Dades generals
-
Curs acadèmic:
- 2023
-
Descripció:
- Genòmica funcional o determinació de la funció dels gens en els processos biològics dels organismes vius. Eines disponibles mitjançant la genètica directa i inversa. Com es dissenya un organisme modificat genèticament.
-
Crèdits:
- 3
Grups
Grup A
-
Durada:
- Semestral, 1r semestre
-
Professorat:
- Sandra Fernandez Piñan
/ Merce Figueras Vall-llosera
/ Olga Serra Figueras
-
Idioma de les classes:
- Català (100%)
Competències
- 1. Identificar problemes, buscar solucions originals i aplicar-les en un context d'investigació o professional
- 4. Comunicar de forma clara i concisa els seus coneixements, les seves conclusions i les implicacions ètiques i socials del seu camp de treball a públics especialitzats i no especialitzats ( divulgació científica)
- 5. Actualitzar i prosseguir els seus estudis de forma auto-dirigida i autònoma, recollint i seleccionant la informació necessària que permeti una investigació original i que aporti nous coneixements
- 8. integrar els aspectes metodològics i els continguts de les diferents disciplines de les biociències per al seu estudi a nivell molecular
- 11. Identificar i analitzar els mecanismes moleculars bàsics que operen en els éssers vius, particularment l'home, així com les seves aplicacions en diferents camps d'investigació
- 12. Gestionar i planificar l'ús racional de tècniques freqüents en Biología Molecular en noves situacions d'estudi o experimentació
- 13. Avaluar l'ús i la necessitat de tècniques avançades en biología molecular així com la seva adaptació a necessitats particulars requerides
- 15. Valorar la utilitat de tècniques de modificació genètica d'organismes per a estudis i tractament de patologies humanes, la millora de processos i productes biotecnològics
- 17. Identificar i generar solucions a problemes plantejats en els àmbits de la Biomediciona Molecular i la Patologia Molecular
Continguts
1. Genòmica funcional: genètica inversa (del gen al fenotip). Editat de gens: Zn finger nucleases, Talen, CRISPR/Cas, prime editing.
//////////////////////////////////////////////////////////////////
Functional genomics: reverse genetics (from gene to phenotype). Gene editing: Zn finger nuclease, Talen, CRISPR/Cas, prime editing.
2. Genòmica funcional: CRISPR-Cas, més enllà de produir un doble tall per a l'edició gènica.
//////////////////////////////////////////////////////////////////
Functional genomics: CRISPR-Cas, beyond DNA break for gene editing.
3. -Omics a nivell cel·lular: transcriptoma i traduccionoma per conèixer per apropar-nos a la funció cel·lular /////////////////////////////////// -Omics at cellular level: transcriptomics and translatomics to understand the cell function.
4. Exemples de programari lliure que assisteix el treball experimental del laboratori de biologia molecular: Benchling i Ape (A Plasmid Editor). Treballarem la llibreta electrònica, el disseny de vectors recombinants, l'editat i anàlisi de seqüències de DNA, estratègies de clonació, i disseny de guies d'RNA.
///////////////////////////////////////////////////////////////////////
Examples of free software that assist the experimental work of the molecular biology laboratory: Benchling and Ape (A Plasmid Editor). We will work on the electronic notebook, the design of recombinant vectors, the editing and analysis of DNA sequences, cloning strategies, and the design of RNA guides.
5. Aspectes pràctics del sistema CRISPR/Cas com a estratègia prometedora per edició genètica en organismes.
///////////////////////////////////////////////////////////
Practical aspects of CRISPR/Cas system as a promising strategy for gene editing in organism.
