L'institut de Recerca Històrica s'organitza en tres seccions:

El Centre de Recerca d'Història Rural està format pel grup de recerca Història de les Societats Rurals (GRHCS35) i els seus col·laboradors.

El Laboratori d'Arqueologia i Prehistòria està format pel grup de recerca Arqueologia i Prehistòria (GRHCS83) i els seus col·laboradors.

El Seminari Permanent d'Estudis Polítics i Culturals està format pels grups de recerca Estudis Culturals (GRHCS78), Història, Memòria, Identitats (GRHCS86) i Història de l'Art Modern (GRHCS025) i els seus col·laboradors.