La Universidad de Girona es heredera del llamado Estudio General. Fue creado el 1446 para el rey Alfons el Magnànim, el cual concedió en Girona el privilegio de otorgar títulos de gramática, retórica, filosofía y teología, derecho y medicina. La iniciativa docente fue a cargo de los Síndicos municipales, sin embargo las clases empezaron oficialmente en 1572 en el entorno de lo que ahora se conoce como edificio de Les Àligues, construido expresamente como sede universitaria.
Los estudios universitarios se extendieron con un notable prestigio hasta 1717. Entonces, la Universidad fue clausurada a causa del Decreto de Nueva Planta y de la pérdida de identidad política de Cataluña.
A lo largo del XIX, y como resultado de la Revolución liberal, el Ayuntamiento de la ciudad impulsó el renombre Universidad Libre de Girona, que ofreció estudios de Derecho y Farmacia hasta 1874.
La historia reciente de la Universidad de Girona tiene como referentes la Escuela Normal de Maestros (1914) y de manera especial las iniciativas que se llevan a cabo a los años sesenta del siglo XX con el fin de instaurar de nuevo los estudios universitarios en Girona.
Se crean (en los años 1972 y 1973) el Colegio Universitario de Girona y la Escuela universitaria de Ingeniería (precursora de la actual Escuela Politécnica Superior), que dependen, respectivamente, de la UAB y de la UPC. Posteriormente, se recupera el Estudio General, que acoge estudios de Humanidades, de Empresariales, de Ciencias y de Ciencias Sociales.
Finalmente, el año 1991, el Parlament de Catalunya aprueba la ley de creación de la nueva Universidad de Girona, con aportaciones de las diversas culturas universitarias que convierten Girona en un punto de referencia multidisciplinar.