Dins d’aquesta línia es fan estudis de seguiment de les reserves genètiques de les poblacions mediterrànies de la truita comuna (Salmo trutta) i sobre la conservació d’espècies de peixos en perill d’extinció com l’espinós (Gasterosteus aculeatus) i de petits mamífers com els eriçons (Atelerix algirus), rèptils i amfibis. A més a més, s’estudien les poblacions d’espècies invasores com la gambúsia (Gambusia holbrooki), el musclo zebra (Dreissena polymorpha) i la cloïssa asiàtica (Corbicula fluminea).

Aquesta línia inclou estudis en la gestió sostenible de les pesca d’espècies marines com la gamba rosada (Aristeus antennatus) i peixos pelàgics com la tonyina (Thunnus thynnus), el peix espasa (Xiphias gladius) o l’anxova (Engraulis encrasicolus). Per exemple, l’estudi relacionat amb la gamba rosada, té com a objectiu principal determinar la connectivitat entre els diferent caladors gràcies a la migració dels individus adults i la dispersió de les larves. Es treballa també amb l'International Council Conservation of Atlantic Tuna (ICCAT) en projectes de avaluació de les pesqueries de petits túnids.

Des d’aquesta línia s’investiga per desenvolupar els marcadors moleculars necessaris per a dur a terme tots els altres estudis, com per exemple, nous loci microsatèl·lit que permeten fer el seguiment de les poblacions de gamba rosada, musclo zebra i la cloïssa asiàtica. També es fan estudis genòmics sobre les poblacions invasores de la gambúsia, sobre les adaptacions al clima mediterrani de les poblacions natives de truita i espinós, i sobre l’estructura fina poblacional en el bonítol (Sarsa sarda). Un altre objectiu d’aquesta línia és participar en el desenvolupament de marcadors moleculars que puguin facilitar la investigació de la xarxa XRaq (Xarxa de Referència d’R+D+I en Aqüicultura de la Generalitat de Catalunya).