Actualment l'Observatori s'estructura amb el Director, el Sr. Carles Cruz, que vetlla pel desenvolupament dels objectius de l'Observatori; el Consell Assessor, format pel Sr. Xavier Arbós, el Sr. Joan Manel del Pozo i el Sr. Toni Vilà, que aconsella al Director i al Coordinador Tècnic, el Sr. Joan Canimas, en tot allò que fa referència a les línies d'actuació i d'organització; i la Secretaria Tècnica, conduïda pel Coordinador Tècnic, que vetlla i facilita el correcte funcionament de l'Observatori, gestionant, assessorant, donant suport tècnic i dinamitzant les seves diferents àrees. Així mateix l'Observatori compta amb el recolzament de la Gerent i l'àrea Staff Tècnic de la Fundació Campus Arnau d'Escala.