Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú
Identificació

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2020
Descripció:
Eines bioinformàtiques via web. Accés a bases de dades biològics. Filogènia molecular. Identificació de gens.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BB

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / FERRAN FEIXAS GERONES  / JUDITH OLLE VILANOVA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Utilitzar programes informàtics específics per al tractament complex de dades.
  • Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació.
  • Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades i format de seqüencies. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Treure informació bàsica de les bases de dades. Informació bibliogràfica. Informació de gens.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues). Formats de seqüències més emprats (FASTA).

4. Anotació de gens. Cerca avançada de seqüencies de DNA en bases de dades. Anotació de genes. Mapatge de gens i cerca de transcrits.

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) Disseny de primers

6. Anotació anvaçada de gens. Navegació genòmica: Genome Data Viewer. Gene Ontology.

7. Estructura i funció de proteïnes. Interacció proteina-lligand. Modelatge molecular amb Chimera.

8. Tècniques de Docking (DOCK6) i de Dinàmica Molecular (GROMACS)

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 0 2,00 0 2,00
Prova d'avaluació 0 39,00 0 39,00
Sessió participativa 24,00 0 0 24,00
Sessió pràctica 0 10,00 0 10,00
Total 24,00 51,00 0 75

Bibliografia

  • Attwood, Teresa K (2002). Introducción a la bioinformática. Madrid [etc.]: Prentice Hall. Catàleg
  • Ramsden, Jeremy (2015). Bioinformatics : (3rd. ed.). London: Springer. Catàleg
  • Higgs, Paul G (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Oxford: Blackwell. Catàleg
  • Dear, Paul H (2007). Bioinformatics. Bloxham: Scion. Catàleg
  • Mount, David W (2004). Bioinformatics : (2nd ed.). New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Catàleg
  • Bueno Torrens, David (2015). 100 gens que ens fan humans :. Valls: Cossetània. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Activitats d'avaluació continuada Durant el curs es plantejaran petites acitvitats en forma de cerca d'informació, ressolució de problemes i presentació dels mateixos i simulacions per ordinador 50 No
Projecte Presentació d'un projecte final. Es valorarà la memòria presentada en base al rigor científic, la qualitat dels resultats obtinguts i la seva discussió 50

Qualificació

El 50% de la nota és la presentació d'un treball a final de curs. A principi de l'assignatura a cada parella d'estudiants se'ls hi assignarà un gen per realitzar un projecte que presentaran en forma de memòria.

A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota. L'assistència a aquestes sessions pràctiques és OBLIGATÒRIA i NO ÉS RECUPERABLE.

Per tal de superar l’assignatura, s’ha d’aprovar per separat l’avaluació continuada i el projecte. El projecte es considerarà suspès si la mitjana ponderada de les parts de genètica i proteïnes és inferior a 5 o si la nota d’una de les dues parts és inferior a 4'6. En tots dos casos, l’estudiant haurà de recuperar la part o parts del projecte suspesa, i només podrà obtenir com a nota màxima de la part recuperada un 6.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
No entregar el projecte individual.

Avaluació única:
Els i les alumnes que la facultat autoritzi podran acollir-se a l'avaluació única. Les persones que s'acullin a aquesta avaluació hauran d'elaborar el projecte de forma individual, que inclourà a més a més apartats addicionals treballats en les activitats d'avaluació continuada. Per superar l'assignatura caldrà que la nota del projecte sigui igual o superior a 5.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima global de 5.0.
Caldrà una qualificació mitjana mínima de 5 a les activitats de l'avaluació continuada.
Caldrà una qualificació mitjana mínima de 5 al projecte final.

Tutoria

Els estudiants podran concertar tutories amb els professors i les professores a través del correu electrònic.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

Per dubtes sobre el temari s'obriran fòrums per cada tema on els estudiants podran obrir i contestar preguntes.

Observacions

Assignatura totalment pràctica. És la part pràctica de l'assignatura Fonaments de Bioinformàtica

Assignatures recomanades

  • Fonaments de bioinformàtica

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial.
La meitat de les activitats es desenvoluparan a l'aula d'informàtica i l'altra meitat les desenvoluparan els estudiants de manera on-line amb els materials aportats pel professorat.

Escenari tancament UdG.
Totes les activitats passen a ser en modalitat on-line, els materials de l'assignatura s'adaptaran a aquesta nova situació.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
Per aquests estudiants posarem a disposició els mateixos materials que en l'escenari de tancament total de la facultat i/o streaming des de l'aula d'informàtica.

Modificació de l'avaluació:
Sota els diferents escenaris el sistema d'avaluació es manté igual, 50% de la nota provinent d'activitats avaluables (7) que es desenvoluparan a casa i el 50% restant del projecte final de l'assignatura.

Tutoria i comunicació:
En cas que no es puguin realitzar tutories presencials passaran a realitzar-se on-line a través de Google Meet o Microsoft Teams.