L’activitat de recerca, transferència del coneixement i innovació a la Universitat de Girona es du a terme a través de més de 100 grups de recerca, vinculats a 22 departaments i 11 instituts de recerca. També hi juguen un paper important les càtedres, que promouen l'estudi i la recerca, i altres estructures com ara observatoris i laboratoris. El centenar de grups de recerca estan especialitzats segons àmbits de coneixement (científic, tecnològic, salut, humanístic o de les ciències socials). D'aquest grups, 40 estan reconeguts per la Generalitat de Catalunya. 

La UdG també disposa dels Serveis Tècnics de Recerca i d'una biblioteca amb diferents seus i unitats. A través de l’Oficina d’Investigació i Transferència Tecnològica, la UdG gestiona els ajuts i la difusió i concreció de la recerca en la societat

El Parc Científic i Tecnològic és on es concreta físicament la majoria aquesta col·laboració i transferència tecnològica.

En el marc de les polítiques estratègiques, la UdG participa en diversos Centres de Recerca del Programa CERCA de la Generalitat de Catalunya, entre ells l'Institut Català de Recerca de l'Aigua, l'Institut Català de Recerca en Patrimoni Cultural, i l'Insitut d'Investigació Biomèdica de Girona.

La Universitat de Girona promou la formació d’investigadors a través d’un pla de beques propi que complementa els plans de beques de la Generalitat de Catalunya i de l’Administració estatal. L’organització de la recerca vetlla, així mateix, per assolir la recerca d’excel·lència i la internacionalització.

L'Arc de Recerca de la Universitat de Girona és l'entorn que engloba la investigació de la pròpia Universitat i també la dels centres participats, en col.laboració amb el Parc Científic i Tecnològic, el Consorci de les Humanitats i les Ciències Socials, els agents socials i les empreses.