La Universitat de Girona és hereva de l’anomenat Estudi General. Va ser creat el 1446 pel rei Alfons el Magnànim, el qual va concedir a Girona el privilegi d’atorgar títols de gramàtica, retòrica, filosofia i teologia, dret i medicina. La iniciativa docent va anar a càrrec dels Síndics municipals, però les classes van començar oficialment el 1572 en l’entorn del que ara es coneix com a edifici de Les Àligues, construït expressament com a seu universitària.

Els estudis universitaris es van estendre amb un notable prestigi fins al 1717. Aleshores, la Universitat va ser clausurada a causa del Decret de Nova Planta i de la pèrdua d’identitat política de Catalunya.

Al llarg del XIX, i com a resultat de la Revolució liberal, l’Ajuntament de la ciutat va impulsar l’anomenada Universitat Lliure de Girona, que va oferir estudis de Dret i Farmàcia fins al 1874.

La història recent de la Universitat de Girona té com a referents l’Escola Normal de Mestres (1914) i, de manera especial, les iniciatives que es duen a terme als anys seixanta del segle XX per tal d’instaurar de nou els estudis universitaris a Girona.

Es creen (en els anys 1972 i 1973) el Col·legi Universitari de Girona i l'Escola Universitària d'Enginyeria (precursora de l'actual Escola Politècnica Superior), que depenen, respectivament, de l’UAB i de l’UPC. Posteriorment, es recupera l’Estudi General, que acull estudis d’Humanitats, d’Empresarials, de Ciències i de Ciències socials.

Finalment, l’any 1991, el Parlament de Catalunya aprova la llei de creació de la nova  Universitat de Girona, amb aportacions de les diverses cultures universitàries que converteixen Girona en un punt de referència multidisciplinari.