La oferta coordinada de másteres y doctorados de la Universidad de Girona se estructura en cinco programas oficiales de posgrado:

1. Programa oficial de posgrado en Ciencias Experimentales y Sostenibilidad
2. Programa oficial de posgrado en Ciencias Humanas y de la Cultura
3. Programa oficial de posgrado en Ciencias Sociales, de la Educación y de la Salud
4. Programa oficial de posgrado en Tecnología
5. Programa oficial de posgrado en Turismo, Derecho y Empresa

Cada uno reúne una serie de másteres y ofrece las líneas de investigación, vinculadas a cada uno de los másteres, al alumnado que desee realizar el doctorado.

La formación correspondiente a máster y, eventualmente, a doctorado se organiza en una estructura académica equivalente a todos los programas oficiales de posgrado, organizada en módulos comunes, de especialización, de prácticas y de trabajo de investigación.