Anar al contingut (clic a Intro)
UdG Home UdG Home
Tancar
Menú
Identificació

Estudia a la UdG

Dades generals

Curs acadèmic:
2020
Descripció:
Conceptes bàsics en bioinformàtica. Bases de dades biològics. Comparació de seqüències. Bioinformàtica estructural. Anàlisi 'òmics'
Crèdits ECTS:
3

Grups

Grup BB

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / SANDRA HERAS MENA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / JORDI VIÑAS DE PUIG
Idioma de les classes:
Català (100%)

Grup BL

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / SANDRA HERAS MENA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / JORDI VIÑAS DE PUIG
Idioma de les classes:
Català (100%)

Grup BT

Durada:
Semestral, 2n semestre
Professorat:
LUIS BLANCAFORT SAN JOSE  / SANDRA HERAS MENA  / NURIA PEREZ BIELSA  / PEDRO SALVADOR SEDANO  / JORDI VIÑAS DE PUIG
Idioma de les classes:
Català (100%)

Competències

  • Capacitat per analitzar críticament a partir de la recollida d'informació i la interpretació de dades , situacions complexes i dissenyar estratègies creatives i innovadores per resoldre-les.
  • Saber comunicar-se oralment i per escrit en l'àmbit científic i professional , utilitzant les llengües pròpies i l'anglès.
  • Treballar en equip contribuint a l'elaboració de projectes específics i multidisciplinaris.
  • Planificar i avaluar la pròpia activitat i el propi aprenentatge i elaborar estratègies per millorar-los aplicant criteris de qualitat.
  • Capacitat per actuar, generar propostes i prendre decisions en la investigació i en l'activitat professional amb criteris ètics i de sostenibilitat.
  • Utilitzar i aplicar de forma segura la instrumentació i les metodologies experimentals pròpies de la disciplina.
  • Identificar i entendre , a nivell estructural i funcional , les bases moleculars de les estructures i els processos biològics , les seves aplicacions i els mecanismes de regulació.
  • Identificar i interpretar la informació continguda en bases de dades sobre molècules amb activitat biològica i aplicar les eines bioinformàtiques bàsiques.

Continguts

1. Introducció Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy)

2. Bases de dades Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH)

3. Cerca i anàlisi de seqüències Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST)

4. Alineaments 2 a 2. Dot plot anàlisi. Mètodes de programació dinàmica: alineaments global mitjançant l'algorisme de Needleman-Wunsch, i alineament local l'algorisme de Smith-Waterman. Scoring matrices. Cerca en bases de dades amb mètodes de paraula clau, FASTA i BLAST

5. Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap)

6. Anotació de gens i Gene Ontology. Estructura de gens. Navegadors genòmics. Ensembl.

7. Introducció al drug discovery. Biodisponibilitat i activitat intrínseca. Regla de Lipinski. Farmacòfors. Relacions estructura activitat. Docking.

8. Modelatge de proteïnes per homologia

9. Fonaments de Mecànica Molecular. Force fields. Simulacions de Dinàmica Molecular.

10. Bloc 1

Activitats

Tipus d’activitat Hores amb professor Hores sense professor Hores virtuals amb professor Total
Aprenentatge basat en problemes (PBL) 2,50 8,00 0 10,50
Cerca i anàlisi d'informació 0,25 6,00 0 6,25
Prova d'avaluació 4,00 0 0 4,00
Resolució d'exercicis 7,00 16,00 0 23,00
Sessió expositiva 11,00 20,25 0 31,25
Total 24,75 50,25 0 75

Bibliografia

  • Leach, Andrew R (1996). Molecular modelling :. Harlow: Addison Wesley. Catàleg

Avaluació i qualificació

Activitats d'avaluació:

Descripció de l'activitat Avaluació de l'activitat % Recuperable
Resoldre exercicis proposats dels continguts 1 a 6 (bloc biologia) Realització d'exercicis proposats dels continguts del bloc de biologia 26,7 No
Resoldre exercicis proposats dels continguts 7 a 9 (bloc química) Realització d'exercicis proposats dels continguts del bloc de química 13,3 No
Prova final Respondre l'examen 60

