La Facultad de Ciencias fue instituida con la creación de la Universidad de Girona por acuerdo del Parlament de Catalunya publicado al DOGO del 31 de diciembre de 1991. Antes, Girona contó con la delegación de Ciencias de la Universitat Autònoma de Barcelona que inició sus actividades el año 1970 con 98 alumnos. Esta delegación se reconoce en 1972 como Sección de Ciencias del Colegio Universitario de Girona, que a partir de 1982 con 207 estudiantes y 27 profesores se integra en la Universitat Autònoma de Barcelona. El año 1989 se aprueba la creación del Estudio de Ciencias en el marco del Estudio General de Girona. El curso 89-90 eran 418 los estudiantes matriculados y se impartían las licenciaturas de Biología y Química. Estas licenciaturas son las que se impartían cuando en 1991 se crea la Universidad de Girona. El curso 1993-94 se adaptaron los planes de estudio de las licenciaturas de Biología y Química y se inició el estudio propio de Ciencias Ambientales, que a partir del año 1995 se volvió oficial. El curso 2009-10 se inició el proceso de implantación de los estudios de grado que han sustituido las antiguas licenciaturas. Con el cambio a estudios de grado se empezó a impartir un estudio nuevo, el de Biotecnología, complementándose la oferta docente de la FC. Desde el curso 2012-13 ofrecen también dos dobles titulaciones de Biología-Biotecnología y de Biología-Ciencias Ambientales, que junto con los cuatro másteres: el de Biología Molecular y Biomedicina, Cambio Ambiental, Catálisis Avanzada y Modelización Molecular, Ciencia y Tecnología de los Recursos Hídricos y Técnicas Cromatográficas Aplicadas y los estudios de doctorado, conforman toda la oferta docente del centro. Actualmente cada curso unos 1400 estudiantes cursan sus estudios universitarios en la Facultad de Ciencias.
La Facultad de Ciencias es también la sede de tres departamentos (Biología, Ciencias Ambiental y Química) y la unidad departamental del Laboratorio de Ingeniería Química y Ambiental del Departamento de Ingeniería Química, Agraria y Tecnología Agroalimentaria y acoge tres institutos de investigación (IEA, IMA e IQCC) y cuatro cátedras que gestionan la investigación de 24 grupos de investigación.
La Facultad dispuso inicialmente de las dependencias que el Estudio de Ciencias del Estudio General de Girona ocupaba a la Casa de Cultura, y ampliadas posteriormente con los locales de la calle Albereda (Edificio Foro), en el centro de la ciudad de Girona. En febrero de 1997 se trasladó a la nueva sede en el Campus de Montilivi, ubicación actual de la Facultad. El edificio suyo de la FC constaba inicialmente de 7.399,14 m², en los cuales se añadió la ampliación de 1.994 m² del cos3 (total: 9.393 m²) y, posteriormente, en el año 2009, se amplió con los espacios docentes del Aulari Comú, compartido con la Escuela Politécnica Superior, hasta un total de 11.475 m². Actualmente, desde el mes de junio del 2015, con los 1424 m² de la ampliación del Aulari Comú con la parte de investigación donde se ha ubicado la mayor parte del Departamento de Biología, el total es de 12.899 m².
El primer decano de la Facultad de Ciencias fue el Dr. Lluís Polo, nombrado por designación del Presidente de la Comisión gestora de la Universidad el año 1992. La Facultad se llamaba entonces Facultad de Ciencias Experimentales y de la Salud. Ya como Facultad de Ciencias experimentales, las primeras elecciones a decano las ganó el Dr. Josep Enric Llebot, sustituido más tarde por el Dr. Carles Pla. La Facultad adoptó su nombre definitivo: Facultad de Ciencias. El Dr. David Brusi fue decano durante el traslado a la sede actual al campus de Montilivi y hasta octubre de 2003. Después de un breve periodo de transición en el cual fueron decanos en funciones el Dr. Joan Miró y la Dra. Margarida Casadevall fue escogido decano, el Dr. Manel Poch. Posteriormente, desde el 2006 hasta el 2008 los Drs. Crisanto Gómez y Juan M. Sánchez ocuparon el cargo de decano. La Dra. Victòria Salvadó fue escogida decana durante dos mandatos, desde el 2008 hasta diciembre del 2016 y a continuación el Dr. Jesús Colprim hasta noviembre del 2022, fecha en que pasó a ocuparlo el Dr. Crisanto Gómez. Desde junio del 2023 asume el cargo la Dra. Mònica Iglesias Juncà.
Actualizado junio 2023