1. Introducció Definició i àmbit d’estudi
Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)
2. Bases de dades
Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank)
Bases de dades estructurals (PDB, CATH)
3. Cerca i anàlisi de seqüències
Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues)
Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.)
Formats de seqüències més emprats (FASTA)
Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix)
Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)
4. Alineaments 2 a 2. Dot plot anàlisi. Mètodes de programació dinàmica: alineaments global mitjançant l'algorisme de Needleman-Wunsch, i alineament local l'algorisme de Smith-Waterman. Scoring matrices. Cerca en bases de dades amb mètodes de paraula clau, FASTA i BLAST
5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee)
Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança)
Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)
6. Anotació de gens i Gene Ontology. Estructura de gens. Navegadors genòmics. Ensembl.
7. Estructura i funció de proteïnes
Modelat per homologia (MODELLER, Swiss-Model)
Docking proteïna-lligand (eHiTS)
8. Relació estructura-activitat de lligands
Definició de farmacòfor
Construcció de farmacòfors amb Catalyst
Cerca de bases de dades emprant farmacòfors
L'avaluació consta de dues parts
1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4,5 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació)
2.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. 40% de la Nota. Durant el curs es faran activitats avaluables i NO RECUPERABLES de GM. Per tant, l'assistència a les sessions de GM serà OBLIGATÒRIA. Aquestes activitats constaran tant d'exercicis a entregar com discussió i presentació de casos proposats.