Dades generals

Curs acadèmic:
2013
Descripció:
Eines bioinformàtiques via web. Accés a bases de dades biològics. Filogènia molecular. Identificació de gens.
Crèdits ECTS:
3
Idioma principal de les classes:
Català
S’utilitza oralment la llengua anglesa en l'assignatura:
Poc (25%)
S’utilitzen documents en llengua anglesa:
Indistintament (50%)

Grups

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Grup RA

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / MANUEL VERA RODRIGUEZ  / JORDI VIÑAS DE PUIG

Competències

  • CG1. - Capacitat per analitzar críticament, a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades, situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • CG2. - Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional, utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • CG3. - Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • CG4. - Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • CG5. - Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • CE-2. Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Comprendre, a nivell estructural i funcional, les bases moleculars de les estructures i els processos biològics i les seves aplicacions.
  • Comprendre els processos que determinen el funcionament dels éssers vius, els mecanismes de regulació i la seva manipulació.
  • Conèixer i interpretar la informació continguda en base de dades sobre molcules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.
  • Saber utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació, les tècniques i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • CE-13. Conèixer i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades i format de seqüencies. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Treure informació bàsica de les bases de dades. Informació bibliogràfica. Informació de gens.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues). Formats de seqüències més emprats (FASTA). Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST). Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST

4. Anotació de gens. Cerca avançada de seqüencies de DNA en bases de dades. Anotació de genes. Mapatge de gens i cerca de transcrits.

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) Disseny de primers

6. Anotació anvaçada de gens. Gene Ontology. Navegació genòmica: Ensembl, MapViewer.

7. Estructura i funció de proteïnes Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model) Docking proteïna-lligand (eHiTS)

8. Relació estructura-activitat de lligands Definició de farmacòfor Construcció de farmacòfors amb Catalyst Cerca de bases de dades emprant farmacòfors

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Anàlisi / estudi de casos 2,5 8 10,5
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,5 8 10,5
Classes participatives 1 4 5
Classes pràctiques 15 10 25
Elaboració de treballs 2 8 10
Prova d'avaluació 2 12 14
Total 25 50 75

Bibliografia

    Avaluació i qualificació

    Activitats d'avaluació:

    Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
    Activitats d'avaluació continuada Durant el curs es plantejaran petites acitvitats en forma de cerca d'informació, ressolució de problemes i presentació dels mateixos i simulacions per ordinador 50
    Projecte individual Presentació d'un projecte individual. Es valorarà la memòria presentada en base al rigor científic, la qualitat dels resultats obtinguts i la seva discussió 50

    Qualificació

    El 50% de la nota és la presentació d'un treball personal a final de curs. A principi de l'assignatura cada estudiant escollirà un projecte a fer que presentarà en forma de memòria.

    A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota. L'assistència a aquestes sessions pràctiques és OBLIGATÒRIA i no és recuperable.

    Per tal de superar l'assignatura, s'han d'aprovar per separat tant l'avaluació continuada com el projecte. Els alumnes que hagin de presentar-se a la recuperació per tal d'aprovar l'assignatura, només podran obtenir com a nota máxima un APTE (6) en la nota del projecte.

    Observacions

    Assignatura totalment pràctica. És la part pràctica de l'assignatura Fonaments de Bioinformàtica

    Assignatures recomanades

    • Fonaments de bioinformàtica