAS L., C.M. BORREGO & L.J. GARCIA-GIL.1999.Growth-rate-dependent bacteriochlorophyll c/d rate in the antenna of Chlorobium limicola strain UdG6040. Archives of Microbiology, 171: 350-354.

BORREGO, C.M., L. BAÑERAS & L.J. GARCIA-GIL. 1999. Temporal variability of Chlorobium phaeobacteroides antenna pigments in a meromictic karstic lake. Aquatic Microbial Ecology,17: 121-129.

BORREGO,C.M., J.B.ARELLANO, C.A.ABELLA, T.GILLBRO & J.GARCIA-GIL. 1999. The molar extinction coefficient of bacteriochlorophyll e and the pigment stoichiometry in Clorobium phaeobacteroides. Photosynthesis Research 60, 257-264.

BORREGO, C.M., P.D.GEROLA, M.MILLER & R.P.COX. 1999. Light intensity effects on pigment composition and organisation in the green sulfur bacterium Chlorobium tepidum. Photosynthesis Research, 59: 159-166.

GARCIA-GIL, L.J., VICENTE, E. CAMACHO, A. BORREGO, C.M. VILA, X. CRISTINA,X.P.RODRIGUEZ-GONZÁLEZ,J. 1999. Vertical distribution of photosynthetic sulphur bacteria linked to saline gradients in lake “El Tobar”(Cuenca,Spain). Aquatic Microbial Ecology, 20 (3): 299-303.

STEENSGAARD, D.B., C.A. VAN WALREE, H. PERMENTIER, L. BAÑERAS, C.M. BORREGO, L.J. GARCIA-GIL, J. AMESZ AND A. HOLZWARTH. 1999. Fast energy transfer between BChl d and BChl c revealed in chlorosomes of the green sulfur bacterium Chlorobium limicola. Biochimica et Biophysica Acta 44808:1-10.

STEENSGAARD, D.B., C.A. VAN WALREE, L. BAÑERAS, C. M. BORREGO, L.J. GARCIA-GIL & A. HOLZWARTH. 1999 Evidence for spatially separate bacteriochlorophyll c and bacteriochlorophyll d pools within the chlorosomal aggregate of Chlorobium limicola. Photosynthesis research. 59: 231-241.

BAÑERAS, L., J. RODRÍGUEZ-GONZÁLEZ & L.J. GARCIA-GIL. 1999. Contribution of photosynthetic sulfur bacteria to the alkaline phosphatase activities in anoxic aquatic ecosystems. Aquatic Microbial Ecology. 18:15-22.

VILA, X. & C.A. ABELLA.1999. Spectroradiometric identification of phototrophic microorganisms in planktonic aquatic environments. Aquatic Microbial Ecology, 20 (3): 225-230.

VILA, X., X.P. CRISTINA, C.A. ABELLA, J.P. HURLEY. 1999. Effects of gilvin on the composition and dynamics of metalimnetic communities of phototrophic bacteria in freshwater North-American lakes. Journal of Applied Microbiology, 85: 138S-50S.

ABELLA, C.A., X.P.CRISTINA, A. MARTINEZ, I. PIBERNAT, X. VILA. 1998. Two new motile phototrophic consortia: Chlorochromatium lunatum and Pelochromatium selenoides. Arch. Microbiol. , 169: 452 - 459.

BAÑERAS, L., GARCIA-GIL, L.J. 1998. Environmental and physiological factors affecting the uptake of phosphate by Chlorobium limicola. Arch. Microbiol,170: 252-258.

BORREGO, C.M., L.J. GARCIA-GIL, X.P. CRISTINA, X. VILA, & C.A. ABELLA. 1998. Occurrence of new BChl d forms in natural populations of green photosynthetic sulfur bacteria. FEMS Microbiology Ecology, 26: 257 - 267.

BAÑERAS, L., C. M. BORREGO & L.J. GARCIA-GIL. 1998. Changes in the antenna pigment composition of Chlorobium limicola growing in a continuous culture. In: G. Garab (ed) Photosynthesis: mechanisms and Effects. Vol I, pp: 173-176.

