Dades generals

Curs acadèmic:
2017
Descripció:
Avenços en l'estudi de la genètica i fisiologia dels microorganismes. Mètodes moleculars d'identificació de paràsits, fongs, bacteris i virus. Anàlisi de la diversitat microbiana en mostres complexes, mètodes de fingerprinting. Noves tècniques de cultiu.
Crèdits:
3

Grups

Grup A

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BAÑERAS VIVES  / FREDERIC GICH BATLLE
Idioma de les classes:
Català (50%), Anglès (50%)

Competències

  • 1. Identificar problemes, buscar solucions originals i aplicar-les en un context d'investigació o professional.
  • 4. Comunicar de forma clara i concisa els seus coneixements, les seves conclusions i les implicacions ètiques i socials del seu camp de treball a públics especialitzats i no especialitzats ( divulgació científica).
  • 5. Actualitzar i prosseguir els seus estudis de forma auto-dirigida i autònoma, recollint i seleccionant la informació necessària que permeti una investigació original i que aporti nous coneixements.
  • 8. integrar els aspectes metodològics i els continguts de les diferents disciplines de les biociències per al seu estudi a nivell molecular.
  • 11. Identificar i analitzar les mecanismes moleculars bàsics que operen en els éssers vius, particularment l'home, així com les seves aplicacions en diferents camps d'investigació.
  • 12. Gestionar i planificar l'ús racional de tècniques freqüents en Biología Molecular en noves situacions d'estudi o experimentació.
  • 13. Avaluar l'ús i la necessitat de tècniques avançades en biología molecular així com la seva adaptació a necessitats particulars requerides.
  • 17. Identificar i generar solucions a problemes plantejats en els àmbits de la Biomediciona Molecular i la Patologia Molecular.

Continguts

1. BLOC 1. Mètodes moleculars per a la caracterització de microorganismes / Métodos moleculares para la caracterización de microorganismos

          1.1. Noves tècniques de cultiu / Nuevas técnicas de cultivo

          1.2. Disseny d’encebadors i sondes moleculars específics per aplicacions de PCR i hibridació in situ / Diseño de encebadores y sondas moleculares específicos para las aplicaciones de PCR y hibridación in situ.

          1.3. Identificació de microorganismes mitjançant hibridació amb sondes moleculars (FISH, CARD-FISH, RING-FISH,...) / Identificación de microorganismos mediante hibridación con sondas moleculares (FISH, CARD-FISH, RING-FISH,...)

          1.4. Tècniques d’amplificació de marcadors gènics. Reacció en cadena de la polimerasa (PCR). Optimització i aplicacions. Nested-PCR, PCR quantitativa (qPCR), PCR basada en transcriptasa reversa (RT-PCR), ERIC-PCR (Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR) i REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic PCR). Multiplex- PCR, Rapid Multiplex nested PCR-ICT assay, Multiple displacement amplification (MDA). Clonació. / Técnicas de amplificación de marcadores génicos. Reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Optimización y aplicaciones. Nested-PCR, PCR cuantitativa (qPCR), PCR basada en transcriptasa reversa (RT-PCR), ERIC-PCR (Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR) y REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic PCR). Multiplex- PCR, Rapid Multiplex nested PCR-ICT assay, Multiple displacement amplification (MDA). Clonación.

          1.5. Mètodes d’anàlisi de polimorfisme. Anàlisi del polimorfisme de la conformació de brins senzills SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism). Polimorfisme de DNA amplificat a l’atzar (McRADP Melting curve of random amplified polymorphic DNA, RAPD Random amplified polymorphic DNA). / Métodos de análisis de polimorfismo. Análisi de polimorfismo de la conformación de cadena sencilla SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism). Polimorfismo de DNA amplificado al azar (McRADP Melting curve of random amplified polymorphic DNA, RAPD Random amplified polymorphic DNA).

          1.6. Mètodes d’assaig immunoenzimàtic per la identificació de bacteris i paràsits d’interès sanitari. / Métodos de ensayo immunoenzimático para la identificación de bacterias y parásitos de interés sanitario.

2. BLOC 2. Mètodes moleculars per l'anàlisi de comunitats microbianes / Métodos moleculares para el análisis de comunidades microbianas

          2.1. Anàlisi de polimorfisme de longitud de fragments de restricció (RFLP, T-RFLP Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism). / Análisis de polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP, T-RFLP Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism).

