La Universidad de Girona es heredera del llamado Estudio General. Fue creado en 1446 por el rey Alfonso el Magnánimo, quien concedió a Girona el privilegio de otorgar títulos de gramática, retórica, filosofía y teología, derecho y medicina. La iniciativa docente corrió a cargo de los síndicos municipales y de la Iglesia, pero las clases no empezaron oficialmente hasta 1572 en el entorno de lo que ahora se conoce como edificio de Les Àligues, construido expresamente como sede universitaria. Los estudios universitarios se extendieron con un notable prestigio hasta 1717, cuando la universidad fue clausurada por el Decreto de Nueva Planta y la pérdida de identidad política de Cataluña.

Durante el siglo XIX, y como resultado de la revolución liberal, el ayuntamiento de la ciudad impulsó la llamada Universidad Libre de Girona, que ofreció estudios de Derecho y Farmacia hasta 1874.

La historia reciente de la Universidad de Girona tiene como referentes la Escuela Normal de Maestros y, en especial, las iniciativas que se llevaron a cabo en los años sesenta del siglo XX con el fin de instaurar de nuevo estudios universitarios en Girona. Se crea el Colegio Universitario de Girona y la Escuela Politécnica Superior, que dependen, respectivamente de la UAB y de la UPC. Posteriormente, se recupera el Estudio General, que acoge estudios de humanidades, de empresariales, de ciencias y de ciencias sociales. Finalmente, en el año 1991, un decreto del gobierno autonómico crea la nueva Universidad de Girona, con aportaciones de las diversas culturas universitarias que convierten Girona en un punto de referencia multidisciplinar.