Activitats
Tipus d’activitat |
Hores amb professor |
Hores sense professor |
Hores virtuals amb professor |
Total |
Anàlisi / estudi de casos |
4,00 |
5,00 |
0
|
9,00 |
Debat |
3,00 |
3,00 |
0
|
6,00 |
Elaboració individual de treballs |
2,00 |
15,00 |
0
|
17,00 |
Exposició dels estudiants |
2,00 |
12,00 |
0
|
14,00 |
Sessió participativa |
17,50 |
0
|
0
|
17,50 |
Total |
28,50 |
35,00 |
0
|
63,5 |
Bibliografia
- Mackosko et al. (2015). Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanol. Cell, 21(161), 1202-1214. Recuperat , a https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.002
- Haber et al. (2017). A single-cell survey of the small intestinal epithelium. . Nature, 551(), 333-339. Recuperat , a https://doi.org/10.1038/nature24489
- Liao et al. (2021). Uncovering an Organ’s Molecular Architecture at Single-Cell Resolution by Spatia. Trends in Biotechnology,, 43-58. Recuperat , a https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2020.05.006
- Han et al. (2018). Proximity labelling: spatially resolved proteomic mapping for neurobiology. Current Opinion in Neurobiology, 50(), 17-23. Recuperat , a https://doi.org/10.1016/j.conb.2017.10.015
- Branon et al. (2018). Efficient proximity labeling in living cells and organisms with TurboID. Nature Biotechnology, 36(), 880-887. Recuperat , a https://doi.org/10.1038/nbt.4201
- Brady et al. (2007). A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns. Science, 318(), 801-806. Recuperat , a https://doi.org/10.1126/science.1146265
- Fox et al. (2007). The embryonic muscle transcriptome of Caenorhabditis elegans. . Genome Biology, 8, R188(), . Recuperat , a http://dx.doi.org/10.1186/gb-2007-8-9-r188
- Deal and Henikoff (2010). A simple method for gene expression and chromatin profiling of individual cell t. Developmental Cell, 18(), 1030-1040. Recuperat , a https://doi.org/10.1016/j.devcel.2010.05.013
- Hwang et al (2018). Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines. Experimental Molecular Medicine, 50(), . Recuperat , a https://doi.org/10.1038/s12276-018-0071-8
- Luecken and Theis (2019). Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Molecular Systems Biology, 15: e8746(), . Recuperat , a https://doi.org/10.15252/msb.20188746
- Pickar-Oliver and Gersbach (2019). The next generation of CRISR-Cas technologies and applications. Nature Reviews: Molecular Cell Biology,, . Recuperat , a https://doi.org/10.1038/s41580-019-0131-5
- Shalem et al (2015). High-throughput functional genomics using CRISPR-Cas9. Nature Reviews: Genetics,, . Recuperat , a https://doi.org/10.1038/nrg3899
- Katzen (2007). Gateway(®) recombinational cloning: a biological operating system. Expert Opinion on Drug Discovery,, . Recuperat , a https://doi.org/10.1517/17460441.2.4.571
- Durai et al. (2005). Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering. Nucleic acids research, 33(18)(), 5978-90. Recuperat , a https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16251401/
- Mak et al., (2012). The Crystal Structure of TAL Effector PthXo1 Bound to Its DNA Target. Science, 335(6069)(), 716-9. Recuperat , a https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22223736/
- Mali et al (2013). RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9. Science, 339(6121)(), 823-6. Recuperat , a https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23287722/
- Alonso et al (2006). Moving forward in reverse: genetic technologies to enable genome-wide phenomic s. Nature Reviews Genetics, 7(), 524-536. Recuperat , a https://www.nature.com/articles/nrg1893
- Le Cong et al., (2013). Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems. Science, 339(6121)(), 819-23. Recuperat , a https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23287718/
- Jinek et al (2012). A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science, 337(6096)(), 816-21. Recuperat , a https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22745249/
- Anzalone et al (2019). Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature, 576(), 149-157. Recuperat , a https://www.nature.com/articles/s41586-019-1711-4
Avaluació i qualificació
Activitats d'avaluació:
Descripció de l'activitat |
Avaluació de l'activitat |
% |
Recuperable |
1- Presentació i guiatge de la discussió de l’article assignat treballat en parella/grup. ////////////////////////////////////////
1- Presentation and guidance of the discussion of the assigned article worked in pairs/group.
|
Preparació de la sessió per fomentar la motivació i promoure la discussió activa, a través d’unes preguntes guia i facilitant l’entesa del treball. Això s’aconseguirà a través del coneixement del context de l’estudi i la lectura profunda de l’article en qüestió.
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
Preparation of the session to promote engagement and active discussion, through some guiding questions and facilitating the understanding of the work. This will be achieved through knowledge of the context of the study and in-depth reading of the article in question.
|
25 |
No |
2- Participació activa en la presentació d’article per part dels companys ////////////////////////////////////////////////
2- Active participation in the article presentation by peers.
|
Participació activa, capacitat de generar discussió i encert.
