Estudia > Oferta formativa > Oferta d'assignatures > Detall de l'assignatura
Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú
Identificació

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2020
Descripció:
Eines bioinformàtiques via web. Accés a bases de dades biològics. Filogènia molecular. Identificació de gens.
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BL

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / FERRAN FEIXAS GERONES  / JUDITH OLLE VILANOVA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO
Idioma de les classes:
Anglès (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Utilitzar programes informàtics específics per al tractament complex de dades.
  • Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació.
  • Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades i format de seqüencies. Introducció al SRS (Sequence Retrieval System). Treure informació bàsica de les bases de dades. Informació bibliogràfica. Informació de gens.

3. Cerca i anàlisi de seqüències. Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues). Formats de seqüències més emprats (FASTA).

4. Anotació de gens. Cerca avançada de seqüencies de DNA en bases de dades. Anotació de genes. Mapatge de gens i cerca de transcrits.

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) Disseny de primers

6. Anotació anvaçada de gens. Navegació genòmica: Genome Data Viewer. Gene Ontology.

7. Estructura i funció de proteïnes. Interacció proteina-lligand. Modelatge molecular amb Chimera.

8. Tècniques de Docking (DOCK6) i de Dinàmica Molecular (GROMACS)

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Anàlisi / estudi de casos 0 2,00 0 2,00
Prova d'avaluació 0 39,00 0 39,00
Sessió participativa 24,00 0 0 24,00
Sessió pràctica 0 10,00 0 10,00
Total 24,00 51,00 0 75

Bibliografia

  • Attwood, Teresa K (2002). Introducción a la bioinformática. Madrid [etc.]: Prentice Hall. Catàleg
  • Ramsden, Jeremy (2015). Bioinformatics : (3rd. ed.). London: Springer. Catàleg
  • Higgs, Paul G (2005). Bioinformatics and molecular evolution. Oxford: Blackwell. Catàleg
  • Dear, Paul H (2007). Bioinformatics. Bloxham: Scion. Catàleg
  • Mount, David W (2004). Bioinformatics : (2nd ed.). New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Catàleg
  • Bueno Torrens, David (2015). 100 gens que ens fan humans :. Valls: Cossetània. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Activitats d'avaluació continuada Durant el curs es plantejaran petites acitvitats en forma de cerca d'informació, ressolució de problemes i presentació dels mateixos i simulacions per ordinador 50 No
Projecte Presentació d'un projecte final. Es valorarà la memòria presentada en base al rigor científic, la qualitat dels resultats obtinguts i la seva discussió 50

Qualificació

El 50% de la nota és la presentació d'un treball a final de curs. A principi de l'assignatura a cada parella d'estudiants se'ls hi assignarà un gen per realitzar un projecte que presentaran en forma de memòria.

A pràcticament cada sessió de treball s'haurà de presentar un treball o petita activitat que serà avaluable. Aquesta avaluació contínua distribuïda en moltes activitats docents diferents constituirà el 50% de la nota. L'assistència a aquestes sessions pràctiques és OBLIGATÒRIA i NO ÉS RECUPERABLE.

Per tal de superar l’assignatura, s’ha d’aprovar per separat l’avaluació continuada i el projecte.
Les activitats d'avaluació continuada es consideraran suspeses quan la mitjana de les notes de totes les activitats sigui inferior a 5. Aquestes activitats no són recuperables, per tant, per aprovar l'assignatura, si se suspèn aquesta part s'haurà de presentar un informe final que inclourà apartats addicionals treballats en els avaluables.
El projecte es considerarà suspès si la mitjana ponderada de les parts de genètica i proteïnes és inferior a 5 o si la nota d’una de les dues parts és inferior a 4'6. En tots dos casos, l’estudiant haurà de recuperar la part o parts del projecte suspesa, i només podrà obtenir com a nota màxima de la part recuperada un 6.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
No entregar el projecte individual.

Avaluació única:
Els i les alumnes que la facultat autoritzi podran acollir-se a l'avaluació única. Les persones que s'acullin a aquesta avaluació hauran d'elaborar el projecte de forma individual, que inclourà a més a més apartats addicionals treballats en les activitats d'avaluació continuada. Per superar l'assignatura caldrà que la nota del projecte sigui igual o superior a 5.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima global de 5.0.
Caldrà una qualificació mitjana mínima de 5 a les activitats de l'avaluació continuada.
Caldrà una qualificació mitjana mínima de 5 al projecte final.

Tutoria

Els estudiants podran concertar tutories amb els professors i les professores a través del correu electrònic.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

Per dubtes sobre el temari s'obriran fòrums per cada tema on els estudiants podran obrir i contestar preguntes.

Observacions

Assignatura totalment pràctica. És la part pràctica de l'assignatura Fonaments de Bioinformàtica

Assignatures recomanades

  • Fonaments de bioinformàtica

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial.
La meitat de les activitats es desenvoluparan a l'aula d'informàtica i l'altra meitat les desenvoluparan els estudiants de manera on-line amb els materials aportats pel professorat.

Escenari tancament UdG.
Totes les activitats passen a ser en modalitat on-line, els materials de l'assignatura s'adaptaran a aquesta nova situació.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
Per aquests estudiants posarem a disposició els mateixos materials que en l'escenari de tancament total de la facultat i/o streaming des de l'aula d'informàtica.

Modificació de l'avaluació:
Sota els diferents escenaris el sistema d'avaluació es manté igual, 50% de la nota provinent d'activitats avaluables (7) que es desenvoluparan a casa i el 50% restant del projecte final de l'assignatura.

Tutoria i comunicació:
En cas que no es puguin realitzar tutories presencials passaran a realitzar-se on-line a través de Google Meet o Microsoft Teams.