          2.2. Mètodes d’anàlisi de la diversitat microbiana. Seqüenciació massiva: Piroseqüenciació 454, MiSeq (Illumina) / Métodos de análisis de la diversidad microbiana. Secuenciación masiva: Pirosecuenciación 454, MiSeq (Illumina)

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Total
Classes expositives 14 0 14
Elaboració de treballs 2 35 37
Lectura / comentari de textos 8 16 24
Total 24 51 75

Bibliografia

  • Persing, David H. (cop. 2004 ). Molecular microbiology : diagnostic principles and practice . Washington, D.C.: ASM Press. Catàleg
  • Gerhardt, Philipp (1994 ). Methods for general and molecular bacteriology . Washington, D.C.: American Society for Microbiology. Catàleg
  • Sachse, Konrad Frey, Joachim (cop. 2003 ). PCR detection of microbial pathogens . Totowa, N.J.: Humana Press. Catàleg
  • Bartlett, John M. S. Stirling, David (cop. 2003 ). PCR protocols (2nd ed.). Totowa, N.J.: Humana Press. Catàleg
  • Bhunia, Arun K. (cop. 2005 ). Foodborne pathogens : microbiology and molecular biology . Norfolk: Caister Academic Press. Catàleg
  • Sninsky, John J. (cop. 1995 ). PCR strategies. San Diego [Calif.] [etc.]: Academic Press. Recuperat 09-07-2013, a http://www.sciencedirect.com/science/book/9780123721822 Catàleg
  • Patrinos, George P. Ansorge, Wilhelm, 1944- (2010 ). Molecular diagnostics (2nd ed). Boston: Elsevier/Academic Press. Recuperat 09-07-2013, a http://www.sciencedirect.com/science/book/9780123745378 Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat %
Comentari d'articles prèviament seleccionats sobre els continguts de l'assignatura. / Comentario de artículos previamente seleccionados sobre el contenido de la asignatura Resposta a les interpelacions realitzades pel professor durant la realització de l'activitat. Es valorarà la capacitat de comprensió, anàlisi i comunicació. 50
Presentació d'un informe sobre un cas experimental d'anàlisi de microorganismes. / Presentación de un informe sobre un caso experimental de análisi de microorganismos. S'avaluarà la capacitat de comunicació (llenguatge, ortografia, presentació, comprensió) i el nivell tècnic i científic de resolució del cas plantejat aplicant els coneixements desenvolupats a l'assignatura. 50

Qualificació

La qualificació de l'assignatura es farà amb un sistema combinat que inclou dos tipus d'avaluació diferents:
/ La calificación de la asignatura se realizará con un sistema combinado que incluye dos tipos de avaluación diferentes:

A) Comentaris d'articles (50% de la nota final): El professor posarà a disposició dels estudiants una selecció d'articles amb suficient antelació per tal que els estudiants els puguin llegir amb deteniment. La qualificació s'obtindrà a partir d'una prova on els estudiants hauran de respondre a les preguntes que el professor plantejarà durant la classe en relació al contingut de les publicacions que seran objecte de discussió.

/ A) Comentarios de artículos (50% de la nota final): El profesor pondrá a disposición de los estudiantes una selección de artículos con suficiente antelación para que los estudiantes los puedan leer con atención. La calificación se obtendrá a partir de una prueba donde los estudantes deberán contestar preguntas planteadas por el profesor en relación al contenido de las publicaciones que serán objeto de discusión.


B) Estudi de casos (50% de la nota final): Consistirà en un treball sobre un cas experimental concret de l'estudi dels microorganismes. Els estudiants hauran de fer servir els coneixements adquirits dels diferents mètodes exposats a classe per abordar un aspecte concret de l'estudi dels microorganismes.

/
B) Estudio de casos (50% de la nota final): Consistirá en un trabajo sobre un caso experimental concreto del estudio de los microorganismos. Los estudiantes deberán utilizar los conocimientos adquiridos de los diferentes métodos expuestos en clase per abordar un aspecto concreto del estudio de los microorganismos.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Constarà com a No Presentat tot aquell estudiant que no s'hagi presentat a cap de les dues activitats avaluables. Per tant, la presentació a una sola de les activitats suposarà Presentat.
/ Constará como No Presentado todo aquel estudiante que no se haya presentado a ninguna de las dos actividades avaluables. Por tanto, la presentación a una sola de las actividades supondrá Presentado.

Observacions

Les classes de contingut teòric s'impartiran en forma de classes expositives amb suport audio-visual. Pel caràcter que es suposa a uns estudis de Tercer Cicle, les classes pretenen ser essencialment participatives i estimular la discussió dels continguts de l'assignatura. Per tant, es recomana mantenir una actitud activa i participativa. / Las clases de contenido teórico se impartirán en forma de clases expositivas con soporte audio-visual. Por el carácter que se le supone a unos estudios de Tercer Ciclo, las clases pretenden ser esencialment participativas y estimular la discusió de los contenidos de la asignatura. Por tanto, se recomienda mantener una actitud activa y participativa.

Assignatures recomanades

  • Bioinformàtica
  • Comunicació científica. Protecció i explotació de resultats
  • Patogeneitat microbiana. Fonaments moleculars