///////////////////////////////////////////////////
Active participation, ability to generate discussion and accuracy.
|
35 |
No |
3- Interpretació de les figures presentades i discutides en sessions prèvies (pel propis estudiants o professores).
///////////////////////////////////////////////////////////////// 3- Interpretation of figure/s presented and discussed in previous sessions (by classmates or professors).
|
Encert i raonament.
///////////////////////////////////////////////////
Accuracy and reasoning.
|
30 |
No |
4- Exercici/s de classe
///////////////////////////////////////////////////////////
4- Class exercise/s
|
Encert i raonament.
///////////////////////////////////////////////////
Accuracy and reasoning.
|
10 |
No |
Qualificació
Perquè l’alumne pugui avaluar-se de l’assignatura cal superar TOTS els següents requisits:
- assistir en un mínim del 80% de les classes
- assistir a la presentació de l’article assignat
- assistir a almenys dues de les tres sessions on els companys presenten els articles assignats.
Només en cas de força major s’acceptarà que no es compleixin alguns d’aquests requisits. Aquesta causa de força major haurà d’estar degudament justificada i correspondrà al professor decidir com afecta els percentatges d’avaluació.
L’entrega d’alguna de les activitats avaluables fora de termini i sense causa justificada, implicarà una reducció de la nota final d’aquella activitat: (20%, un dia de retràs; 40% dos dies de retràs; a partir del tercer dia aquesta activitat valdrà 0)
////////////////////////////////////////////////////
In order for the student to be able to evaluate the subject, it is required to pass ALL the following requirements:
- attend at least 80% of the classes
- attend the presentation of the assigned article
- attend at least two of the three sessions where classmates present the assigned articles.
Only in case of force majeure will it be accepted that some of these requirements are not met. This cause of force majeure must be duly justified and it will be up to the teacher to decide how it affects the assessment percentages.
Delivery of any of the activities after the deadline, without justified cause, will reduce the final mark of this activity: 20% one day after deadline; 40% two days after deadline; 3 days or more after deadline will rate for a 0.
********************************************************************************************************************************************
Recordar-vos que si es detecta la realització fraudulenta (ús d'informació sense autorització, utilització d'informació falsa, utilització de dispositius no autoritzats, suplantació de la identitat, plagis totals o parcials, compra i venda de proves, pràctiques i treballs, etc) de qualsevol dels exercicis exigits en l’avaluació d’una assignatura, comportarà la no superació de l’assignatura, amb independència del procés disciplinari que es pugui seguir contra l’estudiant infractor.
////////////////////////////////////////////////////////////////////
Remind you that if fraudulent conduct is detected (use of information without authorization, use of false information, use of unauthorized devices, impersonation, total or partial plagiarism, purchase and sale of tests, practices and assignments, etc) of any of the exercises required in the evaluation of a subject, will result in failure to pass the subject, regardless of the disciplinary process that may be followed against the offending student.
********************************************************************************************************************************************
Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Es considerarà no presentat quan l’estudiant no hagi assistit a cap activitat d'avaluació.
/////////////////////////////////////////////////////////
The student that will not attend to any evaluation activity will be considered as a non-presented student.
Avaluació única:
L’avaluació única consistirà en una presentació oral d’un dels articles proposats (50%) i la interpretació de les figura/es incloses en algun dels altres articles treballats a classe o que formen part dels powerpoints de l’assignatura (50%).
//////////////////////////////////////////////////////////////////////
The single evaluation will consist on an oral presentation of one of the articles proposed (50%) and the interpretation of the figure/s included in any of the articles presented by peers or that are part of the powerpoint support of the subject (50%).
Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura, caldrà obtenir una qualificació mínima de 5.0 ///////////////////////////////
To pass the subject a minimum qualification of 5 will be required.
Tutoria
Es realitzaran tutories sota petició de l'estudiant via correu electrònic.
//////////////////////////////////
The students will be attended personally upon appointment by email.
Comunicacio i interacció amb l'estudiantat
La comunicació amb els estudiants serà preferentment a través del Fòrum de Notícies del Moodle, però també via email.
/////////////////////////////////////////////////////
The comunication with the students will be preferentially done by the Forum de Notícies from Moodle, but also via email.