GICH, F., C.M. BORREGO, A. MARTÍNEZ-PLANELLS & L.J. GARCIA-GIL. 1998. Adaptation of the Photosynthetic antenna of BChl d containing bacteria to low light intensities. In: G. Garab (ed) Photosynthesis: mechanisms and Effects. Vol I, pp: 165-168.Kluwer Academic Publishers, Dordretch.

GUYONEAUD, R., A. MARTÍNEZ-PLANELLS, E.T. BUITENHUIS, C. M. BORREGO & L.J. GARCIA-GIL.1998. Light-dependent morphological and physiological changes in Prosthecochloris aestuarii. In: G. Garab (ed) Photosynthesis: mechanisms and Effects. Vol I, pp: 177-180.

STEENSGAARD, D.B., C.A. VAN WALREE, L. BAÑERAS, C. M. BORREGO, L.J. GARCIA-GIL & A. HOLZWARTH. 1998. Structure and function of chlorosomes of Chlorobium limicola UdG6040 containing both BChl c and BChl d In: G. Garab (ed) Photosynthesis: mechanisms and Effects. Vol I, pp: 101-104.

VILA, X. C.A. ABELLA, J.B. FIGUERAS, J.P. HURLEY. 1998. Vertical models of phototrophic bacterial distribution in the metalimnetic microbial communities of several freshwater North-American kettle lakes. FEMS Microbiology Ecology, 25: 287 - 299.

GARCIA-GIL, L.J. 1997. Un año de Microbiología SEM en Internet. Microbiologia SEM.. 13(4): 517-522

GICH, F. Y L.J. GARCIA-GIL. 1997. Efecto del potencial redox sobre la velocidad de reducción de los nitratos. Estudio de este proceso en el decantador secundario de una EDAR. Tecnología del Agua, 161: 51 - 56.

MARTÍNEZ, A., I. PIBERNAT, J. FIGUERAS & L.J. GARCIA-GIL. 1997. Structure and composition of freshwater microbial mats from a sulfurous spring (“Font Pudosa”, NE Spain). Microbiología SEM , 13: 45 - 56.

BORREGO, C.M., L.J. GARCIA-GIL, X. VILA, X.P. CRISTINA, J.B. FIGUERAS, C.A. ABELLA. 1997. Distribution of bacteriochlorophyll homologs in natural populations of brown-colored phototrophic sulfur bacteria. FEMS Microbiology Ecology, 24: 301 - 309.

FIGUERAS, J., L.J. GARCIA-GIL & C.A. ABELLA. 1997. Phylogeny of genus Chlorobium based on 16S rDNA sequence. FEMS Microbiol. Letters, 152: 31 - 36.

PIBERNAT, I.V.& C.A.ABELLA. 1997. Characterisation of the bacterium Chlorobium limicola external envelope using electron microscopy. Microscopy and Analysis: 29-30.

ZHOU, J., DAVEY, M.E., FIGUERAS, J., RIVKINA, E., GILICHINSKY, D., TIEDJE, J.M. 1997. Phylogenetic diversity of a bacterial community determined from Siberian tundra soil DNA. Microbiology, 143: 3913 - 3919.

BAÑERAS, L. & L.J. GARCIA-GIL. 1996. Role of photosynthetic microbial populations on the phosphorus exchange through the oxic anoxic boundary in a meromictic eutrophic lake. Arch. Hydrobiol., 48: 171 - 181.

BRUNET, R.C. & L.J. GARCIA-GIL. 1996. Sulfide-induced dissimilatory nitrate reduction to ammonia in anaerobic freshwater sediments. FEMS Microbiology Ecology, , 21: 131 - 138.

GARCIA-GIL, L. J., X.CASAMITJANA & C. A. ABELLA. 1996. Comparative study of two meromictic basins of lake Banyoles (Spain) with sulphur phototrophic bacteria. Hydrobiologia., 319: 203-211.

GICH, F. y L.J. GARCIA-GIL. 1996. Influencia del potencial redox en la desnitrificación en fangos activos de una EDAR. Tecnología del agua.

PIBERNAT, I.V. & C.A. ABELLA. 1996. Sulfide pulsing as the controlling factor of spinae production in Chlorobium limicola strain UdG 6038. Arch. Microbiol, 165: 272 - 278.

VILA, X., J. COLOMER & L.J. GARCIA-GIL. 1996. Modelling espectral irradiance in freshwater in relation to phytoplankton and solar irradiance. Ecological Modelling, 87:59-68.

