Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2013
Descripció:
Eines bioinformàtiques via web. Accés a bases de dades biològics. Filogènia molecular. Identificació de gens.
Crèdits ECTS:
3
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Indistintament (50%)

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Grup RA

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Competències

  • CG1. - Capacitat per analitzar críticament, a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades, situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • CG2. - Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional, utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • CG3. - Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • CG4. - Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • CG5. - Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • CE-2. Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Comprendre, a nivell estructural i funcional, les bases moleculars de les estructures i els processos biològics i les seves aplicacions.
  • Comprendre els processos que determinen el funcionament dels éssers vius, els mecanismes de regulació i la seva manipulació.
  • Conèixer i interpretar la informació continguda en base de dades sobre molcules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.
  • Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • CE-13. Conèixer i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades i format de seqüencies. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Treure informació bàsica de les bases de dades. Informació bibliogràfica. Informació de gens.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues). Formats de seqüències més emprats (FASTA). Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST). Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST

4. Anotació de gens. Cerca avançada de seqüencies de DNA en bases de dades. Anotació de genes. Mapatge de gens i cerca de transcrits.

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) Disseny de primers

6. Anotació anvaçada de gens. Gene Ontology. Navegació genòmica: Ensembl, MapViewer.

7. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

8. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 2,50 8,00 10,50
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,50 8,00 10,50
Elaboració individual de treballs 2,00 8,00 10,00
Prova d'avaluació 2,00 12,00 14,00
Sessió participativa 1,00 4,00 5,00
Sessió pràctica 15,00 10,00 25,00
Total 25,00 50,00 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
    Activitats d'avaluació continuada Durant el curs es plantejaran petites acitvitats en forma de cerca d'informació, ressolució de problemes i presentació dels mateixos i simulacions per ordinador 50
    Projecte individual Presentació d'un projecte individual. Es valorarà la memòria presentada en base al rigor científic, la qualitat dels resultats obtinguts i la seva discussió 50

    Qualificació

    El 50% de la nota és la presentació d'un treball personal a final de curs. A principi de l'assignatura cada estudiant escollirà un projecte a fer que presentarà en forma de memòria.

    A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota. L'assistència a aquestes sessions pràctiques és OBLIGATÒRIA i no és recuperable.

    Per tal de superar l'assignatura, s'han d'aprovar per separat tant l'avaluació continuada com el projecte. Els alumnes que hagin de presentar-se a la recuperació per tal d'aprovar l'assignatura, només podran obtenir com a nota máxima un APTE (6) en la nota del projecte.

    Observacions

    Assignatura totalment pràctica. És la part pràctica de l'assignatura Fonaments de Bioinformàtica

    Assignatures recomanades

    • Fonaments de bioinformàtica

    Escull quins tipus de galetes acceptes que el web de la Unviersitat de Girona pugui guardar en el teu navegador.

    Necessàries

    Les imprescindibles per facilitar la vostra connexió. No hi ha opció d'inhabilitar-les, atès que són les necessàries pel funcionament del lloc web.

    Preferències

    Permeten recordar les vostres opcions (per exemple llengua o regió des de la qual accediu), per tal de proporcionar-vos serveis avançats.

    Analytics

    Proporcionen informació estadística i permeten millorar els serveis. Utilitzem cookies de Google Analytics que podeu desactivar instal·lant-vos aquest plugin.

    Marketing

    Per a oferir continguts publicitaris relacionats amb els interessos de l'usuari, bé directament, bé per mitjà de tercers (“adservers”). Cal activar-les si vols veure els vídeos de Youtube incrustats en el web de la Universitat de Girona.