Qualificació

L'avaluació consta de dues parts
1.- EXAMEN FINAL. 60% de la Nota (es necessita com a mínim 4,5 per entrar a fer mitja amb les altres activitats de qualificació). La no assistència a l'examen final sense causa justificada implica suspendre l'assignatura. Aquesta és l'única activitat recuperable, en el cas que s'hagi suspès, en un examen de recuperació.
2.- SEGUIMENT DE GRUP MITJÀ. Durant el curs es realitzaran 3 blocs d'activitats avaluables i NO RECUPERABLES de GM (13.3% cada bloc). Per tant, l'assistència a les sessions de GM serà OBLIGATÒRIA. Aquestes activitats constaran d'exercicis a entregar de casos proposats.

Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Es consideren com a NO PRESENTATS aquells alumnes que no realitzin cap de les activitats previstes per a l'avaluació.

Avaluació única:
L’avaluació única consistirà, en el dia establert, en la realització d'una prova final (100% de la nota i és recuperable). L’assistència a les sessions de GM és un requisit necessari.

Requisits mínims per aprovar:
Per considerar superada l’assignatura caldrà obtenir una nota mínima de 4,50 punts en l’examen final i una qualificació mínima de 5,00 de l'assignatura amb la ponderació de les activitats avaluables de l'avaluació contínua. En el cas de l'avaluació única, s'ha d'obtenir una nota mínima d'un 5,00 de la prova final per aprovar l'assignatura.
La no assistència a l'examen final sense causa justificada implica suspendre l'assignatura.

Tutoria

Els dubtes de l’assignatura es realitzaran a través del correu, de Google Meet o al despatx en hores convingudes.

Comunicacio i interacció amb l'estudiantat

La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.

Assignatures recomanades

  • Bioinformàtica aplicada

Modificació del disseny

Modificació de les activitats:
Escenari semipresencial.
Les classes magistrals es realitzaran semipresencialment o semipresencialment en streaming (amb la meitat dels estudiants a l'aula i la resta fent el seguiment de forma virtual des de casa) o amb sessions prèviament gravades (que podran ser visualitzades pel total dels alumnes des de casa).
El seguiment de les activitats de GM es realitzaran de forma virtual o bé de forma semipresencial.

Escenari tancament UdG.
La docència es realitzarà en format virtual a través de Google Meet o sessions prèviament gravades.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
Es facilitarà tot el material docent necessari per a un seguiment adequat de l'assignatura i també es resoldran dubtes a través del correu o de Google Meet en hores convingudes.

Modificació de l'avaluació:
Escenari semipresencial.
L’activitat d’avaluació de l'examen final (prova final) es continua mantenint de forma presencial.
Les activitats avaluables corresponents al seguiment de grup mitjà (resoldre exercicis proposats dels 3 blocs de l’assignatura) es realitzaran de forma telemàtica o bé de forma semipresencial.

Escenari tancament UdG.
Les activitats d’avaluació es realitzaran de forma telemàtica.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
Les activitats d’avaluació es realitzaran de forma telemàtica.

Tutoria i comunicació:
Escenari semipresencial.
La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.
Els dubtes de l’assignatura es realitzaran a través del correu o de Google Meet en hores convingudes.

Escenari tancament UdG.
La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.
Els dubtes de l’assignatura es realitzaran a través de fòrums de discussió per resoldre dubtes comuns, per generar debat i per fomentar un aprenentatge actiu; del correu o de Google Meet en hores convingudes.

Tractament d'estudiants vulnerables o amb confinament temporal.
La comunicació amb els estudiants es realitzarà pels canals habituals de Moodle mitjançant el fòrum d'avisos i notícies i també a través del correu.
Els dubtes de l’assignatura es resoldran a través de fòrums, del correu o de Google Meet en hores convingudes.