VILA, X., M. DOKULIL, L.J. GARCIA-GIL, C.A. ABELLA, C.M. BORREGO & L. BAÑERAS. 1996. Composition and distribution of phototrophic bacterioplankton in the deep communities of several central European lakes: The role of light quality. Arch. Hydrobiol., 48: 183 - 196.

BORREGO, C.M. & L.J. GARCIA-GIL. 1995. Rearrangement of light harvesting bacteriochlorophyll homologues as a response of green photosynthetic bacteria to low light intensities. Photosynthesis Research, 45: 21-30.

BORREGO, CM. y L.J. GARCIA-GIL. 1995.Photosynthetic oxidation of MnS and FeS by green sulfur bacteria. Microbiologia SEM,11: 351-358.

Verdú, N., I. Triola, C. Borrego Y L.J. Garcia-Gil. 1995. Efecte d’una mescla estival episòdica en la dinàmica i estructura de la comunitat de microorganismes fotosintétics planctònics a l’estanyol d’en Sisó. Scientia gerundensis, 21: 71-84.

BORREGO, C.M. & L.J. GARCIA-GIL. 1994. Separation of bacteriochlorophyll homologues from green photosynthetic sulfur bacteria by reversed-phase HPLC. Photosynthesis Research 41: 157-163.

BORREGO, CM. y L.J. GARCIA-GIL. 1994. Caracterización limnológica de La Coromina, una laguna hipereutrófica del sistema lacustre de Banyoles. Limnética: 10(1): 43-51.

PIBERNAT, I. V. y C.A. ABELLA. 1994. Efecto de la intensidad y calidad de la luz en el desarrollo de bacterias fototróficas verdes del azufre en una columna experimental de laboratorio. Limnetica, 10: 137-142.

VILA, X. & C.A. ABELLA. 1994. Effects of light quality on the physiology and the ecology of planktonic green sulfur bacteria in lakes. Photosynthesis Research 41: 53-65.

TREBALLS D'INVESTIGACIÓ

títol: A study on the phylogeny and the ecology of ammonia oxidizing bacteria using a new molecular marker based on the gene amoB

doctoranda: Laia Calvó Perxas

director: Jesus Garcia.

data de lectura: 12 de maig de 2005

títol: Estudi dels carotenoides en espècies marrons de bacteris verds del sofre: diversitat, ecofisiologia i regulació

doctoranda: Noemí Mallorquí

director: Jesus Garcia.

data de lectura: 2003

títol: Ecologia i caracterització pigmentària de bacteris fotosintètics amb nous tipus de BCl d.

doctorand: Frederic Gich Batlle.

director: Jesus Garcia-Gil.

data de lectura: 5 de juny de 2001.

títol: Ecologia microbiana de bacteris fototròfics. Els consorcis fotosintètics. Aplicacions de la citometria de flux.

doctorand: Xavier Cristina Pau.

director: Carles Abellà Ametller.

data de lectura: 2000.

títol: Estudi de la diversitat del gen del 16S rRNA en bacteris verds del sofre. Aplicacions en taxonomia i ecologia microbiana.

doctorand: Jordi Figueres Bosch.

director: Jesus Garcia i Carles Abellà.

data de lectura: 10 de juny de 1999.

títol: Ecologia i fisiologia dels bacteris fototròfics del sofre en relació amb el cicle del fòsfor.

doctorand: Lluís Bañeras.

director: Jesus Garcia.

data de lectura: 20 de març de 1997.

títol: Aplicació de tècniques de restauració en la llacuna del Vilar: Dilució i desnitrificació. Estudi dels processos implicats.

doctorand: Ramon Brunet.

director: Carles Abella.

data de lectura: 6 de març de 1997.

titol: Ecologia microbiana de poblacions de bacteris fototròfics en el plàncton lacustre: la distribució espectral de la llum en la selecció entre espècies de diferent composició pigmentària.

doctorand: Xavier Vila.

director: Carles Abella.

data de lectura: 18 de desembre de 1996.

títol: Heterogeneïtat pigmentària en bacteris fotosintètics verds. Fisiologia i significació ecològica.

doctorand: Carles Borrego.

director: Jesus Garcia.

data de lectura: 15 de novembre de 1996.

títol: Ecologia microbiana dels bacteris verds del sofre. Diversitat i Fisiologia de  Chlorobium sp.

doctoranda: Imma Pibernat.

director: Carles Abella.

data de lectura: 22 de febrer de 1996.

TREBALLS DE RECERCA

títol:  Anàlisi de compostos amb aroma de florit-humitat en suro normal i suro defectuós. Relació amb la diversitat de fongs.

InvestigadorA:  Chantal Prat Botanch

director:  Lluís Bañeras i Enriqueta Anticó

any de lectura: 2006

títol:  Diversitat de enriquiment de bacteris anammox en isstemes tancats: monitorització, detecció molecular i caracterització de les comunitats microbianes

Investigador:  Alexandre Sànchez Melsió

director:  Xavier Vila

any de lectura: 2005

títol:  Els bacteris oxidadors d'amoni en els processos d'eliminació de nitrogen: anàlisi molecular de les poblacions bacterianes implicades en sistemes aerobis i anaerobis.

Investigador:  Joan Cáliz Gelador

director:  Xavier Vila

any de lectura: 2005

títol:  Diversitat de bacteris nitrificants i desnitrificants al Sistema d'Aiguamolls Construïts de l'EDAR-Emuriabrava.

Investigador:  Olaya Ruiz

director:  Lluís Bañeras

any de lectura: 2005

títol: Aïllament, selecció i caracterització de bacteris de l'àcid làctic procedents de productes vegetals com a potencials agents de biocontrol.

Investigador: Rosalia Trias

director:  Lluís Bañeras i Esther Badosa

any de lectura: 2004

 títol: Enriquiment selectiu i anàlisi de bacteris verds del sofre bentònics de l'estanyol d'en Sisó.

Investigador: Margarida Martínez

director:  Jesus Garcia

any de lectura: 2003

títol:  Els bacteris verds del sofre en llacunes salines: diferents aproximacions metodològiques en l'estudi de les seves poblacions

Investigador: Xavier Triadó

director: Xavier Vila

any de lectura: 2002

títol: Valoració de l'activitat fosfatasa alcalina com a indicador de la deficiència de fòsfor en zones de gradient òxic-anòxic de sistemes naturals

Investigador: Marta Ros

director: Jesus Garcia i Lluís Bañeras

any de lectura: 2001

títol: Efecte d'una descàrrega tèrmica continuada sobre l'estructura de la comunitat microbiana bentònica del riu Ebre

Investigador: Javier Rodriguez González

director: Jesús Garcia

any de lectura: 2000

títol: Estructura i composició de la comunitat bacteriana nitrificant en un sistema de depuració per biodiscs

Investigador: Laia Calvó Perxas

director: Carles Abellà

any de lectura: 2000

títol: Cicle anual de l’estat tròfic de l’embassament de Boadella

Investigador: Carles Baserba

director: Jesús Garcia i Xavier Casamitjana

any de lectura: 1999

títol: Anàlisi de carotenoides bacterians per a cromatografia líquida d'alta resolució. Aplicació a l'estudi paleomicrobiològic d'uns sediments bacterians

Investigador: Noemí Mallorquí Fernàndez

director: Jesús Garcia i Carles Borrego Moré

any de lectura: 1999

títol: Composició i dinàmica temporal de l’antena fotosintètica en una població natural de Pelodictyon clathratiforme

Investigador: Frederic Gich Batlle

director: Jesús Garcia

any de lectura: 1999

títol: Estratègies de colonització de gradients físico-químics per bacteris fototròfics en llacs oligosulfurosos

Investigador: Xavier Cristina Pau

director: Carles Abellà

any de lectura: 1996 

ESTADES POST-DOCTORALS

Nom: Juan Arellano
Procedència:
Data:

  

Nom: Genoveva Montserrat

Procedència:

Data

Nom: Erik Buitenhuis

Procedència:

Data:

    

Nom: Ruth Airs

Procedència:

Data:

Nom: Remy Guyoneaud

Procedència:

Data:

 

Nom: Jesper Pedersen

Procedència:

Data:

 

PROFESSORS CONVIDATS

Nom: Dr. Per-Eric Lindgren.

Procedència: Universitat de Linköping (Suècia)

Data: Novembre 2004